党务礼等逃走后，贵阳形势急剧恶化。甘文焜刚办完母亲的丧事才返回贵阳不久，就赶上这突如其来的大事变。他得知吴三桂杀害朱国治、扣留钦差的消息后，立即派他的族弟赴北京报告。同时写信给川湖总督蔡毓荣，向他通报云南的事变。他急令贵州提督李本琛率部扼守滇黔两省交界的盘江。但李本琛已怀二心。先以书信试探他的态度。甘文焜回信，表示誓死守贵阳。李本琛知他无意从吴三桂，便不再听从他的调令。

　　日期：2021-03-11 17:19:01
　　甘文焜的直属部队，已被吴三桂收买，拒绝服从他的命令。有不少官兵听到事变的消息，纷纷逃窜。这时，纷传吴三桂兵正向贵阳逼近，城内一片惊慌。
　　甘文焜料到贵阳已不能守，决计离开贵阳。他先令自己的姬妾同府中七名妇女吊死，独自携带第四子甘国城及十余名骑兵，赴镇远，打算招湖南兵扼守险要，阻止吴三桂出贵州。他们父子驰至镇远，守城副将江义已接受吴三桂命令，拒不准进城。甘文焜只好渡河，行至一座寺庙前，江义派兵把他们包围在寺内。甘文焜料到已无法逃出，又不甘心受辱，便朝北京方向向圣祖拜别，拔出佩刀，刚要自刎，其子国城忙阻止，请求先死，还没等父亲同意，他夺下刀，猛地朝自己脖子上一挥，迅速把刀还给父亲，身子随即扑倒在地，血涌如注，喷溅到父亲的衣服上。甘文焜不禁赞叹：“儿子的勇气超过我！”然后，举起带血的刀，自刎而死。年四十二岁。几位随从也都拔刀自尽。

　　日期：2021-03-11 18:52:56
　　康熙十二年，1673年十二月二十一日，侥幸脱险的兵部郎中党务礼、户部员外郎萨穆哈，以十万火急，日夜疾驰到北京，直奔兵部衙门，一下马，上气不接下气，两手抱住衙门口柱子，说不出话来。他们已疾驰十一昼夜，累的筋疲力尽，一时气厥，口不能言。堂吏见状，知有紧急事，忙用水灌进他俩的口中，过了一会，两人慢慢苏醒过来，第一句话就是：“吴三桂反了！”
　　党务礼、萨穆哈向圣祖仅报告了吴三桂杀朱国治、扣留钦差的事，对贵阳事变、甘文焜父子之死还一无所知。圣祖当面听取两人报告的第二天，川湖总督蔡毓荣又提供了更为详细进一步情况的报告。有关吴三桂新立的名号、国号、贵州提督李本琛从叛等坏消息接踵传来，举朝震惊。

　　圣祖知道此事非同小可，他紧急召见议政王大臣，商讨对策。
　　日期：2021-03-11 21:12:55
　　当初，在是否批准吴三桂撤藩的问题上，议政王大臣及各部官员始终存在严重分歧，只有户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人主撤。大学士图海等多数人反对撤藩，最终圣祖做出了撤藩的决定，持反对意见的大臣不敢再坚持。现在，他们最担心的事很快就发生了。原先持两种意见的大臣们又发生了新的争论。主撤的人此时没什么理由可辩，反对撤藩的大臣们这边，一部分人把这场事变归咎于主撤者，纷纷要求追究他们的责任。

　　以大学士索额图为首，要求处死主撤的大臣。圣祖把责任揽到自己身上，说：“此出自朕意，他人何罪？”一句话，平息了争论。
　　圣祖心里清楚，当务之急，是如何应付吴三桂的叛乱，而不是内部做无谓争论。圣祖觉得他的话还没有说尽，又对群臣加了一句：“吴三桂蓄异志久，撤亦反，不撤亦反。不若及今先发，尤可制也。”
　　其实，圣祖当初撤吴藩时，虽料到吴三桂会心存不满，但认为他反叛的可能性不大。毕竟云南偏远小省，难以一隅敌全国。却不料吴三桂胆大妄为，竟真的反了！
　　毫无疑问，对吴三桂的叛乱，朝廷只能通过军事手段才能解决。圣祖对吴三桂的骄横跋扈已忍了很久，他恨不得立刻把吴三桂擒拿在手以正国法。
　　日期：2021-03-12 07:48:10
　　圣祖料到吴三桂兵进贵州必犯湖南，扼守长江咽喉要地的荆州（江陵）就成了重中之重。荆州向来是七省通衢要地，守住荆州事关全局。为此，圣祖立即诏令骁勇善战的前锋统领硕岱，率五百余八旗精锐星夜兼程赶往荆州，以固当地军民之心。
　　然后调兵遣将，分守各战略要地。圣祖谕令广西将军孙延龄、都统线国安、巡抚马雄镇、提督马雄等，固守广西。待吴逆进犯湖南武冈、宝庆（邵阳）等处时，即与清廷由武昌派出的征讨大军形成南北夹击之势。
　　硕岱赶往荆州后，圣祖犹感不足，三天后，又派顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，拨给他满蒙八旗一万余兵，开赴荆州。

　　日期：2021-03-12 08:43:24
　　四川乃是云贵门户。圣祖料定吴三桂必犯四川，他诏令西安将军瓦尔喀统兵速进四川，扼守险要。紧接着，又命都统赫叶为安西将军，率兵同瓦尔喀由汉中入川。
　　赫叶与勒尔锦同一天离京出征。行前，圣祖亲行告祭礼，出西长安门，目送两将军。又派内大臣、礼、兵两部大臣在郊外设酒饯行。圣祖这一举动，是表明他把四川看成如同荆州一样重要。
　　日期：2021-03-12 10:08:16
　　圣祖特给兵士颁赏，原定凡出征兵士每人白银十两外，此次再增加十两，铁匠等夫役人员也增加十两。圣祖用重赏鼓励他们勇赴前线。
　　以山东兖州、山西太原地处中原东西孔道、适中之地，分别集结部队，秣马以待，随时调遣或应援各临近地区。圣祖特命副都统马哈达领兵驻兖州，扩尔坤领兵驻太原。
　　为适应平叛需要，命直隶及省各巡抚仍管兵务，各设左右两营，归巡抚直接统辖。
　　圣祖派兵出征的同时，不忘申明出师纪律，下谕给兵部曰：
　　遣发大兵，原为扫靖叛逆，以按百姓。凡兵丁厮役于所在地方，恐有持强掠民财物、拆人庐舍、坏人器具、污人妇女、扰害生民及损坏运河、闸板、桩木等，统兵主帅各宜体朕为民除叛用兵之意，申明纪律，严加钤束。倘有违禁妄行，从重治罪。着即速行晓示。

　　日期：2021-03-12 12:36:51
　　在采取军事措施的同时，又采取以下政治措施：
　　下令停撤平南王、靖南王两藩。招撤藩使臣梁清标、陈一炳还。圣祖给两王的手诏上说：“朕闻云南作乱，平南王（靖南王）相应固守地方，不必搬家。”
　　原吴三桂属下文武官员，以及现在直隶各省、无论是在职的、闲住的，虽有父子兄弟现在云南的，概不株连治罪。自今以后，各宜安心守职，无怀疑虑。

　　为防止内外勾通，防患于未然，圣祖听从议政王大臣的意见，将吴三桂子吴应熊暂行软禁，待事平再做处置。
　　向各重要军镇通报吴三桂反叛，指授方略，多方安抚和鼓励他们守御地方。圣祖特别重视陕西省情，因为该省距京师甚近，对京师安全非常重要。圣祖特给陕西总督哈占、甘肃提督张勇、陕西提督王辅臣发去紧急指示：要他们注意发现吴三桂散布的伪札、伪书，晓谕官兵、百姓，检具揭发，向上报告。