圣祖在写给王辅臣的敕谕中，表现出了极大的耐心和诚意，字里行间不免流露出乞求之意，以圣祖凛然在上的至尊地位，这是前所未有的。因为圣祖知道，当此危机之时，追究莫洛至死的罪责已无任何实际意义。最要紧的，是尽快把王辅臣重新争取过来。
　　日期：2021-03-24 20:16:20
　　康熙十四年正月十三日，圣祖的敕书由陕西总督哈占派遣一位官员送交到王辅臣手里。王辅臣阅后，马上写了一份自我剖白的奏本，于十五日派遣莫洛部属原任郎中的祝表正携带，代为转达。王辅臣把他的儿子王继贞留下不遣返北京。
　　祝表正日夜兼程，到北京后，呈上奏本，兵变经过才大致重现在圣祖眼前：
　　王辅臣在信的开头特别强调，当陕西总督哈占派官员把圣祖的敕书送到时，他是亲率众将领“恭设香案，跪听宣读”。然后备受感动：“臣听闻之下，肝肠寸裂心胆俱碎，恨不即自灭亡！”唯有向北京方向“号泣，抚众哀鸣而已。”他怀抱感恩之情，涕泣写道：“草木尚且知春，犬马亦思报主。臣独何忍负我皇上！”
　　事件的起因，还要从去年莫洛初到任陕西经略时说起。王辅臣提出要进京谒见皇上，圣祖指示，可与经略面议。王辅臣自平凉奔赴西安，见到了莫洛，以当年洪承畴所实行事宜向莫洛陈述了几点想法，希望莫洛从中吸取其经验教训，但莫洛听不进去，不以其忠言为忠，反以其言为忤谬，对王辅臣遂生猜嫌。莫洛没把王辅臣放在眼里，他的司官们也个个侧目，瞧不起他。
　　日期：2021-03-24 20:43:31
　　王辅臣写道这里，申辩说：“我是奉旨特意远道来西安，向他陈说方略的，说的是与不是，他何曾答复一句话！竟然置之不理。”当时，他便顾虑文武不合，恐误大事，于是，向圣祖要求随军南征，想脱离莫洛。圣祖答复：无论到湖南，还是到四川，都是给朝廷效力，眼下需要他留下。王辅臣就留了下来。但是，此事已经种下了怨恨、嫌猜。
　　王辅臣又说：到了去年八月，经王辅臣一再请求，莫洛才同意给他增添马兵两千，同时，却将王辅臣所属固原官兵的好马尽行调去，而把疲瘦茶马发给他。到了九月，马还没有等到。十月初，就催他起程进川。“这明明是逼迫于一时，陷臣死地。”是报复他多说话，提建议之怨。

　　及至部属发动兵变，并非他的本意，他至死不从，几欲自尽。但事变已成事实，他如死，莫经略的事必加于自己身上，因此，“臣死亦不能明”，故“忍耻以至今日”。圣祖赦免其一切过犯，要他返还平凉，即表示“臣敢不仰遵圣意！”最后，王辅臣请求圣祖派使臣到陕西，宣布圣意，使他属下官兵各得生全，俯加存恤。即使“粉臣之骨，碎臣之尸，臣亦死且甘心焉”。
　　日期：2021-03-24 21:27:59
　　远在湖南战场的吴三桂，本来已对王辅臣、张勇起兵不抱希望，就在康熙十三年底，突然传来王辅臣在宁羌起兵的消息，吴三桂精神为之一振，他毫不迟疑地拿出二十万两白银，铸印“陕西东路总管兼平远大将军”，托付已暗中叛降的秦州知州巴三刚转赠给王辅臣。吴三桂的慷慨馈赠，似乎比圣祖的空口安抚更有吸引力。
　　王辅臣所居平凉，原属荒凉的边防之地，生活一向清苦，他的部下度日维艰，粮饷不足，本来就对朝廷不满，人心思乱。吴三桂的物质诱惑，助长了其部属与清朝的离心力，吴三桂指示已入川的大将王屏藩，要他由四川出陇右应援，到处散布委以官职的文札，地方土寇纷纷响应。吴三桂叛后一年还平静的西北地区，迅速陷入动乱之中。
　　日期：2021-03-24 22:00:19
　　在这种形式下，王辅臣已经身不由已，尽管圣祖做出非常友好的表示，保证他本人和家属的生命和地位不受丝毫侵犯，可他仍然顾虑重重。更何况清廷与吴三桂交锋并不占优势，所有这些，使王辅臣无意回归清朝，他把朝廷的招抚置之脑后，铤而走险，决心割据西北，拥兵自重。
　　日期：2021-03-25 08:04:34
　　王辅臣率部自沔县，经略阳，进入陇南，该地区的阶州（武都区）、徽县、文县、成县等皆依附。王辅臣特意毁掉陕甘两省交界的凤县偏桥，派部将王好文率兵把守栈道。清兵粮道不通，所运之粮没法运送，守卫凤县的清兵以粮竭突围而走。王辅臣继续向北到达秦州（天水），秦州知州巴三刚、副将陈善也献城归附。王辅臣将莫洛的首级割下，托巴三刚转交吴三桂。
　　王辅臣决定返回他的平凉驻地，准备北控宁夏，南接巴蜀，东拒清军。他率部抵达平凉时，驻平凉游击李师膺开城迎降。
　　圣祖得知王辅臣安然回到平凉，清兵的粮道被断绝，很生气，下诏斥责定西大将军洞鄂等人：你们到了西安，没有随经略莫洛取道秦州，却经由栈道绕路而进，托故马瘦，竟驻汉中，致使宁羌兵变。王辅臣回秦州时，你们又不跟踪追击，急忙回汉中，及至保宁清兵撤回，你们又仅留将军席卜臣守汉中，自统大军回了西安。
　　日期：2021-03-25 09:04:38
　　朕已提醒你们，栈道险要，却不多留兵防守，竟让叛军据守，致使广元、朝天关等处又被四川叛军占领。这都是洞鄂等人退缩迟延造成的，理应解除职务。但目前正临大敌之时，仍令洞鄂平定秦州、平凉等地。

　　隶属于平凉的静宁知州王札亦听闻王辅臣起兵反叛，念及王辅臣待人诚厚，即以单骑来见王辅臣，当面向他晓以利害，力劝他不要降而复叛。王辅臣恼羞成怒，将他逮捕下狱，逼他从叛。王札亦不屈，被害而死。
　　王辅臣认为，整个陕甘宁边区，只有甘肃提督张勇有实力与他一较高下，其余皆不足虑。王辅臣一面向陕甘宁各地发出信函和任命文件，约会起兵，一面派遣得力部将分别进取巩昌（陇西县）、固原、庆阳等要地。康熙十四年二月上旬，王辅臣亲率大军进攻甘肃省城兰州，意图将张勇的影响力全部阻隔在黄河西岸。
　　日期：2021-03-25 09:35:19
　　此时，兰州城守兵已被游击董正巳策反。董正巳差心腹先去秦州，跟知州巴三刚联络。巴三钢派其弟巴五秘密到兰州，代表他与王辅臣，在董正巳家里谋划，逐个作游击、守备各军官的策反工作，连甘肃巡抚所属弁卒也被收买。王辅臣兵临兰州城下，董正巳等乘机在城里作乱，甘肃巡抚华善控制不住局势，只好逃出城外，向西奔凉州去了。
　　由于兰州外控西陲，内接临洮、巩昌，为秦中要区。此城一失，西北震动，附近各州县或叛或陷，甘肃的河东各地尽皆失陷，仅保有河西走廊一狭长地带。