这时已是康熙十八年九月下旬，北方已逐渐变冷，图海和靖逆侯张勇等均感到时近寒冬，运饷困难，希望明年春天再进兵四川，只有宁夏提督赵良栋主张立刻发兵入川。赵良栋上疏说：“宁夏军队以前骄纵无比，经过臣三年的训练，已经逐渐遵守军纪了，他们都想建功立业。臣年纪也大了，若再不努力，恐怕会辜负皇上的恩德。现在湖南平定，应该马上夺取汉中、兴安，归复四川。臣愿率五千步骑，独当一路。”

　　圣祖看了赵良栋的奏疏后大为赞赏，决定即刻进取四川、汉中。由于四川多山路，利于步兵，不利于骑兵，因此决定了进兵四川主要以汉军绿旗兵为主，满骑为辅的原则。圣祖在给靖逆侯张勇的敕谕中说：自古汉人逆乱，亦唯以汉人剿平，彼时岂有满兵助战哉！
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　　当时，处于清海、甘肃西部边缘的西番、蒙古等部落常侵扰边境，而且陕甘还有地区余乱未平。圣祖考虑到张勇、孙思克等久镇边塞，深得当地民心，决定将张勇和孙思克留下镇守。
　　圣祖特授宁夏提督赵良栋为勇略将军，陕西提督王进宝为奋威将军，令二人各率所部绿旗兵于十月初进兵汉中、四川，以大学士图海总览川陕各军，率将军佛尼勒、毕力克图等进兵汉中、兴安，各路清军采取分进合击的策略消灭叛军。
　　这时，吴将王屏藩拥兵数万于汉中、兴安等地，叛将吴之茂据守的位置紧靠川西松潘地区。两人一东一西，分兵扼守住陕甘进入四川的门户。
　　王进宝上疏，请求让其长子王用予随军，圣祖马上任命王用予为副将。王进宝由栈道进取鸡头关，直逼汉中。吴将王屏藩在阎王碥设伏，王用予陷入吴军的包围，危机时刻，副将万详及时赶到，将王用予救出。此战，万详的右大腿负伤，被送回固原治疗。
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　　赵良栋率部走成县东南的栈道入汉中，进抵密树关附近，当时清军人困马乏，安营后准备休息。赵良栋看了看天，看了看地，忽然，下命令立即拔营转移，并道：“违者立斩！”众将只得服从，但都心怀怨气，赵良栋也不理会。刚移营完毕，天上忽降大雨，之前安营的地方，已被大水淹没。众将都很佩服，感到很神奇。赵良栋说：“我看见远处高山上乌云密布，地上的蚂蚁又纷纷搬家，知道地下很热，说明天将要下雨了。”

　　赵良栋随后攻取密树关，并分兵袭取黄渚关，进而夺取略阳、勉县等汉中要地。
　　清军由于刚收复湖南，士气旺盛，在汉中连战连捷。王屏藩的吴军不能抵挡，陆续从汉中、兴安逃离，撤往四川广元一带。到十月底，清军已全部收复汉中地区，并且，图海根据当地人揭发，在汉中三河口地方，抓获了清廷已通缉七年之久的京城“朱三太子案”的首犯杨起隆。
　　捷报陆续飞报朝廷，圣祖传旨嘉奖，令图海接济进蜀诸军的粮饷，催大军速进四川。
　　十一月，赵良栋夺取汉中进入四川的重要隘口阳平关，击败吴之茂派来的叛军，在阳平关东南的宁羌与王进宝会师。在宁羌，两人议定了由赵良栋向西南进取绵竹、成都，由王进宝向东南进取保宁、顺庆（南充）。

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　　但是，两人却在入川第一关—朝天关起了争议。因为此关地势险峻，易守难攻，向为川陕交通的重要孔道，其军事地位丝毫不亚于拿下成都、重庆等四川重镇，攻取它具有指标性意义。但朝天关周围地方狭窄，不利于大部队展开，因此，赵良栋与王进宝都想单独拿下此关。赵良栋认为，王进宝在陕甘与叛军交战多次，已立了不少战功，所以不应该跟他争。但是王进宝说什么也不肯相让。
　　赵良栋大怒，嫌王进宝气量狭小，难以共事，他气冲冲地只带了本部人马，也不跟王进宝告别，寻偏僻小路绕过朝天关，径向西南方向而去。
　　赵良栋走后，王进宝亲率大军猛攻朝天关，守关吴军无心抵挡，只一天，便弃关而逃。朝天关一失，四川门户大开，王进宝率军直趋广元。
　　吴军士气低落，广元又无险可守，王屏藩只得率部又逃离广元，一直向南撤退到保宁。这时，吴之茂也率败兵来到保宁，于是，两军合为一处，准备在保宁与清军决战。

　　康熙十九年一月，王进宝率清军万余人进至距离保宁城还有二十里的地方，占据孔道处安营。正月十三日，王屏藩尽起两万大军，携将军陈君极、总兵张起龙、郭天春等，向王进宝部发起进攻。
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　　清军人数上虽不及吴军，但因连战连捷，兵峰正锐，不多时，即大败吴军。清军一口气追至保宁城外的锦屏山，连破吴军营垒四座，吴军溃散大半，残部仓惶退入保宁城，拉起护城河吊桥死守。王进宝并不急于进攻，而是就地安营扎寨，似乎准备修整几日。
　　当夜，王进宝令其子王用予挑选数百名水性好的精兵，秘密潜往保宁城边的嘉陵江沿岸埋伏。原来，王进宝已经注意观察过保宁城周边的地形情况，发觉保宁城东、南、北三面被嘉陵江环绕，吴军在嘉陵江边还备有百余条舟船。清军如果没有水军协助，想从西面攻下保宁并不容易。

　　王进宝以前围困兰州时，曾在黄河沿岸堵截过造筏逃跑的兰州叛军，因此对于进攻保宁，他已经有了对策。
　　第二天凌晨，清军列队保宁城下，准备攻城。守城吴军都很紧张，纷纷开弓相对，王进宝手指自己大声说：“怎么不射我？”吴军见清军主将如此镇定，不禁愕然。随后，清军开始攻城，吴军在城上拼命抵抗。吴将王屏藩依仗保宁城后门备有船只，既可以平时运输粮饷，又可供危机时逃跑，因而镇定自若，力图固守。
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　　清军猛烈进攻的同时，王进宝又分兵进攻吴军部署在嘉陵江边上的舟船。王屏藩见状，急令舟船开炮迎敌。却不料已有数百名清军于昨夜秘潜至舟船附近的芦苇丛中，看见敌船骚动，立即冲出夺船，与随后赶到的清军一起，几乎将吴军所有舟船都控制住。城上的吴军一看后路要被切断，马上慌乱起来。
　　清军乘隙夺桥斩关，蜂拥入城。王屏藩和将军陈君极走投无路，只好躲入房中自缢而死。吴之茂及总兵张起龙、郭天春等不想就俘，匆匆从城后门逃出，欲跳江求生，结果都在江边的芦苇丛中被清军捉住。
　　没曾想保宁一战，竟然将吴军在四川的主要战将一网打尽，王进宝简直乐不可支。他命令割下王屏藩、陈君极的首级，并同被俘的吴之茂一起解送北京。
　　囚犯还没到京，圣祖已得知消息，大悦。三月，一行囚犯押解至京，圣祖马上作了处理：将吴之茂凌迟处死，割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。
　　王进宝攻下保宁后，又携将军佛尼勒于二月攻取顺庆府，随后，遂宁、广安等地区悉数拿下。