圣祖命赵良栋进取云南，令王进宝留镇四川，并擢升其子王用予为松潘总兵。赵良栋欲征调四川、陕西的绿旗兵从征，王进宝却认为四川虽然收复，但人心并未安定，这些军队应该留镇后方。圣祖表示同意。四月，王进宝上表称病，自请辞职。圣祖考虑他水土不服，便让他返回固原修养，又命王用予率军在四川的适中之地保宁驻守。
　　日期：2021-04-03 15:01:15
　　总督蔡毓荣率绿旗兵在黔东北没有遇到吴军主力，进展相对顺利，已经于六月收复思南府。但是，吴周政权已在黔东门户镇远卫增兵防守。镇远城是湖南入贵州的主要孔道，四周皆山，地势险要，易守难攻。原镇远叛将江义已从岳州逃回，专门在此镇守。接着，楚王吴应麒携其子吴世琮从辰龙关逃回，也在此防守。贝子章泰、将军穆占率清军到后，马上挥军攻打，但是久攻不下。
　　就在清军士奋马腾，积极进取贵州的时候，竟然从四川传来一个不好的消息。原来，在贵阳的吴周政权得知清军已攻入贵州东北部一带，便选派胡国柱、马宝、高起隆、王会等将，突袭四川，目的是为牵制清军，分散其兵力，使其无法进攻贵州。

　　这时，原本驻守永宁的清将李芳述已经改驻叙州，四川提督王之鼎驻防永宁。永宁是贵州进入四川的重要孔道，军事地位极其重要。七月初，胡国柱、高启隆等率三万余吴军突袭永宁，将城池围困的同时，又分兵进攻叙州
　　日期：2021-04-03 16:02:38
　　永宁城中的粮食原本就不多，吴军连续围困了近两月，城中粮尽，但王之鼎依旧鼓舞士气，坚守不降。胡国柱等已知城中粮尽，攻城愈急。九月九日，吴军用火炮将永宁城轰塌一个缺口，于是吴军蜂拥而入。清军总兵费雅达、副将杨三虎、游击周尚功，守备李逢春、鲁明芝、席豹督兵巷战，皆战死。
　　王之鼎解印交付家人，令走间道往成都，自己亲率总兵杨魁、何成德、王永世、傅汝友，游击陈先凤、陈田、刘应科等出城御贼。王之鼎身受重创，吴军涌至，王之鼎自度不能免，拔剑自刎，未死，被押送到贵阳。吴将夏国相出面诱降，王之鼎厉声呵斥：“死则死耳，肯向鼠辈乞活耶？”

　　吴世璠、夏国相等知道不能劝降，便下令将他处死。总兵杨魁、何成德等十二人，皆不屈而死。
　　胡国柱攻陷永宁后，在王之鼎的提督府中搜查，发现检箧中有朝廷塘报，载有大将军图海密折，内称“奉差副使道（分巡道）王怀明，联络曹申吉、潘超先、来度、郭昌等为内应…”胡国柱奏明吴世璠，很快即将原贵州巡抚曹申吉、布政使潘超先等人处死，只有王怀明一人躲进山岭逃脱了。
　　日期：2021-04-03 16:57:34
　　吴军攻陷永宁之后，又大举进攻叙州，西宁总兵李芳述在叙州城外真武山与翠屏山之间险峻处设营防守，使吴军无法前进。吴军干脆撤到马湖（雷波县境内），打算走木川间道突袭成都。李芳述侦知吴军这一计划，在吴军必经的犍为县地段设伏，结果大败吴军，夺回被掳掠的百姓两千余人。

　　赵良栋正在成都整顿兵马，闻吴将马宝率精锐数千直逼建昌，他急命总兵朱衣客领兵八千救援。朱衣客与马宝交战于建昌城外天王庙，抵挡不住马宝军的凌厉攻击，领败兵狼狈退往雅州，建昌守军粮尽弃城。赵良栋上表弹劾暂驻泸州的副都统吴丹，认为他拥兵不进，导致永宁陷落，提督王之鼎遇难。又弹劾朱衣客临阵畏缩，致建昌失陷。
　　圣祖闻报后将吴丹解职罢官，将朱衣客撤职拿问，关进刑部大牢。朱衣客下狱后，上疏抗辩，称赵良栋给的兵马太少，又无后援，所以退军。王进宝也上疏，认为建昌失陷，罪在赵良栋。赵良栋则弹劾朱衣客，称他欺骗皇上，掩饰罪行，称朱衣客的辩疏都来自王进宝的授意。圣祖一看，这里面的问题多了，还牵扯到个人恩怨，便以前线军情紧急为由，谕令平乱后再处理此事。
　　日期：2021-04-03 18:13:26
　　刚降清不久的叛将谭弘、彭时亨等，见吴军又攻入四川，便乘机再次叛变，率众将长江沿线的万县、云阳、夔州、巫山等地重新占据。四川形势出现反复，使圣祖很担心，川东叛军如果与川南吴军合势，势必延缓清军进取云贵的时间。圣祖谕令驻彝陵的湖广提督徐治都与荆州将军噶尔汉等，再次率舟师逆长江而上，进剿川东叛军。

　　十月初，总督蔡毓荣攻下石阡府后，与贝子章泰等合兵一处。清军经过累月攻打，终于拿下黔东要塞镇远卫，吴将吴应麒、江义等向贵阳方向败逃，吴世璠急遣大将张足法来援，又被清军杀的大败，张足法领残部乘夜逃遁。清军乘胜追击，连续收复清平（凯里市西北）、平越州（福泉市），贵阳已遥遥在望。
　　日期：2021-04-03 19:11:16
　　吴世璠、夏国相等见贵阳危急，急召大将高起隆、王会等速从四川还军贵阳，令胡国柱、马宝、王绪等继续在四川作战。吴应麒领败兵退入贵阳，因是自家人，吴世璠留他在内庭款待。在酒宴上，吴应麒想到这一连串的失败，眼看连自家性命都堪忧，便把一切责任都推到方光琛身上，大骂方光琛是首祸，追悔莫及。夏国相等内外亲属都在场，被他这一骂，皆痛哭失声，只有吴世璠一人低着头默默无语。他们都开始后悔当初起兵，才落得今日之下场！但事到如今，也只有强行挣扎下去了。

　　眼瞅着远水不解近渴，清军就要赶到，夏国相、吴应麒等很是惊惧，便假托吴世璠要大婚，赶紧携吴世璠等一起，在夜晚仓惶逃离贵阳，返奔云南，百官星散。次日，苗兵在贵阳城内大掠，城市为之一空。
　　贝子章泰、总督蔡毓荣等，率满汉大军于康熙十九年十月二十一日进抵贵阳城下。经章泰招降，原任贵州提督李本琛以及贵阳大小文武官员均上缴吴周政权的札印投降。
　　章泰即按圣祖指示，派人将李本琛十分保密地槛送京师。
　　日期：2021-04-03 20:31:29
　　章泰向圣祖上奏疏：贵州地方褊小，难以得粮。圣祖谕令：四川征剿大军得遵义后，不要经贵州，直接进兵云南即可。
　　这时，一直躲藏在山岭深处的副使道王怀明闻清军已占据贵阳，忙现身来见。贝子章泰委署他督理粮驿道，专门运饷至盘江河一带。后来，王怀明探访到了原云贵总督甘文焜、云南巡抚朱国治、陕甘经略使莫洛、广西巡抚傅弘烈、四川提督王之鼎、湖广提督李胡拜、勋阳游击佟大年等七人的首级被收藏在贵阳城中的黑龙庙中，遂奉诏令，将七人首级送还各家室归冢。
　　日期：2021-04-03 21:13:56

　　贝子章泰、绥远将军兼湖广总督蔡毓荣等令江西总督董卫国留守贵阳，清军继续挥兵西进，于十一月初陆续收复都匀、安顺、平远（织金县）等地，平远府知府郑开枢献城投降。十一月十日，清军进至永宁州（关岭县永宁镇），突袭鸡公背，逼近北盘江。吴将线緎见守不住，领万余吴军焚烧北盘江铁索桥，慌忙逃走。
　　清军正要想办法渡过盘江，继续西进，忽闻吴军又重新攻陷平远府。原来，吴周政权非常担心清军渡过北盘江，便由夏国相领高起隆、王永清、王会、张足法等将，领两万吴军，一举攻陷平远府，借此牵制清军。清将军穆占率军反攻，于康熙二十年正月中旬将吴军击败，夏国相、高起隆、王永清等败逃，王会率部下投降，平远府再次被收复。
　　盘江铁索桥是贵州通往云南的咽喉要道，清军夺据，可以长驱直入进云南。普安县土司龙天佑、永宁州土司沙起龙、礼廷试等向清军迎降，表示愿架设浮桥，帮助清军顺利渡过北盘江。
　　日期：2021-04-03 22:11:38
　　当章泰一军收复贵阳的时候，平南将军赖塔一路也于康熙十九年十月下旬从南宁出发，经田州（田阳区）直抵西隆州（隆林县），于十一月中进抵滇黔边境。吴将何继祖等聚兵万余，在距贵州安龙县以西三十里的石门坎隘口坚守。此地高耸云天，羊肠石径，易守难攻。统领希福率清军前队进攻，赖塔与总督金光祖率军为后队，攀险而上，持续进攻，终于在次年正月一日夺取石门坎，大败吴军。

　　何继祖率兵败逃，会合吴将詹养等，又聚兵两万余人据守滇黔交界的黄草坝（兴义市），还出动大象迎战。康熙二十年二月二日，赖塔督率满汉大军迎战，从早上战至午后，攻破敌垒二十二座，终将吴军击溃，俘获吴将詹养、王有功及吴军千余人。赖塔率清军继续进兵，从黄草坝直奔云南曲靖府。
　　圣祖闻报后，以赖塔的南路大军自广西进兵，先于其他诸路清军进入云南，下诏予以嘉奖。