第二卷为病理学，朱厚在书中对脑膜炎、中风，胃溃疡等常见病例的病状、病因、病理进行了较为科学的分析。特别是提出了鼠疫、肺结核、麻疹，天花等病均是由第一卷所言的病毒造成的，着重论述了致病的病毒是通过土壤、水和空气传播的，这也就是大疫形成的根本原因。
　　第三卷为各种发热病、流行病及疫病等病的病状，以及此书的关键—防疫。朱厚在总结了后世的防疫措施后，在书中提出了对大疫的预防和保健卫生措施，精细到建立公共厕所并按时清扫，严禁乱倒生活杂物等。
　　第四卷朱厚只拟定了一个“常见病症及良方录”的题目，而内容一片空白。众御医知道这是陛下留给他们，展现自己这段时间心血的地方，心中也感动不已，自己能在如此医道盛典上留下作品，足以流芳百世！

　　朱厚在书中主张对疾病的治疗方法，应采取养生、药物和手术三者兼施并用，养生和药物治疗在如今的大明已经颇具成效，而手术却无人敢做。无他，身体发肤受之父母啊！谁敢让人在自己身上动刀子，又有哪个医者敢给别人动刀子？
　　但朱厚仍旧选择将手术的相关操作步骤详细地记述在书中，至于世人会不会采纳他也不知道，他只求无愧于心！
　　同时他将后世大学课上自己最喜欢的人体解剖课知识洋洋洒洒地全部地写到了书中，顺便竭尽全力地认真画了一副较为清晰的人体解剖结构图，光是画这副图他都花了整整一天的时间！
　　因此，当三天内赶赴京城的一众名医在火急火燎地进了太医院后，一个接一个的被此书震撼到了！
　　“诸位，陛下的《防疫录》都看过了吧，有何想法不妨直言，陛下曾令我们相互探讨，查漏补缺！”许绅眼见众人不出声，不由出言主持道。
　　原本年少气盛的万密斋和李时珍对朱厚的《防疫录》是相当不看好的，所谓“术业有专攻”，况且他们多多少少听闻当今天子甚至从未习过医术，更遑论撰写医道经书？因此二人在随父入京时心里面抱着的都是结交同道好友、共同探讨医术的想法，毕竟此乃大明立国以来第一场医道盛事，天下名医尽皆汇聚于此，一些行医途中遇到的疑难杂症或许在交流之中能得到答案。

　　但当他们亲自翻阅了朱厚这本《防疫录》时，心中的轻视早已被抛到九霄云外，此时剩下的只有狂热的崇拜！
　　他们从未见过这种新奇的说法，从未听闻过这种叫“细菌”、“病毒”的东西，也从未见过陛下手稿上那清晰准确到令人发指的人体器官结构图！
　　仅凭这一副器官结构图，陛下便能青史留名！
　　一众名医闻言并未出声，他们还沉浸在巨大的认知冲击中。
　　原来我的脾脏在这里吗？
　　原来五官的说法不正确，应该称为“感觉器官”。
　　原来背痈可治，并非是绝症！是感染了名为“细菌”的东西。

　　原来疫病的传播是因为这种叫做“病毒”的东西！
　　原来……
　　在场众人无不是行医数十载，经验丰富的名医。他们在行医的日子里，总会遇到一些令人束手无策的疑难杂症，非是他们不愿治疗，而是力有不逮！名医也有无能为力的时候，而且这种病症还很多！
　　而眼前这本《防疫录》却如同醍醐灌顶，一下子解开了在场之人心中不少的疑惑。他们心中多多少少产生了遗憾之情，如若早日出现这本《防疫录》，那些患了所谓“绝症”的病患是不是就不会枉死？
　　朱厚的说法有没有错误，这些经验丰富的名医一眼便能看出来。除去第一卷中大部分闻所未闻的专有名词外，《防疫录》里的其他内容他们大多还是看的懂的。这得益于朱厚使用的某些通俗易懂的释义，并将之与常见案例结合的缘故。
　　“诸位，陛下的这本《防疫录》有没有任何错误或者疏漏之处？”许绅见众人不说话，又出言发问道。
　　“陛下书中的‘手术’，吾担心发行天下后恐遭非议啊！会影响陛下的贤名。”薛己思虑良久，不得不出言提醒道。
　　其实自战国时期就有人曾进行过开刀手术，如战国时期的神医扁鹊曾用“毒酒”麻丨醉丨病人后，给他做了心脏手术。三国时期的华佗发明了“麻沸散”，在病人熟睡后替其开皮去除其病根。
　　但现在的大明是奉行“程朱理学”的，严格地遵行其条条教义，其中“身体发肤受之父母”这一条更是广为流传，连三岁稚子都知道。但朱厚的书中详细记载了进行开刀手术的步骤，这与程朱理学的教义大相径庭，由不得他人不非议，薛己的担忧并非没有道理。

　　其实朱厚在撰写这一项时就考虑到了这个隐患，甚至也产生了不予记录的想法，但他最终还是详细地在书中论述，连“麻沸散”的准确制作和改良方法都记录在案，毕竟麻丨醉丨是进行手术的第一步，并且最后免费赠送了后世医科生的拿手绝活—手绘人体结构图。
　　这是因为在编撰《防疫录》时的朱厚不是一位帝王，而是一位治学态度严谨的学者，既然决心为大明的医学事业做贡献，那就不能瞻前顾后。
　　如若朱厚连这点气魄都没有，还谈什么中兴大明！
　　在场众人闻言顿时议论纷纷，李时珍高声说道：“医者父母心，陛下这是在为天下万民考虑。”
　　“如若陛下不予编写，那原本百姓中能通过手术救活的人岂不是只能苟延残喘，等着病发而亡！”
　　“陛下撰写时尚且不怕，吾等医者有何可担忧的！吾觉得陛下此书一言不可改，一字不可易！”
　　“此子说得好！”
　　众人闻言纷纷大笑出声，心中顿时豪气干云。他们现在不是朝廷的御医，而是一名医者，一名渴望为民谋利的医者！
　　为天下万民，怎能瞻前顾后！

　　“不过还有一事，吾等应当认真讨论一番！”薛己待众人冷静后，缓缓出声道。
　　“新甫所言何事啊？”许绅闻言不悦，立马追问道。
　　这老家伙不是个东西啊，惦记着自己的位置不是一天两天了，现在又想要闹什么幺蛾子？
　　“诸位是否觉得这‘防疫录’不适合陛下此书，陛下书中大半都撰写的是药理知识，只有在第三卷这部分才讲述了如何防疫，吾觉得甚是不妥啊！”

　　“况且吾两大太医院已收录有数百种常见病症良方，发行之时附于第四卷亦可，但取此书名就更为不妥了。”
　　薛己见众人神色不善地望着自己，急忙出言解释的。
　　“新甫兄所言不无道理，这书名是应该好好议一议。”许绅闻言摸着胡须点头赞同道。
　　“不妨叫‘嘉靖大典’吧，如太宗之《永乐大典》一样，可万世流传！”
　　“你这老匹夫，不曾想是道貌岸然之辈，竟敢行如此跪舔之事！老夫觉得不妨叫’天子医典‘，简明扼要，大家一眼就知道……”
　　“滚，汝等不知廉耻之人，老夫羞与尔等为伍！应该叫’帝王圣典”‘，无形中彰显陛下的帝王威仪……”
　　“不妥，不妥，老夫认为应该叫’天龙宝典‘，’天‘代表当今天子，’龙‘暗指陛下是真龙转世，’宝典‘则体现出陛下此书的价值！”