后白河法皇是被称为日本第一大天狗的家伙，此人无比老奸巨猾，看到源义经在征讨平家的过程中不断立下战功，便想要拉拢源义经，重新扶植一个新的“平家”，以对身处镰仓的源赖朝起到制衡作用。

　　源义经在院厅眼中大红大紫，自然就引起了源赖朝的不悦，源赖朝是个控制欲十分强的人，他绝对不允许日本出现第二个能威胁到他的人，特别是对源氏同族，源赖朝更是处处提防。早先对付木曾义仲就是如此，平家未灭，源氏已乱。如果当时的平氏栋梁是个稍微有能力一点的人，那么恐怕笑到最后的很有可能不是源赖朝。
　　日期：2015-04-06 12:16:29
　　除了因为源义经背着镰仓府接受后白河法皇院厅封授的官职以外，源义经还私自娶了平家的平时忠之女，甚至接受了许多近畿原平家势力的武士的效忠。再加上讨伐平家的时候，源义经得罪了源赖朝的亲信梶原景时，经过公报私仇的梶原景时在镰仓对源义经的所作所为的一番煽风点火，源赖朝再也忍受不了源义经的存在了。
　　可是源赖朝还不能明着杀了源义经，毕竟源义经又没有做出什么出格的事情，也一直为了镰仓尽心尽力地在奋斗。
　　元历二年（1185年），源义经押着平宗盛父子前往镰仓，却在半道上被北条时政带领的镰仓武士给拦下了。
　　“北条大人有何贵干？”源义经一见是哥哥的岳父来了，便拍马上前问好。

　　北条时政也向源义经点头示意：“镰仓殿下命令我来接收俘虏的平家人。”
　　“哦，这样，有劳北条大人了，我们一起走吧。”
　　“不，镰仓殿下还下令不许你源九郎判官义经进入镰仓。”
　　“这是为何？”源义经皱起了眉头，“发生什么事了吗？”
　　“镰仓殿下在想什么，我可不知道。”北条时政说到，“还劳烦源义经大人前往腰越满福寺歇息，静候镰仓殿下的旨意。”
　　言罢，北条时政接管了俘虏，便往镰仓前进了，留下源义经一人愣在原地。
　　源义经想不通自己刚刚才为哥哥立下了不世之功，为何还受到此种猜疑？如果没有源义经的话，镰仓府想要击败平家，恐怕得付出更大的代价，而源义经却带着镰仓军如一阵狂风般将平家给卷的无影无踪。
　　日期：2015-04-06 12:17:33
　　悲愤异常的源义经认定是梶原景时在镰仓向源赖朝进谗言污蔑自己，便在满福寺写下了一封呈给源赖朝的自白书，此书被称为《腰越状》，其大致内容大概是表述自己的战功，表达自己对兄长绝无二心，再拍拍源赖朝的马屁，并且希望得到源赖朝的理解，原谅。
　　源赖朝看了源义经让大江广元呈上的这封书信，却并未像源义经所希望的那样，原谅，理解源义经。他依旧拒绝源义经进入镰仓的请求，直接下令让源义经押着平宗盛父子前往京都。
　　经过一番折腾，源义经渐渐开始憎恨自己曾经尊敬过的兄长，在京城的他开始与那个有野心没能力的叔父源行家勾搭上了。
　　源行家向来是不满源赖朝的，因为他觉得自己是源赖朝的叔父，源氏栋梁的位置，无论如何都得由自己来担当。
　　可是源行家自己太过于不争气，在镰仓军时，就老是打败仗，好不容易投奔了木曾义仲，木曾义仲却又在一夜之间被镰仓给打败。
　　不受源赖朝待见的源行家就只好隐居在京城之中，假装不问世事。
　　在一个晚上，源赖朝在镰仓接见了梶原景时的儿子梶原景季。
　　“他怎么说的？”源赖朝问道。
　　“病了，等病好了再说。”
　　“此人必反。”源赖朝咬着牙说到，“杀了他。”

　　日期：2015-04-06 12:17:58
　　源赖朝和梶原景季口中的那个“他”，便是源义经，在源义经搭上了源行家之后，很快就被镰仓的耳目报给了源赖朝。源赖朝对此感到不满，便下令让梶原景季转告源义经除掉源行家这个废物。
　　源义经迟迟不愿行动，一方面，他已经不再信任镰仓了，另一方面，毕竟是叔侄情深，源义经也不忍心杀害自己的叔父。
　　但是源赖朝却并不打算放过源行家，甚至不打算放过源义经。
　　镰仓府派出了源赖朝手下的亲信土佐坊昌俊，前去京城刺杀源义经。

　　几天之后，镰仓府得到了消息，土佐坊昌俊在京城行刺失败，还反而被他的行刺对象源义经给斩了。除了这条消息，还有另外一条爆炸性的新闻传到了镰仓——后白河法皇同意了源义经申请讨伐镰仓的请求，宣布源赖朝为朝敌，并且授予了源义经讨伐镰仓的院宣。
　　源赖朝震惊之余，也是大怒不已，文治元年（1185年八月，朝廷改元文治，与元历二年为同一年），距离平家灭亡半年不到，源氏内部就已经开始同室操戈了。
　　要说源义经，此时也是被愤怒冲昏了头脑，而被老狐狸后白河法皇所利用。
　　在土佐坊昌俊到达京城的时候，源义经就已经得知了这位从镰仓赶来的人是自己哥哥源赖朝派来的，而土佐坊昌俊也因为心虚而不敢去拜见源义经，因此遭到了源义经的怀疑。

　　眼见事情就要败露，土佐坊昌俊只好抢先动手，带了六十几名武士袭击源义经的宅邸。
　　可是源义经和源赖朝不同，他的根据地不在镰仓，而在近畿，京城更可以说是他源义经的地盘，土佐坊昌俊袭击不成，反中埋伏，仅以身免逃出，在逃亡的路上被鞍马寺的僧侣抓获，送到了源义经的手上。
　　日期：2015-04-06 12:18:28
　　源义经对自己的哥哥十分失望，非常失望，他亲手斩杀了土佐坊昌俊。
　　得知源氏内部出了矛盾，后白河法皇是喜出望外，想要恢复皇家的尊严与地位，就必须阻止“一超多强”的局面产生，为了制衡国内的势力，他先后利用了平家，木曾义仲，现在又准备利用源义经来牵制源赖朝。
　　当初后白河法皇授予源义经官职的时候，就已经做好利用这个政治白痴的心理准备了，只要平家一灭，能够对抗源赖朝的势力就屈指可数，后白河法皇决不允许第二个平家出现。
　　可是毕竟源氏的栋梁是源赖朝，源义经的手上也没有多少兵马，十一月的时候，源赖朝亲自率领大军上洛，讨伐源义经。
　　得知镰仓大军即将到来的源义经跑的比兔子还快，丢下朝廷逃往西国去。
　　如果说，之前源义经申请下了讨伐源赖朝的院宣，还表示他对抗源赖朝并非毫无胜算的话，那么现在他的所作所为，就完完全全是在作死了。

　　不管是平家，还是木曾义仲那样的白痴，都懂得要把朝廷牢牢控制在手中，不到最后一刻，都紧紧地控制着朝廷。而源义经却自己主动将朝廷控制权当做源赖朝上洛的大礼包送给他。
　　果然，源义经一离开京城，源赖朝的岳父北条时政后脚就率领一千人杀进京城，迫于源赖朝的兵威，后白河法皇又只好下令宣布源义经为叛贼，并且剥夺了源义经的所有官职，并下旨讨伐源义经和源行家。
　　源义经在前往九州岛的路上遭遇了风暴，被吹到了摄津国沿岸，并且和源行家失去了联系。