可是源赖朝却不满足这个职位，甚至他的目标也不是平清盛曾经担任的太政大臣，他的目光早就已经瞄准了一个非常设的“令外官”——“征夷大将军”。

　　征夷大将军不是常设的官职，以往是日本朝廷为了对抗北方的虾夷人所设立的官职，负责统领日本朝廷的军队，现代人一般都认为第一任征夷大将军是坂上田村麻吕，据说这个人还有中国汉朝皇室的血统。
　　征夷大将军在没有战事的时候，是不会设立的。而源赖朝的目的，很明显，他想要一个不受传统官制约束的官职，他想要做全天下军队的首脑。
　　镰仓虽然现在已经是事实上的日本最有权势的政权，可是源赖朝知道，要想完全取代朝廷当天皇是不可能的。因此，他对征夷大将军这个职位势在必得，为了表达自己的不满，担任右近卫大将约一个月左右，他就辞了这个官职，表示自己想要下岗。
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　　朝廷一看这下玩脱了，源赖朝肯定不是真心实意想要下岗的，他这是在向朝廷示威，谁知道他下岗之后，天下会不会又乱了呢。

　　因此，朝廷只好对源赖朝做出妥协，新设了一个令外官职——天下总追捕使，封给了源赖朝。天下总追捕使，解释一下，追捕使，就是幕府守护的前身，总追捕使，就表示是全天下守护的头头。虽然源赖朝没有拿到征夷大将军的职位，可是也蹭到了一个权力和征夷大将军差不多的官职，便心满意得地回到了镰仓。
　　建久三年（1192年），老狐狸后白河法皇驾崩。这个被源赖朝称之为“日本第一大天狗”的老家伙，熬过了保元之乱，平治之乱，熬过了平清盛，熬过了木曾义仲，源义经，却没能熬过源赖朝。后白河法皇的一生都在为平衡武家势力而努力着的，可是因为自己能力有限，再加上朝廷的权威日渐式微，武家的势力反而是越平衡越大，最终出现了源赖朝这样的“天下无敌”的家伙。
　　不过，这一切又算得了什么呢，反正是死了嘛，今后，后白河法皇再也不用为朝廷衰弱的权威担忧，再也不用担心武士踩在公卿和天皇头上了，反正他也是看不到了。
　　后白河法皇一死，源赖朝才得到了征夷大将军这个职位。于是，镰仓幕府正式宣告成立，成为了日本史上第一个真正意义上的，完全脱离公家的武家政权，也是武士掌权后的第一个幕府。
　　镰仓幕府在全国下辖数百名“御家人”，即为将军的家臣，这些御家人往往都被派往各国，担任要职。
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　　源赖朝出任了第一任镰仓幕府的征夷大将军，可是他其实却并不一定能够控制得住御家人们，而他与御家人们的关系与其说是像中国那样的君臣关系，倒不如说是类似欧洲的封臣关系。源赖朝赐予御家人领地，而御家人则对源赖朝尽下应尽的义务，闲时纳税，战时出兵。

　　建久三年（1192年），镰仓幕府的御家人熊谷直实，就是当初在一之谷奇袭时取下平敦盛首级的那个家伙，和另一个御家人久下直光发生了领地纠纷，一直闹到了源赖朝那里。
　　熊谷直实性格比较耿直，看他之前对待平敦盛就知道他有点“憨”，说的好听点是老实，说得难听点就是有点傻。他一口咬定源赖朝指派的调停人梶原景时包庇久下直光，可是却拿不出证据出来，反倒当着镰仓众御家人的面被源赖朝的几个问题给憋了回去。
　　熊谷直实一怒之下，当着众多御家人的面把案卷摔在地上，大声叫骂道：“反正梶原景时偏袒久下直光，这还审个屁案子，老子不干了！”他当着源赖朝的面，拔出了胁差，一把将头发给切了，“老子出家去，阿弥陀佛，操！”
　　随后，熊谷直实怒气冲冲地也不向源赖朝等人道别，就自个儿掉头离开了，留下一堆目瞪口呆的御家人，和愣在那里的源赖朝。
　　而在源赖朝担任征夷大将军的第二年又发生了一件事，在这第二年也就是建久四年（1193年）的时候，源赖朝在京城返回镰仓的途中带着武士们在富士山一带顺便狩猎。

　　在狩猎的最后一天的晚上，有两个黑影摸进了源赖朝的营地。
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　　黑影偷偷地溜进了镰仓幕府的御家人工藤佑经的宿营地。
　　工藤佑经此时正抱着妹子在做美梦，迷糊之中，感觉有人摸了进来。

　　“什么人？”工藤佑经仰起头来大声喝道。
　　两个黑影先是一惊，然后扑了上来，按住了工藤佑经，并拔出了随身的短刀。
　　“是你！”工藤佑经倍感意外，可是他还没说出第二句话，就已经被取了性命。
　　工藤佑经虽然丢了性命，可是之前的动静有点过大，导致幕府的军营之中开始混乱起来，大家都在四处搜寻刺客。其中一个黑影，不小心碰上了镰仓的武将仁田忠常，被这位勇将给劈成了两半。
　　另一个黑影，则在混乱之中，躲进了一顶豪华营帐里。
　　当他回身一看的时候，眼珠子都快掉出来了，营帐之中，一群武装到牙齿的武士护卫着一个衣着高贵的人，就这么盯着他看。
　　“抓住他！”那人一声令下。
　　武士们一拥而上，很快就制服了这个黑影。
　　“真是不要命了，胆敢刺杀镰仓殿下。”武士们纷纷说道。
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　　这时，有许多御家人听说有刺客进了源赖朝的营帐，纷纷带着兵马赶来，将源赖朝的营帐给围得水泄不通。
　　源赖朝亲自审问了这名活下来的刺客，才知道他们是自己以前的老仇家伊东祐亲的孙子，一个叫曾我十郎祐成，另一个叫曾我五郎时致。

　　话说在安元二年（1176年）的时候，伊东祐亲曾遭到他的兄弟工藤佑经的刺杀，结果工藤佑经派出的刺客行刺未遂，反倒将伊东祐亲的儿子河津祐泰给杀死了。
　　伊东祐亲在源平合战时站错了队伍，兵败身死，而工藤佑经则代替他成为了镰仓幕府的御家人。
　　可是，河津祐泰却留下了两个儿子，两兄弟后来随母嫁入了曾我家，于是便改姓为曾我。其中，哥哥元服后取名为曾我十郎祐成，而弟弟却被送往了箱根神社。
　　文治三年（1187年），源赖朝带着御家人们参拜箱根神社的时候，弟弟一眼就认出来御家人队伍之中有一个人就是工藤佑经。相反，毫不知情的工藤佑经却认不得仇人的儿子，反而还赏赐给弟弟一把短刀。
　　兄弟俩为了复仇，躲进了姑父北条时政的宅邸，弟弟在北条时政的帮助下举行了元服礼，取名为曾我五郎时致。
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　　到了建久四年（1193年），也就是源赖朝带着御家人们狩猎的时候，兄弟俩终于找到了机会，于是趁夜摸进了镰仓的营地，曾我五郎时致用工藤佑经赏赐的那把短刀，亲手杀死了仇家。
　　兄弟二人在逃脱的时候，哥哥曾我十郎祐成被仁田忠常给斩杀了，而弟弟，则摸进了源赖朝的营帐，被五花大绑了起来。而且审问的时候，曾我五郎时致坚称北条时政对此事毫不知情。