源赖家得知了梶原景时一门的惨死后，气的瑟瑟发抖，他看到了御家人们身后的，自己的母系家族北条家的强大影子。
　　梶原景时死了，可是“梶原景时之变”并没有结束，在梶原景时死后一年，也就是建仁元年（1201年）的正月，发生了震惊镰仓的“建仁之乱”。
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　　话说梶原景时虽然死了，可是他的死党却依旧存在，其中有一个便是城长茂。城长茂就是当初为平家讨伐木曾义仲，结果被木曾义仲在信浓国打的大败的那个越后守，他靠着梶原景时的推荐，才得以脱离平家，效力源赖朝，使其一族得已在源平合战中幸免，自然对梶原景时是感激涕零。
　　城长茂等人在京城先是想要暗杀幕府任命的京都守护小山朝政，随后又向土御门天皇请求颁发讨伐幕府的诏书。
　　城长茂的族人们也在越后国掀起了反对镰仓的叛乱，以响应城长茂在京城的行动。
　　不过，梶原景时充其量只是幕府的一只走狗罢了，他自己都掀不起什么大浪，更不要说他的这些死党了。
　　到了二月，城长茂等在京都闹事的就被幕府的御家人给逮起来处死了，幕府随即也派出大军，镇压了城长茂的族人在越后国掀起的叛乱。
　　源赖家再次负于北条家，梶原景时及其郎党的死，使他在镰仓彻底没有了说话的地位。建仁二年（1202年），源赖家正式接任了父亲源赖朝的征夷大将军之位，并得到了朝廷的册封。

　　源赖家当上将军之后，对自己的大权旁落更加感到不满，因为当初阿波局向结城朝光告密之事害死了梶原景时，他便拿阿波局的丈夫，也就是自己的叔父，一直对北条家忠心耿耿但是对源赖家不忠心耿耿的阿野全成开刀。
　　因为阿波局不但是北条政子的妹妹，还是源赖家的弟弟千幡的乳母，于是在建仁三年（1203年）五月，源赖家便借口阿野全成想要扶持自己的弟弟取代他，将阿野全成给杀死了。
　　源赖家的屠刀明里是向着阿野全成，实际上却正式指向了北条家，俗话说打狗还得看主人，他的这招打草惊蛇，也引起了北条家的警觉，这再一次证明了这个年轻的将军的政治斗争经验的不足。
　　也是天意如此，源赖家才刚刚准备拿北条家开刀，就突发疾病病倒在床上，奄奄一息。源赖家担心自己命不久矣，死后自己年幼的儿子将更不是北条家的对手，于是只好下令将日本一分为二，让源赖家的嫡子一幡担任关东二十八国的总守护地头，而让源赖家的弟弟千幡担任关西三十八国的总守护地头。源赖家认为这样的话，或许能够讨好北条家，使他们不会对自己的儿子出手。
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　　这种分裂幕府的行为自然引起了另一名有力御家人的不悦，这位不悦的有力御家人便是比企能员，他还有一个身份，就是将军源赖家的岳父，同时他的妻子也是源赖家的乳母。
　　源赖家的在幕府中越有发言权，比企能员的地位就会越高，现在源赖家的地位越来越低，自然，比企能员的地位也越来越低了。
　　建仁三年（1203年）九月二日，比企能员在将军的卧室见到了病怏怏的源赖家。
　　源赖家见到比企能员，委屈地哭了，自己的这个将军做的实在是太窝囊了。
　　看着委屈的女婿，比企能员又能如何？他也看不惯北条氏的专权，便想为女婿出一口恶气。
　　“请将军发出讨伐北条家的命令吧。”比企能员狠下心来对源赖家说到，“如果担心北条家作乱，不如就去讨伐北条家吧，您这样将幕府给一分为二，难道不怕将来引起大乱吗？”
　　源赖家有气无力地答道：“可是，北条家如今在幕府中势力早已根深蒂固，恐怕不好对付啊。”
　　“将军放心，幕府之中效力将军的还大有人在，只要将军的命令一出，我们必定就能讨伐北条家，将北条时政等奸臣一网打尽。”
　　“如此，就……依你之见吧。”

　　比企能员讨得将军的命令之后，迅速告辞了源赖家，回去准备联络一批对北条家不满的有力御家人。
　　在他离开之后，北条政子从屋子的另一边走了出来。
　　“来人，去把我父亲叫来。”北条政子目带凶光地说到。
　　比企能员回到住所便开始联系一些御家人，并且给自己的郎党，日本九州岛南部的萨摩国，日向国，大隅国三国的守护岛津忠久送去了消息，让他随时准备起兵护卫将军。

　　就在比企能员积极地准备讨伐北条家的时候，北条时政给比企能员送来了请帖。
　　“我在家里办了佛事，以祈祷将军的病情好转，请比企能员大人赏脸前来光顾。”请帖中是这么说明的。
　　比企能员的郎党们都劝说他在这个关口不要接受北条时政的邀请，可是比企能员为了不引起北条时政的怀疑，再加上北条家派来送请帖的使者那人畜无害的眼神，便欣然前往。
　　比企能员走进了北条时政的宅邸，过了一会儿，一颗人头从墙里头被抛了出来，而墙外，站立着的是和田义盛，畠山重忠，结城朝光等有力御家人的军队。

　　日期：2015-04-13 01:59:25
　　北条时政一身戎装从宅邸里走了出来，对着众人说到：“比企能员企图谋反，现已被我诛杀，尔等速速随我去剿灭比企能员的余党，保卫镰仓！”
　　而此时，比企能员的头被当成球从北条家的宅邸里抛出来的事情也已经传到了比企能员的郎党那里，比企能员的儿子比企宗员护卫着家人躲进了源赖家之子一幡居住的小御所，挟持了将军之子。
　　比企宗员以为北条时政等人会因为自己挟持着将军之子，有所忌惮，没想到北条时政等人直接装傻充愣，依旧派兵攻击小御所，还派人往小御所里放火。最终，比企能员一族丧身在小御所的大火之中，而将军之子一幡被其母若狭局抱着想要逃出，也被北条时政的儿子北条义时捕获并且杀害。
　　一直到了几天之后，病榻上的将军源赖家才得知了岳父一族及儿子一幡的死讯，气的发出密令给和田义盛以及仁田忠常等有力御家人，让他们起兵讨伐北条家。
　　可是源赖家不知道的是，攻击小御所的战斗，和田义盛和仁田忠常均有参与，而且二人还算是北条家的先锋，比企能员的头就是被仁田忠常给砍下的。
　　北条时政很快就收到了和田义盛的报告，不过将军的密令之中还有提到仁田忠常，而仁田忠常却没有和北条时政报告这个消息。
　　北条时政冷笑了一声，立马派人将将军源赖家给囚禁起来，并将源赖家信赖的几个侧近，杀的杀，流放的流放。然后，革去了比企能员郎党岛津忠久的三国守护的头衔，再派人杀死了仁田忠常。
　　处理完比企能员等人，北条时政的魔爪便伸向了这个处处与北条家作对的幕府将军源赖家身上。北条政子借口源赖家病重，逼着儿子出家，然后派人将源赖家的弟弟千幡给保护起来，并且向朝廷请求册封千幡为将军的诏书。

　　建仁三年（1203年）九月十五日，朝廷下达的任命千幡为征夷大将军的诏书送到了镰仓，源赖家彻底失去了政治价值，被送到了北条家的老巢——伊豆国的修禅寺看管起来，并在次年七月，趁源赖家洗澡的时候用绳子将他勒死，可怜这个镰仓幕府的二代将军死时年仅二十三岁。