董卓又上前进见皇帝说：“陛下让常侍小黄门作乱成这个样子，导致祸败，是不是很辜负祖宗啊？”说完他又到陈留王面前，说：“我是董卓，让我来抱。”于是就想从闵贡怀中抱取陈留王。陈留王不肯接受董卓抱，董卓只好与陈留王并马而行。
　　董卓和皇帝交谈，可皇帝说不出来个所以然，他又改和陈留王交谈，询问祸乱的起因，陈留王对答如流，从事情的开始到结束，没有什么所遗漏的。董卓大喜，于是他心里就有了废立皇帝的意思。
　　第二天，天子及其弟弟陈留王在大家的簇拥下来到了洛阳城前，皇帝望见董卓军可能害怕，就哭了。群臣对董卓说：“天子有诏让你退兵。”董卓说：“你们身为国家大臣，无力匡正王室，致使国家动荡，凭什么叫我退兵！”就带兵一起和大家进入了洛阳城。
　　公卿百官奉迎天子回宫，闵贡被任为郎中，封为都亭侯。于是当天宣布大赦天下,改年号光熹为昭宁。

　　王匡见何进失败，便回到本州去了。这时，奉何进之命募兵的骑都尉鲍信也带兵正好赶到。原来鲍信回家乡募兵一千多人，当赶到成皋时，何进已经遇害，但鲍信没有半途而返，还是赶到了京师。
　　鲍信到京师后，就对袁绍说：“董卓拥有强大的军队，有野心，现在不早早铲除他，日后将会被他所制约；趁着他因刚来而疲劳的时候，袭击他就可以擒获他。”可袁绍畏惧董卓，不敢动手，鲍信只好又带兵回到乡里，结果收得徒众二万，马七百匹，装载军用物资的车辆达五千余乘。
　　另外那个张杨也已经在本州募得一千多人，正留在上党攻打山贼，现在何进失败，张杨只好停在原地。
　　张辽也带兵回来，他见何进失败，就领兵投归了董卓。
　　此时，董卓才入洛阳，步兵骑兵加起来也不过三千，他嫌自己兵少，怕远近势力不服，于是董卓就想了个办法，他在夜里派兵从四个城门出去，第二天再大张旗鼓地入城，并对外宣称：“西面的军队又来到洛阳城中。”大家也没发觉董卓使用的伎俩，以为董卓军多得数不胜数。
　　这时，何进、何苗已死，他俩的部曲没有归属的地方，也都投归了董卓。此外，京师附近还有一部分军事力量握在执金吾丁原的手上，这对董卓来说，是个军事威胁。

　　身为并州牧的董卓想要在京师独大，那就必须再干掉丁原，兼并他的兵众。董卓见吕布被丁原所信任，就引诱吕布，命令他杀了丁原。结果吕布果然斩取了丁原的首级来见董卓，董卓就任吕布为骑都尉。董卓兼并了丁原的部众后，京都所有的兵权就全集中在他的手上了。
　　这时，正赶上天旱久不下雨，可能是以此为由，司空刘弘被罢免，董卓自己做了司空。
　　董卓进京后不久，就把袁绍叫来，和他商议准备废了现任皇帝，另立皇帝的弟弟陈留王为帝。当时袁绍叔父袁隗担任太傅，袁绍假装答应，他说：“这是大事，回去应该和太傅商议。”董卓说：“刘氏子孙不值得再留下来。”袁绍不回答，横握着刀行礼而去。
　　还有种说法是：董卓要废皇帝，就对袁绍说：“皇帝又小又昏聩，不应该当一国之君，陈留王更比皇帝强，如今我想立他为帝。人有点小聪明，遇大事也许会执迷不悟，就算有学识懂道理又能怎么样呢？还是按我说的去做吧。您没看见汉灵帝这个例子吗？一想到这个就令人愤恨！”
　　袁绍则回答：“汉家作为天下之主已经四百多年了，恩泽深厚，万民拥戴已久。现在皇帝虽然幼小，但普天之下没听说过他有什么不好的地方，你要废掉最适合即位的正宫皇后所生之子，而立庶出，恐怕大家不会遵从你的提议。”
　　董卓威胁袁绍说：“小子！天下事难道不是取决我么？我现在做这件事，谁敢不遵从？你以为董卓我的刀不锋利吗！”袁绍也不甘示弱，说：“天下的猛人，难道只有董公您吗？”说完袁绍拔出佩刀，横握着行礼后，出门而去。袁绍出去后，就向去冀州逃亡。
　　侍中周毖、城门校尉伍琼、议郎何颙等，全是当时的名士，董卓很信任他们，他们暗暗帮着袁绍，就劝说董卓道：“废立皇帝的大事，不是常人能够做的。袁绍不识大体，因心里害怕，所以出逃，本没有什么其他的志向。如今急迫地悬赏捉拿他，势必把他逼反。袁氏树立恩泽已经有四代人了，门生旧吏遍布天下，如果他收纳豪杰来集聚部众，英雄们随他而反叛，那么山东就不归您所有了。不如赦免他，让他做一个郡守，袁绍则会因免罪而高兴，这样的话必然就没有祸患了。”

　　董卓认为周毖等人说得对，于是就拜袁绍为勃海太守，封邟乡侯。董卓废帝前又让袁术做了后将军，袁术怕董卓废立之事祸及自己，也出京逃往南阳。
　　没两天，董卓就把废立之事提上日程。八月三十日，他在朝堂上会聚群臣，商议说：“天地为最大，再往下就是君臣了，所以就由君臣们来治理世间。现在皇帝昏聩庸弱，不可以供奉宗庙，为天下之主。我想效仿伊尹、霍光以前的做法，立陈留王为皇帝，怎么样？”
　　众人听后都不敢回答，只有尚书卢植正色答到：“据《尚书》记载：太甲即位后横行无道，伊尹才把他放逐到桐宫悔过。前汉昌邑王即位才二十七天，罪过超过千余条，所以霍光才废了他。如今天子正当年，行为也没有什么过失，不能比照前事行事。”董卓气得离开座位停止了会议，要杀卢植。
　　卢植一向和蔡邕关系很好,以前蔡邕因进谏被流放朔方的时候,只有卢植上书为他求情。此时身为侍中的蔡邕正被董卓所亲信，于是他就连忙出来劝解，董卓才没加害卢植。
　　还有议郎彭伯也帮着劝谏董卓说:“卢尚书是天下的大儒,也是世人所仰望的。现在先加害了他,天下就会震恐。”

　　董卓虽然没有杀卢植，但是仍罢免了卢植的官职。卢植以自己年老有病为理由，请求回归乡里,他担心自己不能免祸,就从绕道从轘辕而出。董卓果然派人追他,一直追到怀,没追到卢植。最后卢植便隐居在上谷,断绝了和外界的一切往来。
　　九月一日，董卓又聚会群臣说：“何太后逼迫永乐太后，使她忧惧而死，有违婆媳之礼，不遵循孝顺的节操。天子幼稚单纯，又软弱，没资格当皇帝。昔日伊尹放逐太甲，霍光废了昌邑，全记录在典籍，大家都认为是好事。现在对待太后应该像对待太甲一样，对待皇帝应该像对待昌邑一样。陈留王仁慈孝顺，应该即皇帝的尊位。” 大家被董卓所逼迫，也不敢说什么，连太傅袁隗都同意了。

　　于是，废立的事情就开始着手实施。先是宣读册文，大意是：“孝灵皇帝驾崩后传位给现任天子，但现任皇帝从外表到德行都一塌糊涂，很不称职。皇太后的德行也是如此，甚至可能有弒杀婆婆永乐太皇太后的大罪。但陈留王刘协，无论是外表、品德、言行、智商、名声等各方面都好得没话说，而且还是大家公认的，他最有资格继承天子的位置。所以就废皇帝为弘农王。皇太后交出政权。”

　　尚书读册完毕后，群臣没有敢说话的，尚书丁宫曰：“上天降临给汉室又大又多的祸乱。昔日春秋时郑国的祭足废长立幼，保全了国家。现在大臣们应该从为社稷考虑的角度出发，真正地顺应天意人愿，请求陈留王做天子。”