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　　但是，“八一八之变”发生后不到月余，新选组内便发生了内乱。近藤勇为首的势力暗杀了芹泽鸭一派，建立起由近藤勇所主导的新体制。近藤勇为人端方，并非热衷于权势之人。近藤勇和芹泽鸭之所以兵刀相向，归根结底仍然是因为政治主张的差异。近藤勇和芹泽鸭都是广义上的“公武合体派”，主张江户幕府和朝廷同心协力，共度时艰。但是，在幕府和朝廷孰轻孰重上，两人的观点有着不可调和的差别。近藤勇是幕府优先的佐幕派，而芹泽鸭受天狗党影响，是彻头彻尾的勤王派。新选组作为一个武装团体，自然容不下两种对立的领导思想。两种思想的冲突最终以芹泽鸭被杀而告一段落。

　　在近藤勇的领导下，新选组成为彻底效忠于江户幕府的组织。元治元年（1864年）5月下旬，新选组接到了“尊王攘夷派”志士意欲火烧天皇御所，暗杀一桥庆喜和松平容保，以及绑架孝明天皇前往长州的密报。新选组侦骑四出，开始搜索潜伏在京都内的攘夷志士。近藤勇接到讯息，在6月5日，攘夷志士会在京都的一家旅馆“池田屋”中聚会，近藤勇率新选组队员前去池田屋。一场血战后，攘夷志士们死伤惨重。长州藩不忿志士身亡，不久起兵再次进入京都，新选组再次在保卫御所上立下功劳，被朝廷褒奖，并赐予奖金。

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　　但是，没过多久，曾因忠诚而受到孝明天皇嘉奖的新选组却成为了朝廷的敌人。近藤勇等人虽然始终坚持着“武士”的初心，但奈何时代已经变化。时也命也运也，非吾之所能也。历史有时极为讽刺。
　　庆应三年（1867年）抵制激烈倒幕，主张公武合体的孝明天皇暴毙，原为朝廷之敌的长州藩摇身变成了维新的主力。长州藩与萨摩藩两大强藩联手，举起了倒幕的旗帜。将军德川庆喜不欲与朝廷正面冲突，但掌握了朝廷实权的公家贵族岩仓具视对将军庆喜提出种种严苛要求，激怒了江户幕府的幕兵，终于引发了鸟羽伏见之战。庆应四年（1868年）1月，幕府军大败，将军德川庆喜逃回江户。转眼之间，曾要与朝廷携手应对国难的江户幕府成为了朝廷之敌。

　　鸟羽伏见之战后，以萨摩藩、长州藩藩兵为主体的新政府军继续向东进发，直逼江户。幕府官员人心惶惶，不知如何应对。时任幕府总裁的胜海舟向近藤勇提议在甲州（现山梨县）狙击新政府军，并拨给他资金黄金500两，大炮2门，火枪5，000挺。当时，在鸟羽伏见之战中受了重创的新选组只剩70名队员，为了尽快奔赴甲州，近藤勇急募队员100余名。江户幕府为即将奔赴甲州的军队起名为“甲阳镇抚队”，3月1日，近藤勇带着甲阳镇抚队从江户出发。

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　　甲阳镇抚队一路西进，经过近藤勇和土方岁三的家乡多摩。多摩的乡民们早已听说新选组在京都的英雄事迹，纷纷设宴款待。觥筹交错之中，近藤勇等人早已忘了今夕何夕。直到手下带来急报，新政府军的板垣退助所领的军队已行进到甲府城附近。
　　急急行军的甲阳镇抚队到达甲州时，已然是3月6日，甲府城已落入板垣退助手中，甲阳镇抚队已然失了地利。除此之外，甲阳镇抚队也有许多无法克服的弱势：镇抚队虽已经过再编制，其装备仍然是旧式，而新政府军是全新的西式装备。武士刀和长枪，在西式装备面前显得笨拙而可笑。从人数上看，甲阳镇抚队仅有不足200人，而板垣退助有1，200军士。所以，甫一开战，甲阳镇抚队已伤亡百人。近藤勇带领残兵退往下总国流山村（现千叶县流山市），准备伺机反扑。但是4月3日，新政府军突袭了流山村，将近藤勇等人团团围住。

　　敌众我寡，硬拼定会全军覆没。近藤勇命手下投降，自己也堂堂正正走出藏身地。在接受讯问之时，近藤勇声称自己名为大久保大和。不巧的是，大久保大和是新选组局长近藤勇的假名，新政府军中人尽皆知。而且，当时的新政府军中还有见过近藤勇的人存在。
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　　运气欠佳的近藤勇被严密看管，一路押往板桥的镇抚总督府。在板桥，近藤勇的厄运仍然没有消散，负责审问他的是出身土佐藩的谷干城。土佐藩的坂本龙马死得蹊跷，土佐藩士向来疑心他是死于新选组之手。仇人见面，分外眼红。谷干城对近藤勇严刑拷打，逼问杀害坂本龙马的凶手究竟是何人。近藤勇虽然被打得遍体鳞伤，但坚决否认新选组与坂本龙马之死有关。
　　纵然没有证据，无法给近藤勇定罪，但是，作为数年来与尊王攘夷派为敌，手上有无数条攘夷志士性命的新选组组长，新政府绝对不许这样的人活在世上。
　　近藤勇自从被捕，就知道自己必死。他并无忧惧之色，在狱中写下了数首绝命诗。“孤军苦无援，终为阶下囚。狱中思君恩，无言泪满襟。”就是其中的一首。
　　庆应四年（1868年）4月25日，新选组组长近藤勇被押送至板桥刑场，执行了斩首刑。近藤勇明知江户幕府势力衰微，已是夕阳西下，仍然对幕府忠诚到底。正像中国那句古话，自反而缩，虽千万人吾亦往矣。终生向往武士身份的近藤勇的行为胜过了无数真正的武士。但是，他终究没被允许用武士应有的方式结束自己的生命。他甚至没有切腹的权力，像一个普通囚犯一样被刽子手砍下了首级。

　　日期：2015-03-17 18:36:16
　　近藤勇的尸首被交还给多摩郡的近藤家人，而首级被浸泡在烧酒中，一路运往京都三条河原暴尸。虽然已死去多日，悬在三条河原的近藤勇首级依旧面目如生，令京都百姓又惊又怕。而且，更奇的是，近藤勇的首级在一天夜里不翼而飞。直到今天，近藤勇首级的去向依然成谜。
　　其实，在游说近藤勇率领新选组出兵甲州之前，胜海舟已经私下与西乡隆盛等多次联络，决定实行“江户无血开城”的计划了。但是不战而降，必定人为刀俎我为鱼肉，这对江户幕府来说过于冒险。若有人能为江户幕府拼死一战，虽然毫无胜算，但也可以作为江户幕府的筹码，有助于幕府在与新政府的谈判中获得更多的有利条件。而崇尚忠义，血气方刚的近藤勇及其所率领的新选组，正是可以加以利用的最好人选。狡狯精明的胜海舟早知新选组必败无疑，他向近藤勇所提出的“甲州狙击”，其实是包藏祸心的死亡建议。

　　日期：2015-03-17 18:37:22
　　江户幕府灭亡之后，胜海舟因主张与政府军议和，立下大功，被新政府授参议与海军卿之位，又被封为伯爵。而近藤勇和他的新选组满怀着忠义之心死去，并一直被视为逆历史潮流而动的“贼军”。 仗义每从屠狗辈，负心尽是读书人。这句诗虽然颇为偏颇，但每每想到近藤勇的悲剧人生，便会觉得该诗至少说出了部分的真相。
　　日期：2015-03-19 19:30:32