随着苏峻军逼近，京师戒严，庾亮假节都督征讨诸军事，庾亮弟弟庾翼以白衣的身份领数百人守石头城，又命左卫将军赵胤为历阳太守，命左将军司马流守慈湖，用以对抗。另一方面宣城内史桓彝亦领兵反抗苏峻，在芜湖击败苏峻别军并进据芜湖。徐州刺史郗鉴亦打算领兵南归保卫建康，但庾亮仍然以防备北方为由不允许。
　　苏峻进一步逼近建康，朝廷抵御的军队多次都战败。咸和三年（328年）二月，苏峻即将到蒋陵覆舟山，有人预料苏峻将绕过重兵驻守的石头城，于是向庾亮建议派伏兵在小丹杨南道伏击苏峻军，但庾亮不听从。及后苏峻果然绕经小丹杨道进攻，更在其间迷路，靠一个当地人作向导才得以继续前进，期间军队无阵形可言。庾亮知道后又后悔。
　　卞壸随后率军与苏峻在西陵大战，但卞壸大败。然后苏峻攻青溪，卞壸再率军拒击，但不能抵抗得住，卞壸力战而死。守云龙门的将领都战死。庾亮则领兵在宣阳门准备抵抗，但士卒尚未成阵就已弃甲逃走，庾亮没法子再和人家打了，只好与三位弟弟和其他兵众出奔温峤驻守的寻阳。
　　庾亮等人一跑，苏峻成功攻入建康，王导与光禄大夫陆晔等官员都在正殿守护晋成帝，令攻进来的苏峻不敢上殿。但苏峻却在后宫抢掠，表现的是残酷而凶暴，又驱役百官，让官员担著东西运上蒋山。苏峻残酷无道，在建康裸剥士女，令他们狼狈得以草席甚至泥土蔽体，哀号之声更震动城内外。另尽掠库存的二十万匹布，五十斤金银，亿万钱和数万匹绢布。
　　日期：2014-05-20 22:33:55
　　苏峻掌控朝廷之后，让自己当骠骑将军、录尚书事，祖约为侍中、太尉、尚书令，许柳为丹杨尹，马雄为左卫将军，祖涣为骁骑将军。以王导德高望重，仍然让他官居原职而排在自己前面。叛将路永、匡术劝杀尽王导等大臣，只不过苏峻敬重王导，没有同意。
　　再说庾亮跑到寻阳后，宣太后诏，命温峤为骠骑将军、开府仪同三司, 加郗鉴司空。温峤以苏峻未平而不接受，同时打算起兵讨伐苏峻，又分兵给庾亮。庾亮和温峤本来互推为盟主而大家都推让不受，后有人推荐征西大将军陶侃，于是二人共推之，并派人到荆州通知陶侃。

　　起初陶侃因为自己没有被任命为辅政大臣的愤怨而拒绝，和祖约是一个样子，后在温峤的多番劝请下才答应一起讨伐苏峻和祖约。陶侃来到寻阳后，众人都称陶侃要杀庾亮以谢天下，因为陶侃本来就怨恨庾亮嘛，庾亮很害怕，就跑去给陶侃认错，这个表现最终令陶侃释怀，反更欣赏庾亮，讨伐军于是齐心要进攻建康，平灭苏峻，西军遂起兵。
　　同时王导以太后密令要三吴吏士起义兵援救建康，三吴的东军亦起兵。
　　苏峻知道陶侃领导的西军起兵后，听从部下的计谋，由姑孰退守石头，分兵对抗西军各部。而东军则派管商、张健和弘徽等拒战，双方是互有胜负，相持不下。同时苏峻亦逼成帝迁到石头城。但是毛宝领兵袭击了祖约的运粮部队，夺取了全部米粮，令祖约更加缺粮。郗鉴随后也率众渡江与陶侃在茄子浦会合。及后就与陶侃以水军直指石头城。苏峻当时见陶侃军和温峤军兵士众多，显得很畏惧。但另一方面，在广德的桓彝显得孤立无援，周边郡县都向苏峻投降，只有桓彝坚决不降，后被韩晃击败并围困，最终城陷被俘杀。

　　东军方面，苏峻的部下是胜多负少。让支援朝廷的那些人很是失望，这样一来，西路讨伐军在逼近石头城时就打算作一次决定性战役，但陶侃认为苏峻兵强难以争锋，打算行持久战并以智谋击败他。后因多次交战都无大成果，更筑白石垒固守，由庾亮领二千守军据守。不久苏峻以万人来攻，但都不能攻破。陶侃于是命郗鉴和郭默还驻京口，建了三座堡垒来分散苏峻军力。
　　祖约则派遗祖涣和桓抚攻打在马头山的桓宣，毛宝领兵救援并成功击败对手，令桓宣解困并投归温峤。及后毛宝又于东关与祖约作战，攻破合肥戍。此时，祖约手下有将领暗中勾结后赵，作为内应。后赵于是派石聪和石堪渡过淮河进攻祖约守的寿春。祖约被后赵军击败，只好逃奔历阳，而赵军则虏胁寿春二万多户人北归。苏峻心腹路永、匡术和贾宁知道祖约兵败后都感到害怕，于是劝苏峻尽诛大臣，改立腹心。但苏峻敬重王导，不肯接受。路永等因而也对苏峻离心，反令王导有机可乘，王导就派人劝说路永归顺。王导后来还试图救出成帝投奔义军，但因守备森严而失败，王导于是带二子与路永逃到白石。

　　讨伐军在建康附近与苏峻军相持不下，而苏峻分遣诸将四出攻掠，令群情恐惧。但温峤始终也无法击溃苏峻军，反倒兵粮食尽，只好向陶侃借粮。但此举令陶侃十分不满，帮你打仗就行了，现在还要管你吃喝，你到底能干嘛？声言要退回荆州。不参与这档子事了，温峤便以汉光武帝在昆阳之战和曹操于官渡之战中以寡敌众作例子，认为都是因义而胜。又说苏峻因小胜而骄，一次挑战就可一鼓而擒之。又称如今犹如骑虎，不能中途下来，若陶侃逆众意返回荆州，人们会失望丧气，以至兵败，那不义之名就会在陶侃身上。后毛宝亦劝陶侃留下，更以夺敌粮为约，若失败陶侃才走。陶侃于是分粮给温峤。毛宝最终成功烧毁苏峻的积粮，令苏峻军缺粮，这一来，亦解决了陶侃离开的危机。

　　不久，苏峻派韩晃和张健攻郭默守的大业垒，当时大业垒正缺水，人都被逼饮用粪水。面对如此困境，郭默畏惧而偷偷出走，只留兵守卫。在京口的郗鉴军听闻作为京口屏障的大业垒被攻打都很惊慌，当时陶侃正打算营救大业垒，但他的长史认为陶侃的水军不孰悉步战，一旦营救失败就会令讨伐军陷于劣势，反建议陶侃直接攻击石头城，让韩晃等自动退还以援救石头城。这其实就是围魏救赵。陶侃听从并率水军向石头进攻，庾亮、温峤和赵胤亦领一万步兵由白石南上，向苏峻军挑战。

　　苏峻领八千人拒击,并派部将匡孝和儿子苏硕攻赵胤。及后劳军酒醉的苏峻见赵胤被匡术击破而退走，于是说：“孝能破贼，我更不如邪！”及后就留下军队，仅率数骑向北突阵。但苏峻不成功，唯有撤回，但在撤回期间马匹停滞不前，苏峻被陶侃部将以矛投掷，于是堕马被杀。苏峻被杀后被斩首、碎尸和焚毁遗骨，令讨伐军军心大振，而苏峻军溃散，任让于是立苏逸为主，闭城自守。部将韩晃则取石头，管商和弘徽攻庱亭垒，但被击败，管商向庾亮投降。

　　苏峻一死，这战争也没有立即就结束，到了咸和四年（329年）正月，陆晔等人游说匡术以苑城归附，匡术答应了，此时，右卫将军刘超和侍中钟雅等密谋带晋成帝投奔西军，但是计谋败露了，苏逸于是派任让领兵入宫收捕刘超和钟雅。此时成帝抱着二人哭着说：“还我侍中、右卫！”但任让还是带走并杀害二人。