由于长州人十分谨慎，每次聚集都会选择不同的场所，所以古高也不知具体的地点到底在哪。近藤与土方分析之下，认为最有可能的就是四国屋和池田屋两个地方，而四国屋当时是长州藩士经常下塌的旅馆，所以那里的可能性较大。这时新选组内除了逃走的、生病的、受伤的之外，能够出动的只有三十余人。于是兵分两路，近藤带领冲田、永仓、藤堂、原田、谷三十郎等先行前往池田屋，而土方带领余下的新选组主力部队前往四国屋。

　　然而主力军的土方部队扑了个空。攘夷志士桂小五郎、吉田稔磨、松田重助、宫部鼎藏等主要倒幕恐怖分子们进行秘谋的地方，居然是在池田屋。几人此时已得到古高被捕的消息，坐下来一研究，认为这古高俊太郎是个精忠的死士，死也不会出卖攘夷的同志，于是决定相信古高，一切计划照旧。
　　日期：2013-11-06 18:00:29
　　↑池田屋一带？

　　十九、池田屋袭击事件（中篇）
　　元治元年六月五日，桂小五郎与众志士一商量，觉得古高俊太郎热血正直高风亮节，断然不会出卖同志。于是当即决定计划照旧，以桂为首，吉田稔磨、宫部鼎藏、松田重助等高级攘夷恐怖分子带领众小弟齐聚池田屋，共商倒幕大计。
　　这桂小五郎（也就是日后的木户孝允），是早先在“安政的大狱”中被迫害身亡的吉田松阴的弟子，与坂本龙马、高杉晋作是真正的日本好同窗。此人攻于心计，剑术了得，不过大部分情况下为了避免无谓争斗，还是会采取逃跑战术。由于每次逃跑时路线明确、速度奇快、成功率高，故人送称号“逃跑的小五郎”。
　　近藤与土方兵分两路，自己带领少数人马前往池田屋。刚绕到后门，就发现后院昏暗处摆放着一些形状怪异的东西，走近一看，竟然是十余挺铁炮。冲田总司马上找来一条绳子，飞快地将铁炮跟枪捆成一捆，拖到别处藏了起来。
　　池田屋内出现了武器，那就证明此处为长州人据点无疑了。近藤一组此时只有六人，旅馆内志士人数尚未确定，贸然闯入并非上策。但此刻正是争分夺秒的紧要关头，为了不放跑任何一个长州志士，近藤勇仗着众人身高手高强，几名长州志士根本不足为惧，稍作犹豫便带领众人正面突入。
　　近藤等人从玄关通过，以“奉命例行检查！”为开场白，来势汹汹地闯进旅馆内部。这池田屋主人——惣卫门，做起事来可谓是滴水不漏，为了不连累家人，他提前一天便将老婆孩子藏匿到了别处。惣卫门听到喊声大惊失色，赶忙转身向楼上跑去，嘴里还大声喊道：“众位客官，官爷们来查房了啊！”
　　特殊行动最忌打草惊蛇，这老头儿竟敢抢在前头通风报信，近藤大怒，抡起大拳头便向惣卫门后背砸去，一下子把他打飞出去好几米远，当场昏厥过去。
　　这时长州的众志士们正你一言，我一语，热火朝天地针对古高被捕事件的善后方针以及幕府狗腿子的处决方法而展开激烈论述。一、先率领大部队将壬生寺周围团团围住然后放火，新选组出动之后再将他们赶尽杀绝，一个不留；二、趁火势之乱挟持传奏方，杀之以长州人代替，再以切腹为代价向朝廷请愿；三、放逐中川宫、一桥庆喜，废除松平容保爵位，委任长州人为京都守护职并弹劾将军。

　　计划已拟好，众志士们暂时宽了心，摆上一大桌好酒好菜，开始提前举行庆功酒宴了。
　　谁料此时突然听到楼下大喊“例行检查”，这一干志士三十余位此刻便如同炸锅一般，座席之上连滚带爬，打翻了桌上的美味佳肴，踩得满地都是，各种哭爹喊娘场面那是相当的混乱。要说这桂小五郎不愧为“狂乱的贵公子、攘夷的希望”，关键时刻那是相当淡定，当机立断打开窗子沿着屋顶一路小跑，跳入不远处对马守屋敷之中，又一次成功脱逃。
　　近藤本以为激进志士最多也就十个八个，当即一鼓作气，带领冲田、原田、永仓、藤堂、谷六人，有如六大派围攻光明顶，没想到一上二楼，黑压压的一大群人。近藤不愧大将之风，面对众多志士毫无怯色，“新选组奉命例行检查，顽固抵抗者格杀勿论！”

　　这帮长州志士被近藤气魄震慑，竟然没人敢仗着人多势众主动进攻。
　　两方人马只是稍稍对峙了一下，终于其中一长州志士率先打破僵局，抽刀便向近藤砍来。冲田总司一看，这小厮不知天高地厚，竟然敢攻击自己师傅，于是不等近藤拔刀，自己首先迎上前去，一刀便把这倒霉的长州志士砍倒。
　　随着冲田的一刀，池田屋战役便正式打响。
　　此时近藤与冲田战斗在楼上的最里间，永仓新八负责打扫厨房到门口的范围，枪术达人原田左之助与谷万太郎守在楼梯口，后院则是藤堂平助负责清理。

　　志士们一见领军人物“逃跑的小五郎”第一时间成功脱逃，便产生逃命为先的想法。数人从窗子跳到楼下后院，好死不死的就进入了藤堂平助的战斗范围。志士们一看后院有人把守，于是干脆从二楼跳下一楼登楼处，却被两枪术达人原田、谷逮个正着，浑身上下被戳数处，几名撞撞跌跌逃至正门的，又被永仓新八一刀砍倒。
　　这时冲田的前方惊现吉田松阴的另一位高徒——吉田稔磨。冲田正杀得起劲，一见吉田拔刀要砍自己，马上将爱刀高仿菊一文字挡在身前做出攻防一体姿态，两人只打了一个照面，还未坚持到第三招，吉田已被冲田砍倒。
　　但这时许是由于天气炎热，体力消耗严重，身患劳咳的冲田旧疾复发，与吉田几乎同时倒下。劳咳也就是肺痨，现代称为肺结核，在当时的江户是相当于癌症级别的绝症。即使是在20世纪初期，这种病还是死了不少人。
　　冲田旧疾复发无法继续战斗，只得退到一边稍作休息。
　　冲田退下火线后，五人的布阵也发生了变化。此时近藤仍然位于楼上最里间，永仓新八与藤堂平助上到二楼，枪术达人原田左之助与谷万太郎仍然留守楼下清理漏网之鱼。

　　围攻池田屋已是半夜十点左右，门口虽燃起八盏大灯笼，但因天色昏暗，视线仍然不佳，一躲在暗处的志士突然发难偷袭藤堂，藤堂防不胜防，被刺中眉心，血流不止。不过还好有铁制头带保护，只是额头受到重创，并无生命危险。即便如此，藤堂也无法再继续战斗，便和冲田总司互相搀扶着，到安全场所避难去了。
　　这时永仓的爱刀已是伤痕累累，在迎接下一个斩击的时候喀嚓一声从根部断裂。永仓便在地上随便捡了一把死人的刀，继续战斗。拾刀之时突然觉得手感不对，低头一看，只见他大拇指处一片血红。大概是刚才被一刀削掉了左手拇指处一小块肉，而战斗之中一直处于高度紧张状态，所以对受伤之事未曾察觉。
　　这时会津藩、桑名藩以及彦根藩的救援部队才赶到现场，将池田屋里里外外围得水泄不通，一这会儿连只苍蝇都飞不出去了。再过一会，土方大部队也从四国屋赶到了。