二十八日，仙台、棚仓藩兵作为会津援军进驻了白河城，会津七、八队，炮两门加上仙台二大队，炮六门、棚仓一大队，炮若干、旧幕军三队，总计人数二千六百左右。次日，以萨、长、大垣、忍等新藩组成的政府军七百余，携臼炮、火箭炮九门集结于白坂。五月一日正式爆发了第二次白河战争。新政府军从左右两翼、正面展开三方攻击，同盟军所持的武器无论是精度还是射程上都远远低于新政府军的臼炮、火箭炮，战局渐渐由平分秋色转为同盟军不利，尤其是右翼战斗中会津指挥官日向茂太郎战死使得阵形大乱，正面战斗中副总督横山税之介的无谋指挥下死伤惨重，同盟军渐渐由进攻转为防守，最终白河城失陷，同盟军大败逃离战场。

　　当日的战斗中仙台藩、棚仓藩、会津藩阵亡数百人；相较之下新政府军阵亡人数仅为10人，败得怎一个惨字了得。
　　另一边在黑川应战的新撰组队士伊藤铁五郎战死，其余队士撤至势至堂，次日转阵于三代。
　　五月下旬，同盟军领导人物聚集在须贺川重新制定白河城的夺还计划。但此时西军已迎来多批援军，双方于二十六日再次交战却赶上天降大雨，同盟军的旧式武器出现了发射不良等状况，各藩同盟军又因雨天延误了会合时间，只能被迫各自展开游击战，未能同时展开总体攻势。此战又是败得极惨，击退了同盟军之后，板桓退助率领土佐藩兵进驻了白河城。新撰组也与会津藩一同参与夺还战，但在先后的两次小战役中连续败退，只得撤退至牧之内方面。

　　六月三日，为躲避白河的战火，会津的新藩主松平喜德（松平容保的养子）在白虎队一番、二番队护卫下前往福良避难，顺便将新撰组也一同叫了过来。巧的是新撰组的屯营就在白虎队宿舍隔壁，作为代理局长的斋藤一便不时前去探望，并与白虎队员们谈话、互动，鼓舞这些少年们的士气。白虎队的队员们只知道新撰组的最高指挥官是土方岁三，而斋藤本性沉默低调，几乎不与外人谈论自己的私事，因此少年们都以为斋藤就是土方（长相上就相差甚远好么），见他像大哥哥一样毫无架子地与自己亲切谈笑，个个心中感动，士气受到了很大鼓舞。

　　这时真正的土方岁三还在休养中。进入六月，同盟军在白石城设置了列藩同盟公议府，在福岛城设置军务局，并拥立轮王寺宫为盟主，仙台藩主伊达庆邦、米泽藩主上杉齐宪为总督，原幕府老中&唐津藩世子小笠原长行、原幕府老中&备中松山藩主板仓胜静为参谋，原幕府若年寄&陆军奉行竹中重固为军事总裁，再加上原幕府海军副总裁槺疚溲锏取６杂谛抡此担庑┤硕枷嗟庇诠乙患锻┓福驹谥泄说慕嵌壤蠢斫猓褪蔷竂神社里供奉着的那些罪恶滔天的甲级战犯。不仅如此，同盟军还策划着拥立轮王寺宫为东武天皇、伊达庆邦为将军、松平容保为副将军，将奥羽彻底改造成为一个独立新国家的大计划。

　　土方在伤势刚刚好转之后便迫不及待地趟了这趟浑水，先后面会了轮王寺宫的亲信觉王院义观、竹中重固，竹中在与土方面谈之后给会津藩写了一封书信，帮他借用了多数枪支弹药、大炮、炮术专家等，并提出了让土方率军转战大平口的建议。

　　七月上旬，土方刚一复归至前线，就立刻正式接任了传习第一大队的大队长一职。然而新政府军已先后攻陷了白河城、磐城平城等，大军已逼近会津境内。土方只得暂行撤退至三代附近，再与新撰组其余成员会合。
　　近藤的死亡给土方带来了巨大的精神打击，经过数月的休身养性，土方的心境发生了相当大的变化。一直以来，无论是同伴还是敌人，死在自己手中的人不计其数，但生命的脆弱、失去至亲之人的痛苦，换作以前的土方无法理解，或者说他根本不屑去理解。“生命是宝贵的”这句话，只有在经历了生离死别这样的人生重大变故之后才能够体会得到。现时的土方已经不再是“鬼之副长”，而是以怜悯、宽容的心态去对待身边的每一个人。复归后的土方多以微笑表情示人，亲切和蔼地认真倾听年轻士兵的苦恼、疑问，还结合实际情况给出自己中肯的建议帮助解决难题、行军中向全体士兵赐酒鼓舞士气等等，他那独特的个人魅力几乎征服了军中的每一个人，因此士兵们满怀崇敬地用“像温柔的母亲一样”这样温馨的词语来形容土方（你妈会让你切腹么？你那是后妈吧？）。不知京都新选组时代的相关者在听到这句对土方的评价时会做何感想。

　　另一方面，新政府军平定了关东的彰义队之乱，又击退了大鸟圭介率领的千人部队。但目前为止奥羽列藩同盟虽是临时搭伙，但根基相当稳固，要想瓦解还是得从内部。代替世良修藏成为奥羽镇抚参谋的长州藩桂太郎与萨摩藩大山纲良联合会见了秋田藩主佐竹义尧，以谈判为名进行了各种威逼利诱，终于说服佐竹脱离了列藩同盟，转投新政府成为镇抚主力军。紧接着又如法炮制，将弘前藩、新庄藩也成功招至麾下。另一些胆小、处于劣势的守山藩、三春藩也紧抱大腿，为保本藩利益先后脱离同盟降伏于新政府军。新政府趁热打铁，以“先修剪枝叶，后摧毁树干”的谨慎打法，先是攻陷了棚仓、泉、汤长谷、平等小藩，七月二十七日又攻进了会津的邻藩——二本松。新政府大军终于离会津藩领越来越近了。

　　日期：2014-01-06 15:15:17
　　六十四、会津总攻击
　　“奥羽越列藩同盟”本是临时凑成，从某种意义上来讲也可以看作是“乌合之众”。虽然多藩先后脱离同盟降伏于明治新政府，但他们成立同盟的最初目的是拯救会津以及对萨长蛮横政权的厌恶。他们向会津藩伸出援手是出于雪中送炭的道义而不是理所当然的义务，因此在本藩面临着生死存亡的紧要关头之时，采取自保的手段也属人之常情，任何人都没有权利去指责他们，充其量也只能算是有始无终、未能贯彻到最后而已。

　　然而在这些被迫中断对会津援助的诸藩中，三春藩却是个例外。他们虽然表面上加入同盟，但实际上却成了新政府在奥羽越中的卧底。七月下旬，二本松藩在陷入与新政府军的苦战之时，本以为赶来支援的是同盟的三春藩军，没想到三春藩竟然在后方向自己开炮，结果造成腹背受敌的窘迫局面。七月二十七日，在叛徒三春藩军的领路下，以萨摩为主力的新政府军经由本宫直达二本松本阵，而这时二本松藩军正出战于白河口，城中只有少数藩士、老人、妇人及少年。无奈，为了保护藩领不被侵占，只得派出60岁以上的老人及12至18岁的少年作为急先锋，在炮术师范木村铳太郎的率领下火速出阵迎敌。但无论是战力还是兵力上都明显吃了大亏，作为队长的木村铳太郎阵亡，少年队也几乎被全灭。

　　城内的二本松家老丹羽一学、城代家老丹羽和左卫门等见大势已去便在本丸放火，随后家臣7人一同自刃。二本松之战不到一日便分出了胜负，战死人数达245人（实际上远不止这些）。