后来，左宗棠担任云贵总督。当时，陶澍的女婿、左宗棠的好朋友胡林翼在贵州担任知府，是林则徐的下属。胡林翼多次向陶澍推荐左宗棠。林则徐对左宗棠有了更多的了解，便要胡林翼去请左宗棠来云贵督署工作。当时的左宗棠虽然很想去云南拜见林则徐，但无奈家务缠身，无法前往，只得婉拒了林则徐的邀请。左宗棠与林则徐的第一次会面，也就因此推后了。
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　　左宗棠在给胡林翼的信中这样表达自己对林则徐的崇敬之情，他说：“十多年来，听到别人对林公的赞赏，又看到陶公与他的来往信函，以及陶公私自记载的几则关于林公的笔记，我对林公的为人，非常佩服！自鸦片战争爆发以来，我的心一直跟随在林公左右，忽而悲，忽而愤，忽而喜，忽而笑。近年来林公辗转大江南北，一直跟随他的能有几人？他又怎能知道，在这湘阴乡下，有一个叫作左宗棠的人，是他的知己呢？”可见，左宗棠对于林则徐，是相当仰慕的。

　　所以，当左宗棠听到林则徐请他去会面的消息后，非常兴奋，连忙跟随林家仆人来到湘江边。这时候，林则徐的座船已经停靠在江边，当地的不少官员听到信息后，前往拜见这位名震中外的民族英雄。
　　左宗棠来到岸边后，将一个写有“湖南举人左宗棠”的大红拜帖交给仆人带给林则徐。不一会儿，仆人回来告诉左宗棠，林则徐已经支开了其他官员，专等左宗棠上船会见。

　　由于太过兴奋，左宗棠在过连接堤岸与座船的踏板时，一个不小心掉进了湘江中。虽然冬天水不深，没有性命之虞，但当左宗棠爬上岸的时候，他的衣服、鞋子全部湿透了。
　　浑身湿透的左宗棠进入船舱拜见林则徐。林则徐看到一副落汤鸡的样子，不禁哑然失笑。
　　左宗棠自我打趣说：“我听说三沐三薰是一种重要的礼节。我今天做到了三沐，只是三薰还没有做到。”
　　林则徐笑着说：“多年没听到你的消息，没想到你还是这么文绉绉的呢！快去换衣服，别冻着了！”
　　不一会儿，左宗棠就换上了新衣服。当他从更衣室出来的时候，桌面上已经摆上了一坛酒、一桌菜和两个酒杯。林则徐倒上两杯酒，举杯对左宗棠说：“季高，快坐下，咱们边喝边聊，我有很多话要和你说。”
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　　左宗棠坐下与林则徐对饮一杯后，说：“当年，林公虎门销烟，抵御英寇，令我钦佩万分。可惜，朝廷没能始终重用您，最终功败垂成，签下了那丧权辱国的《南京条约》。想起来，真是令人痛心！”
　　对于这件事，林则徐倒显得很达观。他说：“英、法这些国家，都算不上强敌。只要努力作战，击败它们并不难。鸦片战争失败就失败在‘投降’二字上。始终如一，坚持抗战，英、法怎么可能是中国的对手。”
　　左宗棠对此颇有同感，说道：“投降派最是误国！鸦片战争没能取胜，致使英、法等国兵威大震。中国东南沿海，从此多事也！”

　　林则徐说：“制服英、法等国法子，你的那位湖南老乡魏默深（魏源，字默深）在《海国图志》当中已经有了详细的阐述，叫作师夷长技以制夷。英、法等国的长处在洋船、洋枪、洋炮。咱们中国也得学着造，造好了才能不怕列强挑衅。我之前在广东也造过一些，后来去新疆就基本上没造了。时不我待，你们这些年轻人，如果有机会，一定要将这个法子付诸实施。”
　　左宗棠说：“如今督抚中能认识到这一点的还很少，想起来真是令人担忧！”
　　林则徐接着说：“这还不是最令人担忧的。英、法等国侵略中国，只是为了通商，而某些国家，不仅要通商，还要占我领土，那才是中国真正的敌人。”
　　左宗棠沉思了一会儿，说：“林公说的可是俄国？”
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　　林则徐笑道：“正是俄国。我在新疆待过几年，深刻地感受到俄国对新疆的威胁。我记得你对新疆问题颇有研究吧？我还记得当年你写的那几句诗，‘西域环兵不计年，当时立国重开边。橐驼万里输官稻，砂碛千秋此石田。置省尚烦他日策，兴屯宁费度支钱。将军莫更纾愁眼，生计中原亦可怜’。你对新疆问题，看得很准嘛！”
　　见偶像如此夸自己，左宗棠倒有些不好意思了。他说道：“一时涂鸦之作，林公谬赞了。我自小喜欢舆地学，也曾研究过《畿辅通志》、各省省志、《西域图志》等书，对新疆问题一直比较关注。那时候，由于张格尔叛乱，大家都比较关注新疆问题，龚定盦（龚自珍，号定盦）、魏默深他们主张在新疆设置行省。我虽然没有去过西北，但由于之前多年研究新疆地理，对于新疆的重要性有所认识，所以比较赞同龚、魏他们的看法，于是吟出那首诗。俗话说，百闻不如一见，林公可否给我多讲讲新疆的事情呢？”

　　林则徐说：“好。新疆地域极其广阔，以天山为界，分为南疆、北疆两部分。北疆靠甘肃这边，重要城市有乌鲁木齐、玛纳斯等，这一块现在已经施行郡县制。北疆靠西那边，重要城市为伊犁、塔城，伊犁尤其重要，是镇守新疆的一大炮台。南疆是维吾尔族同胞聚居之地。天山脚下有三座城市，达坂、托克逊和吐鲁番，经过这三城即可到达南八城。阿克苏居于中间位置，东面有喀喇沙尔、库车等城，西面有乌什、喀什噶尔、英吉沙尔，南面有叶尔羌、和阗。喀什噶尔为南疆最重要城市。”

　　说完这一大段，林则徐觉得有些口渴，于是喝了一小口酒，然后接着说：“新疆并不像大家想象的那么难以发展。我曾经去过吐鲁番等地，那里的土地非常肥沃，只要兴修水利解决灌溉问题，那里完全可以变成塞外的江南。可惜现在那里是昏官当政，根本不重视水利建设和开垦荒地，以致如此肥沃的土地，不能富强，真是令人痛心！”

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　　左宗棠仔细地聆听着林则徐的教诲，他的思绪似乎也跟随着林则徐，去往那万里以外的大漠边疆。林则徐指出的每一条治理新疆的方略，左宗棠都深深地铭记在了心中。
　　夜深了，江面上的清风吹起一阵阵浪花，不断地冲击着船底，发出咯吱咯吱的声音，它像一曲美妙的伴奏，辉映着林则徐与左宗棠的这次历史性的会谈。
　　两人相见恨晚，一直谈到第二天早上太阳从东方升起的时候。临别之时，林则徐从行李箱中取出一大捆文件、书籍，放到左宗棠手中，对他说：“历史会证明的，俄国才是中国的真正敌人。我老了，看不到这一天了，你还年轻，一定会看到这一天。东南海防，或许还有别的人可以办理，但西定新疆，我看只有你左季高可以做到。这是我穷尽毕生心血收集来的关于新疆的资料，我将它们全部赠送给你，你以后用得着，希望你不要辜负我的期望。”

　　当时的左宗棠，只是一个三次会试落第的穷书生而已，与林则徐根本不在一个级别上。然而，林则徐却这么看重他，将他视为接班人，这种知遇之恩，使他感觉到莫名的激动，也使他感觉到责任重大。此后的许多年，左宗棠在这种精神的鼓励下，渡过了一次又一次的难关。现在，他成了大清的“功臣”，位列陕甘总督，麾下有数万军队，终于有机会可以实现当年林则徐交给他的任务了。