首先，现在我们考古中发现的人类化石量极少，越是往前，化石量就越少，考古学家往往根据几颗牙齿或一个、半个头盖骨化石为依据，进行洋洋洒洒地推论，明显证据不足。
　　1995年初，中国科学院发表了一篇总结性的文章，介绍中国古人类考古50年来的主要成绩。读着这篇文章，明显感觉证据不足。比如，著名的元谋猿人，也就发现了两颗内侧门牙，一左一右；蓝田猿人只有一个下颔骨；丁村人，只有三颗牙齿，一小块头盖骨；马坝人，只有一个不完整的头盖骨；柳江人，只有一个完整的头盖骨，四个完整胸椎及五段肋骨；资阳人，只有一块头盖骨，一块完整的硬腭；山顶洞人略多一些，有三个完整的头盖骨，几十颗牙齿和一些脊椎骨。要知道，从元谋猿人到山顶洞人中间有150万年的时间，我们仅凭一点点资料竟然能勾画出人类150万年的发展史，真有些不可思议。你怎么能用一小块头骨就确定它是人还是猿，或者是其他什么东西？无论如何，读着古人类学家给我们的结论，总有一种模模糊糊的感觉。

　　外国的古人类研究同样存在这个问题。《化石》杂志1995年第一期曾报道，埃塞俄比亚的亚的斯亚贝巴举行了一次记者招待会，会上，科学家展示了大约450万年前人类始祖的化石，命名为南方古猿，其证据：头城后部一小块，耳骨和牙齿的一些碎片。1856年，在德国迪赛尔多夫城附近的尼安德特河谷的一个山洞里，人们发现了一块不完整的头骨和几根腿骨化石，从此，尼安德特人竟然成了早期智人的代名词，虽然后来又有少量发现，但证据乃不充分。

　　事实上，关于人类进化体系中的化石不完整性，早在19世纪英国的郝胥黎就曾指出过，人类不能直接从猿进化而来，中间存在一个巨大的化石空白区。至今的考古学也同样证实，所谓的新人之后有4万年的化石空白，这4万多年里，正在进化中的猿类跑到哪里去了呢？难道是跑到另外一颗星球去完成进化了吗？实际上，不但是人类，几乎所有的生物都没有进化中期的化石，为解决这种尴尬，科学家只有提出“突变学说”，即生物的进化不是逐渐完成的，而是在一个特定的环境下突然发生的。但这也是假设，而且更加没有证据。

　　其次，在考古测定方面也存在许多问题。目前我们考古测定通常使用碳—14测定法，但碳—14很不稳定，年代越远，差距也就越大，在人类化石的测定方面，有的误差几万年或几十万年。比如，元谋猿人170万—100万年，相差了70万年，蓝田猿人115万—75万年，相差了40万年。
　　还有，关于人类起源的研究时间并不算长，在20世纪初期的时候，一些学者认为，人类大约出现于4000多年以前，后来经过考古发现，把这个年代逐步高移1万年、2．5万，结果定为4万年。再往后，美国科学家提出了10万年说，现在又提出了450万年说，这种大动荡的本身也说明了一些问题，而且在这其中也伴随着相当大的学术争论。
　　因此，有不少人对这套进化模式持怀疑态度。尽管从猿到人的进化中有许多诸如考古等方面的证据，但仔细分析起来，其中仍不难发现许多问题，如猿人和古人之间的过渡类型是什么？古．人是如何向新人飞跃的？是什么力量促使他们变化的？为什么缺少中间类型的化石？
　　有人从进化的角度提出疑问：脊椎动物的四肢都着地，这样分散了脊椎骨的压力，这从生物学的角度来讲是合理的。而人却是直立行走的，直立人的脊椎所承受的压力过分集中，反而不如四肢行走的脊椎动物合理，为什么会发生这种进化呢？它是进化还是退化？
　　现在有一个问题需要注意，由于人与动物的最大区别（在外形上）就是人能直立行走，而动物则是爬行，因此我们总是想尽办法去解释这种区别，由于人比动物要先进得多，因此在解释时，我们总是首先确定这种区别的合理性，总是将这种区别看成是首尾相接的进化证据，这是不是也是一种误区呢？大家都在讨论直立行走的好处，那是因为我们人就是直立行走的，为什么不去分析一下四肢行走的好处呢？

　　按照一般观念认为，人类手脚的分工是在劳动过程中形成的，自然环境的变化将古猿赶出丛林，从而使前肢进化为手臂。而东非大裂谷地区的考察已经证实，这个前提条件至少在东非是不存在的，那么促使猿人手脚分工的环境又在哪里呢？同时，我们发现，蓝田猿人和山顶洞人，他们生活的地区并不是大平原或草原，而是植物比较茂密的山区，世界其他地区的猿人生活环境也基本与此相类似。而在这种自然条件之下，用四肢行走难道不比只用后肢行走更为有利一些吗？怎么会发生手脚分化的进化呢？

　　再者，用血浆蛋白分子差异程度的定量测定发现，人与现在的大猿、黑猿最为接近，大约在4000万年以前，人与大猿、黑猿分手。可奇怪的是，经过4000万年漫长的岁月，大猿和黑猿几乎没有什么明显的变化，它们永远属于灵长类哺乳动物，照目前的进化程度看，它们再经过4000万年也不会进化成智人和现代人。如果进化论是生物界的普遍规律，那么这个规律应该适合所有生物的进化，既然已经有一支猿类进化为人，那么我们为什么没有发现正在进化的其他猿类呢？或者说我们为什么至今没有发现其他猿类进化成人的趋势？为什么地球上只有人类的进化获得了如此速度？

　　如果从整个地球生物界来考虑，动物的进化虽然在体形上会有很大的不同，但在功能和特点上却是应该有同步进化的特点，看一看我们周围的动物吧！哺乳类动物中有许多特点和功能是相同的，从中可以看出它们是沿着一条本质相同的轨迹在进化。而我们人类却是整个动物界的奇迹，我们进化的轨迹与它们根本不同，简直就是两回事，除了人以外，我们再也找不着直立行走的动物。如果说直立行走标志着动物的进化，那么这种进化就不应该单单反映在人类身上，而在其他动物之间也应该有类似的进化发生，这才符合整个地球动物进化的规律。然而在其他动物中，我们看不到一点点直立行走的趋向，这是为什么呢？如此追问下去，我们人类的进化谱系究竟是怎么来的呢？

　　我们生活在地球，对地球自然界生物的进化是有相当直观的认识，进化是为了更好的生存，而自然界里更好生存的前提条件是什么呢？跑得快，使你可以有更多机会捕捉到食物，逃避攻击；身子灵巧，可以使你巧妙逃避天敌的进攻；目光敏锐，可以更早发现食物或前来进攻的对手；力气大，可以轻易打败对手，保护自己；爪牙锋利，可以具备极其有效的进攻武器。可我们人类是向这些条件进化的吗？不，不是。进化没有给我们飞快的速度、灵巧的身躯、鹰一般的目光、牛一般的力气、猛虎一样的利爪，我们什么都没有。那么，自然界为什么要如此进化人类呢？这种进化有什么合理性呢？一点都看不出来，可以说，我们人类自从产生以来，就与这个自然社会格格不人，要么我们是错误的，要么自然界是错误的。

　　时至今日，许多人依然认为，人类的进化是源于自然的压力，这些压力包括洋流、冰川、地轴倾角、气候、生物变化等等。但是人类自从诞生以来就生活在地球上，与地球上许许多多动物同样经历着来自大自然的各种压力，由于这种压力是共同的，因此由压力引起的变异也应该具有趋同性。可人类的进化道路恰恰与其他动物没有丝毫的相同之处，这又是为什么呢？

　　如果谈到人类与其他动物的智力问题，达尔文的进化论更是左右碰壁，而智力问题又是人与动物区别的根本所在，没有人能够回避得了。
　　人类的智力来得莫名其妙。智力的发展应该有两个条件：第一是相对艰苦的生活环境，为了生存就需要用更多的智力去获取食物；第二是动物的群居性，群居的动物可以形成一定的社会模式，要求以更高的智力来处理。这两个条件都符合我们人类，我们曾经有过相对艰苦的生活环境，我们也是群居动物。但问题在于，这个理论根本没有普遍性，对许多动物而言，目前的生活环境比以往任何时候都要艰苦，人类的捕杀与环境污染就使许多动物快要绝种了，地球上群居动物决不仅仅是人类，连蚂蚁都是群居动物。在这两个条件符合的情况下，其他动物的智力发展水平如何？这是一个不需要回答的问题。

　　人种问题也是进化论不好解释的谜案。现在世界上基本有黄、白、黑、棕色四大人种，这四种人分布在世界各地，就其居住地区来说，黄种人基本在亚洲，白种人基本在欧洲，黑种人基本在非洲，而棕色人种则在澳洲，美洲的印第安人大至属于黄种人系，即蒙古人种。这四色人种的区别不仅仅在肤色上，而且在生理结构方面也有细微的差别。比如说，黑种人血液当中所含红血球就与黄种人不同，它能输送更多的氧气，因而黑种人在运动方面有得天独厚的条件；黄种人的味觉系统是全世界最发达的，因此中国菜也是五味俱全，花样繁多；而白种人的味觉系统则十分迟钝，只好在吃的方面简单一些了，等等。