蒙古帝国建立后，成吉思汗致力于南方，多次侵入金国，但还在灭金与西夏之前，就开始了西征。
　　日期：2017-07-09 08:00:41
　　1西辽灭亡

　　公元1203年，成吉思汗击败克烈部王罕，王罕之子桑昆逃亡西夏，不久迫于蒙古压力，继续向西逃亡，在可失哈耳（今喀什，也有说在库车）被当地首领杀死。
　　公元1211年，乃蛮部流亡王子、西辽驸马屈出律囚禁耶律直鲁古，自立为“古儿汗”，篡夺西辽王位，屈出律自立后，让被囚禁在八剌沙衮的东喀拉汗王朝苏丹穆罕默德向自己效忠，并派人护送其回喀什噶尔，穆罕默德回到喀什噶尔就被刺杀，屈出律于第二年灭东喀拉汗王朝，并在当地禁止伊斯兰教，推行佛教，引起伊斯兰教徒的不满。公元1215年，屈出律迁都喀什噶尔，并于1216年攻克于阗。

　　公元1218年，成吉思汗亲自西征花剌子模，命哲别统领一支蒙古军队中途南下进攻西辽，屈出律慌忙从喀什喀尔城中逃走。哲别进入西辽后，宣布宗教平等，各地居民可以保持自己的宗教信仰，得到伊斯兰教徒的拥护和支持，帮助蒙古攻杀西辽士兵。西辽的不少官员也纷纷投降，有的还引导蒙古军队追击屈出律。屈出律逃至巴达哈伤（今阿富汗巴达赫尚）后，被当地伊斯兰教徒抓捕送给哲别，在撒里黑昆山谷(今新疆喀什地区塔县境内)被处死，西辽灭亡。屈出律的出逃路线，应该是由今阿克陶县的盖孜河谷翻越帕米尔高原。

　　日期：2017-07-10 12:51:30
　　2察合台汗国的建立与扩张
　　成吉思汗统一中亚后，即把辽阔的西域分封给术赤、察合台、窝阔台。除术赤封地主要在钦察草原外，察合台、窝阔台的封地正是包括新疆在内的中亚伊斯兰教地区。多桑《蒙古史》称：“察合台之封地东起畏吾儿之地及海押立（今哈萨克斯坦塔尔迪库尔干），西抵只浑河（阿姆河）两岸”。察合台的封地是在塔尔巴哈台山（今新疆塔城）西南、阿拉湖（今哈萨克斯坦境内近中哈边境）之西、七河流域南部直至河中的广大地区；七河流域的北部属术赤封地；从塔尔巴哈台山南的伊米尔河流域向东至和布克赛尔盆地经阿尔泰山南至科布多地区为窝阔台封地。察合台的封地最初是以伊犁为中心，包括楚河、塔剌斯河直至河中地区，其政治中心则在伊犁的阿力麻里，察合台本人也常驻阿力麻里（今新疆伊犁州霍城县）。早期的察合台封地并不包括塔里木盆地。蒙古最早是在这一地区设立“推事官”，因为没有遇到反抗，蒙古人在当地的统治政策应当是相对宽松的。公元1227年成吉思汗死去，以幼子拖雷监国，一般也把这一年作为察合台汗国建立的时间，但是成吉思汗只是封给诸子封地，并未成为汗国，建立时间应该更晚。公元1229年窝阔台继任蒙古大汗。公元1241年窝阔台汗死后，其皇后乃马真氏监国。公元1242年，察合台死，孙子哈刺旭烈（察合台长子木阿秃干之子）继位，公元1246年窝阔台子贵由继立可汗，改命察合台第五子也速蒙哥为察合台汗，两年后贵由汗便死去，皇后斡兀立氏监国，公元1251年拖雷长子蒙哥继立，因为也速蒙哥反对拖雷系的蒙哥，蒙哥于第二年命哈刺旭烈复位，但哈刺旭烈复位途中就死了，儿子木八剌沙成为名义上的汗，事实上是母亲兀鲁忽乃监国，木八剌沙是察合台后王中率先改信伊斯兰教的。蒙哥汗还把原属于察合台封地的河中地区交给拔都管理，公元1259年，蒙哥汗死于征南宋的军中，拖雷第四子忽必烈与弟弟阿里不哥争位，窝阔台的孙子海都和哈剌旭烈的妻子兀鲁忽乃支持阿里不哥，忽必烈派察合台重孙兀鲁克为察合台汗国大汗，中途被海都攻杀，公元1260年，海都协助察合台的孙子阿鲁忽（察合台第六子拜答儿之子）成为察合台汗国统治者，阿鲁忽娶兀鲁忽乃，不久，阿鲁忽转向忽必烈，并收复划给钦察汗国的河中地区。不久海都击败阿鲁忽，阿鲁忽先是逃到于阗，后来又逃到撒马尔罕。公元1266年，阿鲁忽死，木八剌沙复位，不久，忽必烈支持哈剌旭烈的侄子八剌（木阿秃干之孙）夺取汗位，八剌攻击海都，公元1268年，海都联合钦察汗国攻击八剌并迫使其与自己联合，三国划分在河中地区的势力范围，八剌反过来攻击忽必烈，夺取斡端(今新疆和田)，公元1270年，八剌进攻伊利汗国的呼罗珊地区，先胜后败退到布哈拉，并在那里改信伊斯兰教。公元1271年八剌死后，诸宗王争夺汗位，海都支持八剌的儿子笃哇于公元1274年夺得汗位，笃哇出兵侵袭畏兀儿地区，忽必烈起用在中原的察合台后王阿只吉和出伯，命他们率军出镇别失八里（今新疆吉木萨尔县）、阿力麻里、斡端等地反击笃哇。

　　日期：2017-07-11 08:00:23
　　在此之前，公元1260年5月，忽必烈登基成为蒙古帝国大汗-薛禅汗，并于公元1264年8月击败阿里不哥，12月改年号“至元”。忽必烈是蒙古诸王中受汉文化影响较深的一个，这也是北方的术赤、察合台和窝阔台系诸王反对他的主要原因之一。公元1271年，忽必烈改国号“元”。
　　公元1278年（元世祖至元十五年），忽必烈在阿力麻里设置中书行省，派太子那木汗为总督出镇，但第二年阿力麻里被笃哇汗占领。元政府仍在可失哈尔（喀什噶尔）等地设推事官，公元1281年，改推事官为“都护府”，克州境内属可失哈尔都护府，以应对察合台汗国笃哇汗的袭扰。
　　当时蒙古诸汗国中，蒙哥的弟弟旭烈兀（拖雷系）建立的伊利汗国（也称伊尔汗国）支持忽必烈，公元1295年，笃哇汗在海都协助下攻占伊利汗国的呼罗珊地区，公元1298年又侵入印度拉合尔地区（今巴基斯坦境内），把以上地区交给儿子忽都鲁火者管理，公元1299年-1303年，忽都鲁火者和塔儿海两次渡印度河达到德里一带（今印度境内）。公元1298年，笃哇还在"岭北行省"打败元军。公元1301年（元成宗大德五年），察合台-窝阔台汗国联军在阿尔金山被元军击败，海都战死，笃哇重伤。海都死后，笃哇帮助其子察八儿成为窝阔台汗国统治者，但双方很快发生权力之争，公元1303年（元成宗大德七年），察合台汗国和窝阔台汗国向元求和，公元1304年，笃哇在元朝的支持下，掠夺窝阔台汗国西部城池，元朝怀宁王海山也在东部袭击窝阔台汗国，察八儿大败，只好投降笃哇。公元1306年，笃哇死，长子宽阇继位，宽阇在位一年有余，公元1308年去世。察合台长子木阿图干的曾孙塔里忽以旁支身份成为汗，并在蒙古贵族中推行伊斯兰教，引起笃哇系的不满，公元1308年被笃哇子怯别暗杀，察八儿企图趁机复兴窝阔台汗国，被怯别击败，察八儿东逃入元，察合台汗国吞并窝阔台汗国。公元1310年，怯别推举哥哥也先不花为察合台汗国大汗。也先不花在位期间为扩张领土，分别侵元和伊利汗国，均被击退。公元1320年（一说公元1318年），也先不花死，怯别成为察合台汗国大汗，缓和了与元、伊利汗国的关系，高昌回鹘也向其称臣。怯别汗迁都至那黑纱不（今乌兹别克斯坦南部卡尔希）