朱以海就任监国后不久就遇到了来自宗室内部的难题，早在他登监国大位前，唐王朱聿键就已经在福州称帝，即隆武帝。得知这一消息后，朱以海陷入了两难的境地，就皇室亲疏而言，他和朱聿键都是明　朱元璋的后代，同朱由检的关系相距甚远；从拥立时间上来看，朱聿键略早于他，而且已经由监国称帝；就统治地域来看，朱聿键得到了除浙东以外各地南明地方势力的认可，而他只限于浙东一隅之地。很快，朱聿键派使者来绍兴，要求朱以海退位归藩。因朝臣中有不少人主张承认朱聿键的地位，朱以海不得已之下宣布退位归藩，于九月十三日返回台州。十月初一，主张承认隆武朝廷为正统的大臣开读了诏书。然而，在张国维和熊汝霖等人的坚持下，绍兴政权最终决定拒绝接受隆武帝的诏书，重新迎回朱以海。[4]

　　唐鲁之争
　　顺治三年（1646年）正月，朱聿键命都御史陆清源携带白银十万两前往浙东犒师，却被朱以海部将杀害。由于朱以海政权中许多文官武将向隆武朝廷上疏效忠，朱聿键也加意笼络，给他们进官封爵。朱以海针锋相对采取挖墙脚措施，在这年四月间派左军都督裘兆锦、行人林必达来福京以公爵封郑芝龙兄弟。朱聿键闻讯大怒，将来使囚禁。不久，又杀朱以海所遣使者总兵陈谦，更引起了郑芝龙的不满。

　　由于朱以海坚持同隆武朝廷分庭抗礼，地理原因监国政权处于抗清的前线，给福建提供了屏障，隆武朝廷的实权人物郑芝龙对这种局面心中窃喜，按兵不动有了借口。朱以海既自外于隆武朝廷，不惜以高官厚爵收买支持者，流风所及，官职紊滥。[4]
　　声势大振

　　顺治三年（1646年）五月，清朝派大军征讨浙东，刚好这年夏天浙江久旱不雨，钱塘江水涸流细。清军见水深不过马腹，于是分兵两路进击绍兴，方国安的钱塘江防线顿时土崩瓦解，大批明朝官吏投降清军。五月二十九日夜，朱以海在张名振等人护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。出走前，朱以海派靖夷将军毛有伦保护他的家人退往台州，但毛有伦却自作主张，改道蛟关以便人海，不料途中遭遇叛将张国柱，朱以海的家眷被押往杭州。清廷以此为要挟，派使者前往通告朱以海，要他剃发归降，却遭朱以海痛斥，他愤怒地抨击清兵“平夷我陵寝，焚毁我宗庙”。

　　朱聿键被清军杀害之后，一些不愿意投降清廷的文武官员改奉鲁监国朱以海为正统，这使得他的地位发生了很大变化。这时，张名振不失时机地提出了“隆中对”，他向朱以海完整地阐述了先三分天下，建基立国，再收复江南和一统天下的战略方针。具体步骤是先攻取清军兵力薄弱的福建，建立起可靠的根据地；再利用“监国”名义和声望，招揽人才，逐步增强政治、经济和军事实力；同时妥善处理好同海外邦国的关系，争取朝鲜和日本出兵相助；在西南永历称帝一事上，不再采取针锋相对的方针，让永历政权尽量拖住清军。如此一来，就能形成三分天下（清廷、永历政权和鲁监国）之势，待江南空虚之时，用精兵袭取南京，则明朝复兴有望。

　　朱以海对这一策略极为赞赏，决定按张名振版“隆中对”所设定的那样成就一代霸业。同年六月，朱以海在张名振等人保护下抵达舟山，割据舟山群岛的黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，拒不接纳朱以海入城，鲁监国君臣在舟山借住了两三个月，做足了仁义文章。九月，据守金、厦一带的永胜伯郑彩将朱以海迎入福建，不料，郑芝龙已经赶赴福州博洛军前投降，他派人通知郑彩献出鲁监国向清廷请赏。郑彩不愿投降清朝，决定奉朱以海为主，朱以海的实力迅猛增长，大多数浙江和福建官民都以鲁监国为中兴大明的旗帜；再者，满洲军主力已由博洛带回北京，福建清军兵力空虚。[5]

　　奋战福建
　　顺治四年（1647年）正月，朱以海在长垣誓师，在誓师会上，他向各路大军表明了“王业不偏安”的决心。朝政军队初步整顿就绪后，朱以海即着手收复失地，短短半年内，福建多个府县相继收复。七月，鲁监国朱以海亲征，他广发檄文，号召各地绅民起事，共创大业。“解放区”不断扩大，建宁府以及建阳、崇安、松溪、政和、寿宁、连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地均被收复。同年十月，福宁州也被明军攻克，清朝在福建的统治陷入崩溃的边缘。

　　原隆武朝大学士朱继祚从北京回到原籍福建兴化，接受朱以海重任，在兴化城内号召起义，兴化总兵张应元被打得措手不及，带着残兵败卒乘夜逃跑，兴化城也落人明军之手。到顺治五年（1648年）上半年，朱以海收复了闽东北三府一州二十七县，省会福州几乎成了一座孤城。为了尽快攻占福州，朱以海亲临福州城外的闽安镇指挥攻城，在朱以海的激励下，福建“义师起，八郡同日发”。[6]

　　同室操戈
　　就在明朝复兴形势一片大好之际，南明朝廷的内讧又开始了。郑彩想架空朱以海，进而取得实际大权。顺治五年（1648年），郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，指责郑彩说：“杀忠臣以断股肱，我活着还有什么用？”说罢就要跳河，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。

　　清朝派精锐满洲军南下福建，配合浙闽总督陈锦辖下的汉军反攻。此时，郑彩的排斥异己使鲁监国军队战斗力大减，在泉州和漳州一带活动的郑成功也以尊奉死去的朱聿键为名，拒绝接受朱以海号令。这种情况下，先前攻取的福建建宁、福安、罗源、宁德、政安和浙江景宁、庆元、云和、松阳等州县又被清军夺去。
　　顺治六年（1649年）正月，朱以海只好移驻福建和浙江两省交界的沙埕，几个月后，张名振攻取健跳所，将朱以海迎到健跳所居住。这段时间，权臣郑彩同郑成功发生火并，被郑成功击败，不得已上表求救，朱以海对他断送大明中兴的大好机会极为痛恨，乘机收编郑彩余部。
　　立足舟山
　　“隆中对”中的第一步收复福建未能成功，张名振修改了计划，他建议朱以海收取被黄斌卿割据的舟山群岛，再连结日本、朝鲜等国，渐图恢复。此刻，朱以海驻跸于健跳所，健跳所只是浙江临海县一个濒海的小地方，难以立足，朱以海和他的大臣们实际上经常住在船上，以防清军来袭。
　　顺治六年（1649年）九月，张名振派兵袭杀黄斌卿，管了黄斌卿军。朱以海到达舟山后，下令礼葬黄斌卿，恩养他的家属，对黄斌卿旧部加以安抚，并且给予赏赐。舟山群岛局势得到稳定，朱以海奋战数年，终于有了一个复兴基地。
　　在舟山站稳脚跟后，朱以海重新整顿朝纲，他派遣使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂出山担任大学士，又对各级官员进行了合理调配朱以海在战略上转变为经略浙江，同宁波府四明山寨的王翊、王江、冯京第等义师遥相呼应，预想清军一旦势弱，就反攻大陆。此外，他还一度遣使前往日本寻求援助。