1889年，完县县令拜于孙禄堂门下，在县令的协助下，蒲阳拳社重新厘定章程，成为一所常年招生的武术学校，同年孙禄堂与张瑞的女儿张昭贤女士完婚。这期间孙禄堂一直打听老师郭云深的行止，因郭云深无固定居所，故未能得知。

　　这时孙禄堂已经名冠武林，于是被朝廷聘为武技主试官去各地招考武庠生。孙禄堂因此常与南北各派武林高手交流，得以广泛地研究各派的技法，每逢比武较量，孙禄堂的武功神乎之游刃，令人望尘莫及。例如一次孙禄堂在武风盛行的河北丰润县招生时，看到当地的拳师在拳术上虽然肯下功夫，但多不得法，于是忍不住对拳师给予指导，因此当地一些拳师都来向孙禄堂请教。不想这下惹恼了当地的一位武术名家、被时人尊为武圣人——武林志。这天武林志找上门来与孙禄堂比武。孙禄堂端坐在椅子上让武随意进击，结果只一下，武林志就摔倒在椅子后面，门牙摔掉了两棵。再看孙禄堂，仍旧坐在椅子上。于是武林志彻底服输了。

　　1893年，定兴的孙绍亭与清朝军机大臣鹿传麟老家的护院总管某发生了冲突。孙绍亭原是燕青拳名家，后来也向程庭华学习八卦拳，故与孙禄堂相识。孙绍亭与某相约在本县某地械斗。随后孙绍亭就邀请孙禄堂来定兴某地见面，但没有说明是什么事。完县离定兴不远，孙禄堂接信就赶到定兴某地，见孙绍亭已等在那里，同时发现气氛不对，对面有某邀集到的北五省上百位武林高手正准备上前械斗。而孙绍亭仅邀到孙禄堂一人，他见孙禄堂来了，自己转身即逃。孙禄堂无奈，独自应战。伤彼数十人，余作鸟兽散。孙禄堂未遭一伤。孙禄堂回去后问孙绍亭：“你把我叫来，你怎么先跑了？”

　　孙绍亭说：“我不跑就得被他们打死，还得分你的神来救我，此后诉讼之事由我办理。你就不用管了。”此事传出后，人言孙禄堂为“平定兴”。
　　这年，孙禄堂打听到郭云深回到了老家深州，于是孙禄堂带上一袋子银洋，这几乎是这些年他的所有积蓄，赶往深州看望郭云深。郭云深见到孙禄堂非常高兴，又看了孙禄堂的武功，更是兴奋不已。郭云深对孙禄堂说：“你这般进境，如今海内已无人能及。”此时郭云深虽然已经年过古稀，但他是位不能闲着的人，这回有了孙禄堂送来的这些银两，不久郭云深又出门访友去了。由于郭云深造诣深厚，是形意拳那时的顶门人，所以郭云深每到一处，他的那些师兄弟们总要请郭云深对自己的弟子们给予指导。如刘奇兰的徒弟李存义以及徒孙尚云祥等人都得到过郭云深的指导。

　　不久孙禄堂又赴京城探望老师程庭华。二人朝夕探讨武技，数日后孙禄堂告别。同门张玉奎等问程庭华：“禄堂师兄的武功达到什么程度了？”程庭华说：“已臻神化至境，望尘莫及了。”
　　孙禄堂回到家乡后，有一天来了一位同门，告之老师郭云深去世了，并说老师在去世前嘱托把一包东西交给孙禄堂，孙禄堂打开一看，原来是郭云深集其一生习武心得写成的《解说形意拳经》一书。以示要孙禄堂为郭云深传其衣钵。

　　1900年，庚子之乱。孙禄堂闻讯后深感不安，再入京城探望程庭华。得知程庭华已经去世，被八国联军的排枪打死。孙禄堂深感悲伤。两位恩师的先后去世，使孙禄堂心情沉重，于是隐居故里，潜心研究拳学。不久孙禄堂的师叔、形意拳名家耿成性在北京成立“四民武术社”传播武术，请孙禄堂前来助场。于是孙禄堂再赴京城。在京城孙禄堂认识了精通太极拳的张秀林和杨春圃（即著名武生杨小楼），感到他们的太极拳在柔化技术上有独到之处，和自己以前学过的拳术都不一样，但他们这种柔化技术在应用上有局限性，不能全面适用于实战技击。孙禄堂与他们两位相互研究了三四个月，欲探究其拳的根本原理，以便提纯、改良其技，以全面适用于实战。从这时起，孙禄堂开始用心研究太极拳。

　　孙禄堂在京时，因武功高绝，被肃王请到王府，向孙禄堂学拳年余，后因母亲生病，托信叫孙禄堂回乡。于是孙禄堂辞别了肃王返回家乡。在与肃王相处的日子里，孙禄堂除了教授肃王武艺外，从无一事请托。因此孙禄堂的武功、气质和品行令肃王极为钦佩。肃王常对人赞叹孙禄堂，肃王说：“这个人（指孙禄堂）是圣人的气质，士大夫亦不能及。”
　　孙禄堂返回家乡时，同门师弟李文彪执意要跟在孙禄堂的身边。李文彪是程庭华的弟子，功夫很好，他非常崇拜师兄孙禄堂。这样李文彪就跟着孙禄堂一同回乡，和孙禄堂一起继办蒲阳拳社，各地的武术名家也常来拜访、请益，如程庭华的长子程海亭、八卦拳名家韩慕侠，形意拳名家马玉堂、郝恩光等，他们每次来都要住上多时，少则数日，多则数月，共同探究拳学至理。这期间，肃王也多次来函请孙禄堂返回北京，但孙禄堂不喜欢京城王府里的浮华生活，于是都婉言回绝了。在这期间，孙禄堂不断淬炼提升形意拳、八卦拳的技艺，并着意研究太极拳，从理论到技术结构再到技击实践，反复研磨，研究使形意拳、八卦拳和太极拳如何相互融合，成为融会百家的技术基础。

　　庚子之乱对孙禄堂影响很大，孙禄堂一方面深入研究技击效能的提升、建立自己的武学体系，另一方面深感拳术技击是无法抗衡枪、炮的威力。那么拳术技击的终极功用在哪里？孙禄堂提出：“习此艺者，非欲以艺胜人也。志士仁人养其浩然之气，志之所期，力足赴之，如是而已。”于是，蒲阳拳社在教学宗旨上逐渐转向修身，教学内容文武并修，以开启良知良能，改善身心，完备人格为诣归。孙禄堂通过自身实践感到修身与技击不仅可以融合，而且是相辅相成的。并开始沿着这条思路，来创建自己的武学体系。

　　1907年，翰林出身的徐世昌要去东北担任三省总督。他早就听说当今出了一位孙禄堂，武艺绝伦，道德高尚，学养深厚。于是徐世昌聘请孙禄堂去东北作他的幕宾，实际上为其内巡捕，负责他的保卫工作。孙禄堂在京城时也听说这位徐世昌很有见识和学问，修养也高。见面后，两人相互投缘，徐世昌在惊叹孙禄堂的武功出神入化的同时，也极为惊讶孙禄堂的学问之深和修养之高。为了表达对孙禄堂的尊重，建议孙禄堂与自己并号，因徐世昌自己的号为弢斋，所以建议孙禄堂就用涵斋为号。孙禄堂欣然接受了这个建议，也接受了徐世昌的聘任。并推荐师弟李文彪和自己一同去了东北，不久，李在探访局担任了武技教官。

　　在东北期间，徐世昌殚精竭虑，在非常困难的环境下，治理地方，维护主权，稳步举办各项新政事业，全面推进了东北社会的近代化进程。他与孙禄堂之间也相互了解得更深，彼此更加相互信任，结下了深厚的友谊。徐世昌曾保举孙禄堂担任知县、知州，被孙禄堂谢绝。孙禄堂告诉徐世昌，自己所长不是当官治理地方，而是拳学。平生之志不在仕途，而是提升武学文化。孙禄堂的轻利重道，让徐世昌更加敬重。每到新年，徐世昌总要给他的全体幕僚一人一个红包，以表谢意，唯对孙禄堂例外，他知道孙禄堂不会接受这种方式的感谢，所以他是写一幅字送给孙禄堂，而孙禄堂也是自己写一幅字送给徐世昌。所谓君子之交淡如水。