因此得知情况不好，鲁之甲与李乘先且战且退，但是还是甩不开后金军的追杀，就这样，后金军一直追到了柳河沿岸（今辽宁省海城南，西北处流入三岔河），明军被阵斩400余人，损失了战马700余匹，鲁之甲战死殉国！本来是想要出其不意的袭击耀州，但最终却落得这个结果，大明的这次军事行动，以失败告终。而这一次战败，在朝廷里引起轩然大波，萨尔浒明军伤亡四万多人、辽沈之战七万多明军伤亡、广宁之战数万明军投降、三万余明军战死，这样的惨败都远远超过了这次耀州之战，但是，针对于政治斗争来说，尤其是明末的党争来说，没有借口可以给你找出借口，更何况有了耀州之战这个契机，针缝大小的事情都可以被放大到黑洞那样，马世龙也就在劫难逃了。而很明显，那些人的攻击目标，是孙承宗。

　　因此，当马世龙战败后，言官交相弹劾，而朝廷也是诏令严切，责备马世龙，令其戴罪立功。这是一个很明显的信号，原本马世龙被攻击的时候，总是屹立不倒。因为，他的背后站着孙承宗，可是这一次，却被严厉斥责，也就是证明，朝廷里的风向标，开始变化了。
　　因为，当时的掌权者魏忠贤已经开始要动孙承宗了（时魏忠贤方以清君侧疑承宗），不是说天启帝朱由校此时不信任孙承宗，其实朱由校对于孙承宗的态度一直很好。只是如果事情出现在孙承宗自己的身上，天启帝朱由校还比较好抹除原谅，但是事情出现在孙承宗的手下，再一再而不可再三再四，更何况，这一次马世龙的的确确有过，这个大把柄，就算是朱由校有心抹除，也并不轻松。更何况，此时的魏忠贤，已经如日中天。比起孙老师，朱由校显然还是更信任魏忠贤。

　　其实魏忠贤一开始，并不是想与孙承宗为敌，他为了扩大自己的职权，是很需要争取孙承宗的。因此派遣使者联系孙承宗，可是孙承宗对于使者一句话也不说，态度已经很明显了，所以，这一举动使得魏忠贤开始记恨孙承宗。等到魏忠贤开始对东林党的杨涟、赵南星、高攀龙等人出手的时候，孙承宗也是预感到了事情的不妙，自己必须要出手了。否则下一个打击的一定是他！当时他正在蓟镇巡视，因此孙承宗放弃了继续巡视，也没有向皇帝上奏章，因为孙承宗很清楚，魏忠贤窃弄权柄，自己的奏章，朱由校是不一定能看或者想看的，只有自己亲自入朝，去博弈魏忠贤！

　　但是，督师大臣放弃巡视，必须要有一个正当的理由，因此，孙承宗以祝寿为名义，请求自己回朝面圣。借机扳倒魏忠贤的意思已经很明显了。此时，得知消息的魏忠贤大为恐慌。他不惧怕赵南星等人，但是杨涟和孙承宗却是不同，尤其是孙承宗。此人在朝野极其有威望，本人有能力不说，还是皇帝的老师，恰巧皇帝还非常信任自己的孙老师。更何况，孙承宗此时督师辽东四年，不仅边疆无虞，而起而且威望甚高，又握有十余万大军，麾下将领效命者甚多，这绝对不是一个好招惹的角色。这孙承宗此次进京，一定是来清除自己的。因此，大吃一惊的魏忠贤急忙跑到朱由校的身边，声泪俱下的求情，而朱由校的乳母客氏也是发挥了重要作用，同时，魏忠贤的党羽顾秉谦也说道，督师大臣没有圣旨擅自离开岗位，是不合法度的。再这样的“求情”下，朱由校终于同意了魏忠贤所请，禁制孙承宗入京，而魏忠贤怕夜长梦多，更是再度声泪俱下，迫使朱由校连夜召见兵部尚书，指示派人立刻阻止孙承宗入京。

　　而事已至此，魏忠贤还是不放心，他又假传圣旨给宫门的宦官说，如果孙承宗到达宫门外，就把他绑了，总之，绝对不能让孙承宗见到皇帝！
　　不容易，当真不容易，堂堂大阉宦魏忠贤竟然有怕的人、怕到了如此地步，当真是稀奇！而纵观晚明，除了天启帝朱由校、崇祯帝朱由检之外，孙承宗怕是魏忠贤惧怕本上的第一人！
　　而当组织孙承宗进京的指令到后，孙承宗刚刚走到通州，只得原路返回。而在这之后，魏忠贤党同伐异，大肆罗织罪名，东林党一瞬间遭到了毁灭性的打击，孙承宗自然也无法幸免，接连遭到了弹劾。于是，孙承宗也只得上书请求罢官回乡，他虽有能力，可是身后已无朋友，皇帝不太支持，魏忠贤依然权倾朝野，自己已经无法再有作为了。
　　天启五年十月，天启帝朱由校终于同意了孙承宗告老还乡的请求。朱由校并不昏庸，也绝对不是后世所公认的木匠天才政治蠢材。此刻同意孙承宗的请求恰恰是最好的白虎自己的孙老师的办法。因为只要孙承宗留在朝中一天，魏忠贤是绝对不会放过对孙承宗的打击的，久在河边走，哪有不湿鞋？久而久之，孙承宗一定会被抓住把柄，倒不如就此让老师回乡，任何人也就没有了再次攻击他的借口。而除此之外，朱由校特意晋升孙承宗为光禄大夫，他的儿子世袭中书舍人，又赏赐孙承宗蟒服、银币等，被免官回家，有此殊荣者，着实不多。足以看得出朱由校对于孙承宗的重视。而除此之外，朱由校并不傻，他还派遣专门侍从保护孙承宗回家，因为他知道，除恶务尽，这个道理，魏忠贤太清楚了，半路给你搞点儿事故，东厂与锦衣卫最为拿手。所以，朱由校对于孙承宗的保护，意图很是明显。总之，孙承宗就此回乡了，但是朱由校绝对没有看错人。他的孙老师，十二年后，将以最壮烈的方式，报效大明！

　　就这样，自从天启元年主持辽东防务、至天启二年八月孙承宗督师辽东至天启五年十月去职回乡，共镇辽东四年，在这四年里，孙承宗在山海关之外，共在锦州、大凌河（今辽宁省锦州）、小凌河（今辽宁省锦州西南）、杏山（今辽宁省锦州南）、松山（今辽宁省锦州南）等地依据地势修筑城堡，将整个山海关外的防御体系打造的十分坚固，此防线起自山海关至宁远前锦州城，涵盖了几乎整个辽西走廊，孙承宗每天坚持推进一步，共逼退努尔哈赤七百余里，构成了这一防线，这便是大名鼎鼎的关宁防线！而除此之外，《明史》孙承宗本传记载他的功绩为：

　　“前后修复大城九、堡四十五，练兵十一万，立车营十二、水营五、火营二、前锋后劲营八，造甲胄、器械、弓矢、炮石、渠答、卤楯之具合数百万，拓地四百里，开屯五千顷，岁入十五万。”
　　可以说，整个辽河以西地区，几乎全部被恢复，这样的功绩，世所共闻。而努尔哈赤在这样的对手对峙下，寸步未进，反而被逼的后退，孙承宗于大明，确有大功！