而历史终究没有让这两个英雄人物来场对决，他们共同信奉的藏传佛教格鲁派此时遭了大难，统治西藏的噶玛政权对格鲁派步步紧逼，甚至组织了“反黄教联盟”，准备彻底铲除格鲁派。五世达赖和四世班禅派遣使者携密信来到卫拉特，面见顾实汗，希望他能负起“持教法王”的重任，前去援救。
　　是留下来等待未知胜败的决战，还是去保卫教主并独立发展，两者之间顾实汗做出了明智的选择。

　　他向巴图尔珲台吉征求意见，巴图尔珲台吉也想尽快摆脱这个绊脚石，便欣然同意，并亲自协助。
　　于是，1636年，顾实汗和巴图尔珲台吉以及几乎所有的卫拉特贵族率领军队南征青海，击败了“反黄教联盟”的主要成员绰克图台吉。顾实汗率部留在了青海，继续完成护教大业，而巴图尔珲台吉则在得到大量珍贵的礼物并迎娶顾实汗的女儿之后，返回了卫拉特。
　　卫拉特联盟至此完全瓦解，拥有力量的首领们各自建立了自己的汗国。顾实汗日后在拉萨建立了囊括青、藏、康区的和硕特汗国，土尔扈特首领和鄂尔勒克在伏尔加河建立了土尔扈特汗国，而巴图尔珲台吉虽然还要和顾实汗的侄子鄂齐尔图用“合约尔台吉”的名义管理卫拉特，但实际上已经“成了所有卫拉特领地的专制执政者”[6]。
　　准噶尔汗国便是在此时，正式诞生，也就是1636至1637之间。
　　（二）开国汗王的三次亮剑
　　巴图尔珲台吉建立了准噶尔汗国，实现了父亲未尽的理想，但摆在他面前的，可不是天下太平的景象。

　　西面，是卫拉特人的宿敌哈萨克汗国，此时正是骁勇的叶斯穆汗统治时期；
　　西北，俄罗斯帝国灭亡了西伯利亚汗国后稳步推进，已经将势力扩展到亚梅什湖地区，原本臣服于准噶尔的吉尔吉斯人开始向俄国纳贡，而沙皇且频频派使者前来希望巴图尔珲台吉加入俄国国籍；
　　东面，虽然阿拉坦汗王朝已经衰落，喀尔喀三部汗王不再有西进的意思，但后金帝国的迅速崛起让人炫目，北元蒙古末代可汗林丹汗败死于皇太极手下，漠南蒙古全境被纳入后金帝国版图，皇太极在1636年接受了“博格达.彻辰汗”尊号，并改国号为“清”，即皇帝位。对于还未臣服的蒙古各部和独立汗国，清帝国皇帝的野心绝不亚于俄国沙皇；

　　南面，天山南麓的叶儿羌汗国在经过多年混乱之后，产生了一位中兴之主阿卜杜拉哈汗，一时间君臣同心，国势强盛。虽然不会北犯，但也是不可忽略的威胁。
　　这是货真价实的强敌环伺。
　　亮剑，是准噶尔汗国的开国汗王的必然选择。
　　第一剑，他指向了对蒙古各地发出威胁的清帝国。
　　为了应付清帝国的压力，巴图尔珲台吉与喀尔喀的扎萨克图汗素巴第向所有部落和汗国发出倡议，要求举行会盟，共同应对危机。

　　此时，清帝国边界上，蒙古人的汗国鳞次栉比：漠北，是喀尔喀三部，其实也应该叫做“汗国”——土谢图、札萨克图、车臣；青藏，是顾实汗建立的和硕特汗国；唐努兀良海和科布多一带，是“阿拉坦汗王朝”；新疆，北部是准噶尔，南部是叶尔羌。土尔扈特汗国虽然在伏尔加河流域，但与故地的乡亲们仍然联系十分紧密。
　　清朝和明朝不同，对于蒙古，并不满足于羁縻，而是想着兼并。北元林丹汗在清朝的压力下拼死挣扎时，其他汗国都在看热闹。如今北元灭亡，漠南尽属清土，人们才感到唇亡齿寒。因此巴图尔珲台吉登高一呼，立即得到了几乎所有人的响应。
　　1640年9月，大会如期在塔尔巴哈台地方的乌兰伯勒奇尔召开。
　　这可算是蒙古世界的联合国大会。
　　喀尔喀三部汗王除了车臣汗硕垒因为年老派儿子参加外，扎萨克图汗素巴第、土谢图汗衮布均亲自到来。阿拉坦汗王朝二世汗鄂木布额尔德尼，和硕特汗国的顾实汗，土尔扈特汗国的和鄂尔勒克也都亲自与会，再加上有实力的首领，有威望的活佛和大喇嘛，共有27 位首脑参加。

　　只有叶尔羌汗国，虽然也是蒙古人后裔，还以察合台汗国的继承者自居，但因为信仰伊斯兰教，和其他信仰佛教的蒙古汗国早就有了“非我族类”龃龉，所以没有与会。
　　大会的主持者，自然是倡议者和此时风头最劲的准噶尔汗国的统治者巴图尔珲台吉。
　　大会上，众人均认为吞并了漠南蒙古的清帝国是最危险的敌人，为了生存，只有团结一致，共同对敌。可众多的汗国和部落如何才能团结？除了定制法典，别无办法。于是，经过反复磋商，《喀尔喀卫拉特法典》诞生了。
　　这是一部既确定了国与国关系，又确定了人与人关系的《法典》。其中规定，喀尔喀各部与卫拉特是彼此关照，互相负责的整体，不得互相侵略和掠夺，原有的战俘、移民和逃散人员问题，都要按法律解决，不得诉诸武力。一旦大敌来犯，要互相通报，一致对敌，有见死不救，怯阵脱逃的，要处于重罚。
　　在确定了这些大方向之后，《法典》还明确规定了，贵族之间，贵族与平民之间，贵族与奴隶之间的权利和义务，并有对宗教人士的专门条款。
　　《法典》的颁布，使得蒙古人在北元灭亡后重新树立起了抗清大旗，而掌旗者，无疑便是巴图尔珲台吉。
　　第二剑，他刺向了步步蚕食自己领土的俄罗斯帝国。

　　1643年，巴图尔珲台吉率领2000军队驻扎在亚梅什湖，打击俄罗斯的“探险队”，并围困塔拉城堡，威胁到原西伯利亚汗国首都秋明城的安全，“以火和剑威胁西伯利亚诸边境城市”[7]。
　　此时在西伯利亚力量还较为薄弱的俄国，只得暂时停下脚步，承认吉尔吉斯人对俄、准两方都有纳贡的义务，并开放秋明城作为对准噶尔的贸易站。
　　第三剑，便对准了哈萨克汗国。
　　早在1635年，巴图尔珲台吉便打败了叶斯穆汗的军队，俘虏了王子杨吉尔。但看到杨吉尔人才难得，巴图尔珲台吉不忍杀害，任其逃走。岂料，杨吉尔并不念不杀之恩，而是图谋复仇，频频袭击边境上的准噶尔人。
　　巴图尔珲台吉决定将这只当年放归深山的老虎再抓进笼子。1643年，他组织了一次声势浩大的远征，和鄂齐尔图一起召集了25000军队（一说5万人）前去进攻杨吉尔。对巴图尔浑台吉来说，这本是一次必胜的战争，但他却小看了在哈萨克历史上极为著名的英雄杨吉尔。

　　杨吉尔迎战的部队只有600人，双方人数悬殊极大，但杨吉尔却依托地形，用300人扼守准噶尔军必经之路峡道要塞，另300人绕到准噶尔军背后。
　　双方刚一交战，准噶尔军便遭到前后夹击，原本如此少的部队不会有什么重大的战果，但杨吉尔的部队全装配了最新式的火枪，并且都是百发百中的神枪手。这一下，准噶尔军阵势大乱，死伤枕藉。就在此时，另一位哈萨克首领雅兰图什率军20000前来增援，巴图尔珲台吉无奈撤军。
　　这一仗，成就了杨吉尔在哈萨克人心中的千古英名，按俄国人的记载，600人杀死准噶尔军近万人[8]，这应该是有些夸张的。如真有这样大的损失，巴图尔珲台吉必然要一蹶不振。但这次交战却无疑是一场惨败。
　　如此窝囊的战果让巴图尔珲台吉耿耿于怀，第二年便想兴兵复仇，但考虑到战争创伤并未平复，又有人从中斡旋，便作罢。
　　直到9年后的1652年，巴图尔珲台吉终于再起倾国之兵远征哈萨克，这一次已经是哈萨克汗的杨吉尔没有能再创造奇迹，在交战中战死，哈萨克人大败。从此，哈萨克人“在所有事情上都仰望着巴图尔珲台吉，并服从他”[9]，成为了准噶尔汗国的藩属。
　　1653年，巴图尔珲台吉去世，将珲台吉之位传给了自己的第五子僧格。此时的准噶尔汗国已经是北及额尔齐斯河流域和鄂毕河中游，西至巴尔喀什湖以东，南至天山北路的大国了。
　　僧格继承了父亲的丰厚遗产，但要保住这份遗产，他还要不断的亮出自己的宝剑，无论是对外来的强敌，还是觊觎自己位置的兄弟们。

　　（三）内讧中也有作为
　　因为弟弟噶尔丹的光辉太过耀眼，在准噶尔汗国的历史上，僧格总是一个被一笔带过的名字。似乎因为无休止的内乱，让这个第二任珲台吉毫无作为，只能在与兄弟的内斗中浪费光阴。
　　事实并非如此。
　　僧格是一个强者，一个即使遭遇内讧，也仍会有所作为的强者。
　　巴图尔珲台吉临终前除了将珲台吉之位传给僧格，还将自己的财产分成两分，一份给僧格，另一份则给其他八个儿子。

　　这并不公平，父亲对于儿子们总会有偏爱和疏远。但这样的不公平必然会导致兄弟相残。巴图尔珲台吉尸骨未寒，以僧格的异母兄弟车臣、卓特巴巴图尔为首的儿子们便起兵叛乱，对僧格展开了进攻。
　　兄弟阋墙，汗国的其他贵族也分成了两派，分别支持双方，借以捞取自己的利益。
　　僧格的岳父，已经被达赖喇嘛册封为“彻辰汗”的鄂齐尔图，僧格的叔叔楚琥尔乌巴什支持僧格，形成了南阵营；而鄂齐尔图的弟弟阿巴赖台吉则支持车臣和卓特巴巴图尔，形成了北阵营。