孤立无援的大策零顿多布只能尽力而为，派小股部队沿途骚扰清军，并频频发动偷袭，给予清军重大杀伤，仅在卜克河畔偷袭清军大营，便斩杀千余人。
　　但清军人数众多，齐头并进，并先期占领拉萨，对准噶尔军形成前后夹击之势。寡不敌众的大策零顿多布只得放弃与清军决战的计划，率军撤回准噶尔。
　　策妄阿拉布坦经营三年的西藏被清军夺得，控制教廷计划最终成为泡影。非但如此，清军挟战胜之威屡屡骚扰准噶尔边境，一度占领吐鲁番，俘虏驻守在边境的杜尔伯特台吉垂木伯尔以下2000余人，掳掠大量牲畜、物资，甚至践踏了乌兰呼济尔的军屯区，践踏毁坏大量庄稼。准噶尔军前去迎击，清军却又迅速撤走远遁，并不接战[40]。

　　更让策妄阿拉布坦恼火的是，得知自己在西藏失败消息的俄罗斯，竟然又开始蠢蠢欲动，派利哈列夫率领450名装备有新式枪支和火炮的“考察队”进入斋桑湖准备建立要塞。策妄阿拉布坦把在西藏失败的怨气全部撒在俄国人头上，命长子噶尔丹策零率军与俄军激战三天，最终将其击退。
　　1722年12月20日，清帝国“圣祖”康熙皇帝病逝于北京，健康状况业已不佳的策妄阿拉布坦也没有过多的精力与清军纠缠，双方边境一直持续不断的摩擦终于停止下来。为了缓和关系，策妄阿拉布坦派垂纳木喀为使臣前往北京。
　　继承康熙皇位的雍正皇帝仍然坚持康熙的强硬政策，并没有召见垂纳木喀，只是派理藩院尚书特古忒传谕道：“若尔台吉即遣亲信之人，诚恳陈词，朕即宽宥，以宁尔土宇。若冥顽不灵，仍构兵端，亦可名言其意”[41]，虽然傲慢，但却表示只要准噶尔方面不主动挑衅，自己也不会再兴兵端。
　　东线已经无事，策妄阿拉布坦本想休整兵马，治愈战争创伤。岂料，1723年，他得到消息，哈萨克大玉兹和中玉兹的统治者准备联合俄国进攻准噶尔。
　　每次汗国遇到危机，哈萨克便会趁火打劫，屡屡被教训而屡屡不吸取教训。策妄阿拉布坦“无奈”，派自己的次子罗卜藏索诺率军进攻哈萨克。

　　分裂的哈萨克果然极为窝囊，罗卜藏索诺轻而易举的占领了土尔克斯坦和塔什干，并缴获大量人口和财物。
　　这次战争收获颇丰，多少弥补了争夺西藏失败的损失，但从政治角度来看，却是得不偿失。
　　原来，在在清军进兵西藏过程中，康熙皇帝向青海诸和硕特首领许诺，评定西藏后从他们当中选贤者继承和硕特汗国汗位，诸部首领于是积配合清军攻势。但在大局安定之后，康熙皇帝及其继任者雍正皇帝都没有履行这一诺言。
　　汗国恢复无望，诸部首领对清廷日益不满，最终酿成了1723年罗卜藏丹津领导的以“恢复先人霸业”为口号的反清大起义。这次起义有各族僧俗20余万人参加，声势浩大，如果准噶尔能够派军予以协助，控制青海并非难事。可就是由于对哈萨克的远征，只能坐视其在清军的镇压下归于失败。青藏都为清军所控制，东线边境的压力更为沉重。

　　尤其是经过这次远征，原本并不显山露水的次子罗卜藏索诺获得了政治资本，起了觊觎汗位的野心，与长子噶尔丹策零处处相争。汗国宫廷内部又开始了明争暗斗。
　　儿子争夺储位，是司空见惯的。但策妄阿拉布坦无论如何也不会想到，两个儿子的争斗，竟然会使自己这个父亲身罹惨祸。
　　（十）噶尔丹策零时代
　　俗语道“治国容易治家难”，看似奇怪，却是真理。古今中外不知多少英雄在治国上政绩斐然，家庭却是混乱不堪。
　　策妄阿拉布坦与康熙打了半辈子交道，各有胜败，但在家庭问题上竟然都没能处理妥当，以至于最后连善终与否都为人所怀疑。
　　从1723年以后，策妄阿拉布坦的健康便每况愈下，逐渐不太过问汗国事务，大部分由其长子噶尔丹策零代行职权。
　　噶尔丹策零的母亲贡嘎拉布丹是和硕特汗国拉藏汗的妹妹，是策妄阿拉布坦的大妃，虽然母国被丈夫所灭，但也三从四德，没有对丈夫离心，一直受到信任。再加噶尔丹策零自己智勇双全，储君的地位本是无可动摇的。
　　可在1723年，贡嘎拉布丹去世，土尔扈特汗国公主出身的侧妃色特尔扎卜便在后宫中地位显赫起来，其所生的罗卜藏索诺在攻打哈萨克立下战功后，母子二人便开始积极运作夺取储位。

　　噶尔丹策零有着汗国大多数贵族的支持，而罗卜藏索诺除了有外祖父家土尔扈特汗国的支持，也有部分贵族，如罗布藏丹津、罗布藏车凌等把宝押在他一方。
　　兄弟二人明争暗斗，除了公开翻脸，几乎无所不用其极。但所幸策妄阿拉布坦虽然身体衰弱，神志还很清晰，始终没有让两个儿子火并起来。
　　可汗位只有一个，做父亲的再想公平，在这个问题上也终究会彻底偏向一方。噶尔丹策零颇负人望，但外祖父家无所依仗，罗卜藏索诺虽然才能不如兄长，但却有着强大的外援。要把一碗水端平，实在是太难了。
　　1725年，兄弟相争的结局似乎揭晓了。罗卜藏索诺一系列夺权活动让策妄阿拉布坦最终下了决心，对次子的势力进行打击，甚至想将其处死，罗卜藏索诺仓皇出逃。按照噶尔丹策零的意思，应该兴起大狱，彻底铲除弟弟和后母的势力，但策妄阿拉布坦年事已高，不愿把事情做绝，没有听从。罗卜藏索诺虽然出逃，他的支持者们仍然留在汗廷。

　　这个优柔寡断的决定很快便引发了准噶尔历史上一个重大疑案的爆发，而案件的受害者，便是策妄阿拉布坦自己。
　　1727年，一支土尔扈特汗国使团来到了伊犁，他们的任务，是代表土尔扈特汗国阿玉奇汗前来商议两国和亲的。可是，使团到达没有多久，准噶尔帝国的统治者，在中亚舞台上叱咤风云38年的策妄阿拉布坦便突然去世，毫无征兆的暴死在宫帐之中，享年62岁。
　　这是一起类似于“玄武门之变”的宫廷惨剧，因为这是兄弟相残，但也是类似于“烛影斧声”的悬案，因为一个最高统治者不明不白的死亡。
　　大多数史书倾向于是侧妃色特尔扎卜从来自娘家的使团手中获得了毒药，毒死了策妄阿拉布坦，并命自己的党羽准备发动政变，处死噶尔丹策零，让自己的儿子罗卜藏索诺夺取汗位。噶尔丹策零利用自己的威望，获得了大多数贵族的支持，平定了叛乱，处死了后母和她的三个女儿，并将土尔扈特汗国使团成员逮捕，处死了大半。原本属于罗卜藏索诺一党的罗布藏丹津、罗布藏车凌等人也遭到了审判[42]。

　　但这种说法的来源，都是噶尔丹策零在登上汗位后对父亲的去世和自己的继位所作的解释，虽不能说完全不可信，但胜利者的诉说总是让人有些怀疑。另一种说法，是色特尔扎卜原本是想毒死噶尔丹策零，却误毒死了策妄阿拉布坦，这也看起来有些离奇。
　　历史上的疑案最吸引人的地方便是有多种可能性，且每个可能性都是既合理又能挑出毛病的。
　　没有更多的史料让我们了解过程的细节，但结果却是实实在在的。那便是，噶尔丹策零成为这场惨剧的最大获益者，铲除了弟弟和后母的势力，成为了准噶尔汗国第五代汗王，而准噶尔汗国也进入了鼎盛的噶尔丹策零时代。
　　策妄阿拉布坦在位时，汗国在与清朝的战争中，虽然有胜有败，但失去的总是比获得的多。而继承康熙皇位的雍正皇帝在针对准噶尔的问题上也是一如既往的强硬。噶尔丹策零要想维持汗国的生存乃至于超过父亲，就必须比父亲更能整合汗国的力量。
　　为此，他进行了一系列改革。

　　策妄阿拉布坦时代，准噶尔汗国的属民分为十二个鄂托克，由汗王册封的台吉掌管，而当噶尔丹策零继位时，由于人口的增加，掌管各鄂托克的台吉们变得位高权重，隐隐对汗权产生了威胁。噶尔丹策零于是另设十二个鄂托克，从旧鄂托克中分出属民，规定各鄂托克属民都在6000左右，以散各台吉之势。同时，困扰准噶尔几代汗王的吉尔吉斯人，噶尔丹策零也妥善处理，在其中设立三鄂托克，并给予一定的自治权，保证他们留在汗国内而不再反复。

　　为了应付对外作战，噶尔丹策零还设立了独立的军事组织“昂吉”，整个汗国设有二十一昂吉。昂吉不是传统的军民合一组织，而是完全的常备军，不从事生产，所有军需均由锡尔河、阿姆河、撒马尔罕、塔什干、布哈拉等地的城镇供应，平日里便是进行军事训练，随时准备搏杀疆场。
　　另外，噶尔丹策零还继承和发扬了叔祖噶尔丹的战术，请瑞典人列纳特教自己的人民铸造火炮，并让他组建了1000人的专门炮兵部队——“包沁”。这个列纳特是俄瑞战争中被俄罗斯俘虏的，后在俄军中服役，1720年斋尔湖之战中又被准噶尔军俘虏。噶尔丹策零使他成为汗国的科技顾问，在他的指导下，准噶尔人掌握了制造轻型火炮的技术，结束了火炮进口的历史。