根据没收的文件，检察人员发现，在订货中费用的一部分作为回扣装进了公司主要干部的口袋。而造船费用的80%是来自国家贷款。由此，造船业主和运输省有关人员收受贿赂，为立法而提供政治献金等丑闻一并揭露出来，政界人士也被卷入其中。产业界和政界因涉嫌此案而被捕者达122人。
　　随即，自由党议员有田二郎被捕。造船工业会会长丹羽周夫、副会长土光敏夫，自由党成员冈田五郎、关谷胜利，改进党成员荒木万寿等人也相继遭到羁押。
　　调查开始触及吉田内阁的高层人士。自由党干事长佐藤荣作、政调会长池田勇人、改进党总裁重光葵等都被要求前去配合取证。
　　经过一系列缜密的调查取证，东京地方检察厅认定池田勇人涉嫌接受饭野海运社社长贿赂200万日元，佐藤荣作涉嫌从造船工业会及船主协会等受贿2500万日元。检察厅向吉田内阁提交申请，请求允许逮捕佐藤荣作。
　　逮捕现职党的干事长，对一向自负的吉田来说，不啻当头一棒，他从面子上和感情上都无法接受。他认为：“干事长问题发生的当时，也是国会议事最紧要的阶段，纵使不得不加以逮捕，但也决没有理由急于执行，甚至使国政遭受重大的妨碍。”
　　内阁副总理绪方竹虎建议吉田动用首相特别行政权，于是吉田命令内阁法务大臣犬养健根据检察厅法第14条规定，对检察总长行使指挥权，将逮捕推迟到“估计国际和国家法案可以通过”之时，实行延期逮捕。
　　第19届通常国会原定于1954年5月8日结束，但吉田为避免佐藤遭到逮捕，竞将会期延期5次，直至6月15日才告闭幕。

　　吉田丢卒保帅策略获得成功，佐藤干事长躲过一劫，吉田内阁也避免了因此而垮台。但犬养法务大臣却因此而遭各方面的猛烈抨击，认为他是滥用指挥权。犬养万般无奈，只好引咎辞职
　　1954年8月10日，自由党召开全国支部长会议，自由党总裁吉田就社会各界对他滥用指挥权的指责进行辩解。他在会上发言时说：政府是本着它的信念行使了指挥权。然而竟有人叫嚷这是渎职问题，可是当我们追问渎职的内容是什么，为什么一定要逮捕干事长的时候，他们便说什么我党的账目有问题，账记得不清楚。我们认为，一个政党的会计账目无法完全一清二楚。因为善意的捐助并不是为了沽名钓誉，而是自愿地捐助党的资金，捐款人当然不希望暴露自己的姓名。然而，以账簿漏载捐款人的姓名和金额为由，便要逮捕负责人，这是我们所不能理解的。”

　　“如果因为捐款人的姓氏不明就要逮捕负责人，这也不能不说是荒谬绝伦。”
　　“如果是这样，那就没有人做干事长了，也没有人向党捐资金了，这简直是破坏政党政治。即使其目的不是为了破坏政党政治，但是却会造成破坏国家、破坏民主、破坏政党政治的后果。作为一个政党来说，当然要同这种行为进行坚决的斗争。这就是政府行使指挥权的理由。关于这一点，虽然引起了种种误解，而且有些报纸半开玩笑地加以传播，但是政府决未考虑这种流言蜚语，而是依法行使了指挥权。”

　　吉田的言论在日本社会尤其是舆论界引起轩然大波。他对新闻界的攻击使日本各家报社纷纷作出强烈反应。
　　8月14日，日本新闻协会会长小田岛致函吉田，质问：“总理大臣这样一再对新闻报道加以不当的指责，损害整个新闻界的名誉和威信，乃是人所共知的事实。…因此，我们代表参加本协会的115家报社，要求总理负责说明在自由党全国支部长会议席上的致词中断定新闻报道为流言蜚语的根据，希见复。”
　　刚愎自用的吉田这次也知道不退让就无法摆脱丑闻。16日他复函小田岛会长，称：“因本人的致词没有原稿，所以用词欠妥，语意不清，以致引起了误会，产生了意外的影响，实属遗憾。”总算把这场一场风波平息下来。
　　由于受贿丑闻和滥用指挥权，各在野党和社会舆论普遍对执政的自由党产生反感，猛烈抨击吉田政府。国会内对立情绪加剧。
　　面对危机，吉田希望在自己所擅长的外交领域再展拳脚重振士气，重树日本国民对自己的信心。
　　然而，11月17日，当吉田结束50余天的欧美之旅踌躇满志地返回日本时，他没想到，他的权力生涯像日本的气候一样进入了寒冬季节。
　　11月30日，战后第20届临时国会召开。
　　这届国会上，社会党左右两派和民主党一起准备联手对吉田内阁提出不信任案。吉田面对巨大的压力仍不愿放弃政权。12月2日，他在预算委员会回答民主党议员川崎秀二的质询时，语气仍十分坚定地回答说：“现在，并没有考虑总辞职。”相反，他仍决心以惯用的手法即解散国会来保持政权。但是，这一次吉田对形势的判断出现了差错，党内高层如副首相绪方、总务会长大野等人，都反对用解散国会的方式来维系政权。

　　12月6日下午，全体在野党议员联名向国会提出对吉田内阁的不信任议案，决定提交7日举行的大会表决。
　　吉田派成员得知在野党的举动后，6日晚紧急集会商议对策。池田、大野、佐藤、林让治等人在永田町首相宫同绪方副首相共议对策，会上总辞职派和解散议会派出现严重对立，双方展开激烈的争吵。
　　吉田的左膀右臂池田和佐藤主张应解散国会，这项提议的附和者甚少；而绪方副首相提出的内阁总辞职却得到绝大多数与会者的支持。会后，绪方将会议讨论详情向吉田做了如实汇报，请其定夺。
　　当晚21时30分，吉田召见池田，命其着手解散国会并准备大选。
　　第二天上午8时，在白金外相官邸召开了政府和自由党首脑联席会议。会上内阁成员中的运输大臣石井光次郎、文部大臣大达茂雄、通商大臣爱知揆一、国务大臣加藤镣五郎，以及自由党的首脑人物大野、益谷、松野、林等人都支持绪方提出的内阁总辞职，池田、佐藤等人成为绝对少数派，阁员中只有农林大臣保利茂、劳动大臣小坂善太郎、内阁官房长官福永等几个人支持解散国会。
　　会上的争论依然相当激烈。
　　绪方副首相明言：如果坚决解散国会，自己作为内阁成员不会在文件上签字，甚至不惜从政界引退和发生党的分裂。

　　会议开始后一直在二楼书房静候消息的吉田，对绪方的顽固态度大为恼火，扬言要撤掉绪方的职务。还是池田比较理智，他苦苦地劝阻吉田：“绪方是您自己选定的接班人，如果您撤绪方的职务，这关系到您的声誉。”冷静下来的吉田觉得言之有理，只好作罢。
　　其实，绪方的主张完全是考虑到当时的社会舆论和党内多数人的意见而提出来的。
　　进入执政晚期的吉田政府，重用亲信官僚、腐败渎职、追随美国、自以为是等遭到国人的厌恶和批评。
　　同屡遭非议的吉田相比，作为纯粹党务活动家的鸠山因命运多舛而深得国民同情，而且他所提倡的自主自立的国民外交、重整与国力相适应的军备、实行清朗的政治等主张顺应了当时的民意，因而在日本列岛出现了一股强劲的“鸠山热”。
　　据吉田的女儿麻生和子回忆，吉田见首脑会议争吵不休毫无结果便离席到了隔壁房间，拿起他喜好的雪茄悠闲地吸着，好像是在那里休息。可是不大功夫，吉田便离开沙发，站起身来，对他的女婿麻生太贺吉说：“那么，我就辞职到大矶安安静静地读书好啦！”说着便回到了会议室。
　　麻生太贺吉奉命起草了吉田辞去自由党总裁的辞呈。当天下午，正式辞去自由党总裁一职后，在战后日本混乱年代执政长达六年之久并带领日本人民渡过最艰难时期的吉田茂终于退出了政治舞台。