其间吴道南于万历四十三年终于到京赴任，入参机务，然而旋即在四十五年因为前一年他主持会试时发生的科场舞弊案而自请辞职而去。因此，方从哲在整个万历后期基本上是一人独相，勉强维持国家的运转。
　　方从哲其实不是坚毅好斗，大权独揽的人，都在莫名其妙的情况下成为了大明首辅，接过叶向高的班，一人独相。
　　万历皇帝心想：“方卿！朕待你不薄，一个独相，掌管朝纲，此正是回报君恩之时，万历皇帝道：“方卿！此事朕就拜托你了。”
　　这个方从哲却是连头都不敢抬。
　　万历四十六年，就是抚顺失守的那一年，也就是党争大乱斗高丨潮丨前一年，方从哲意外后院起火。他的长子，大明尚宝局丞方世鸿被牵涉入一宗杀人命案。
　　方世鸿是方从哲长子，他因父得一闲官，不学无术，沦为一京城浪子。在狎妓时牵涉入**坠马身亡事件。因此被巡城御史弹劾而撤职。当时人们传言**是被他打死的，因而议论纷纷。
　　方从哲以子世鸿，被西城御史薛贞，以地方人命事参论。欲引咎辞职。
　　万历都是不肯谕之曰：卿子以诖误被参，既经相验的系马惊跌伤，供证甚明，非因殴毙。着法司从公理问，方今国事殷繁，阁务重大，倚毗方切，岂得以子情，引咎求去。夫朕眷倚至意，卿宜仰体朕衷，速出入阁辅理，以成君臣泰交之义，不必再有托陈。”

　　故方从哲继续留任。但此事使得他的形象受损，威信大大下降。
　　你瞧，皇帝对他支持的力度够了吧？铁哥们也就如此。
　　此刻正是报答之时，这个方从哲却是有苦难言，他是继续留任，但都被时人讥之“栈恋不去、无威无德，”言官们有事无事都参他，威信大跌，这个群臣都不鸟他了，被之为纸糊相公。
　　他一个纸糊相公又怎敢冒天下之大不讳，强行出头，只怕这御史会当场夺了金瓜打死了他。
　　大明朝堂之上，有历朝历代所没有的特色，那就是清流当道，言官凶悍，官越大越容易受到攻击，也就越胆小，言官们一言不合，大打出手是常事。
　　这个万历皇帝哀叹：“孤对卿失望主极耳！”
　　方从哲垫伏于地，他把心一横，说道：“臣有负圣望，愧疚难当，再也不敢坐镇内阁，领导群臣，今向圣上乞胲骨，回乡养老。”
　　万历几乎为之气死，好个奸滑的家伙，一言不合就辞职，平时怎么不见你辞？关键时刻就耍滑头，他的眼睛里流出两行清泪，真是百年受养兵之苦，临阵无一用之兵。
　　万历皇帝气愤道：“尔等诸臣欺朕！尔等诸臣欺朕！”这一气之下，一口气喘不上来，两眼翻白，两脚一蹬。

　　众臣大惊：“皇上驾崩了！”
　　郑贵妃扑上去抚尸大恸：“我的皇上呀！”
　　“皇帝驾崩了！”一个小太监冲出乾清宫外，对着跪伏在地的群臣们哭道。
　　这其中就有太孙、李翰林、米柱他们三个人，听说皇帝即将驾崩，他们也不用来读书了，赶来伺候。
　　听闻皇上驾崩，群臣们大恸，纷纷抢天呼地的大哭：“皇上呀！”

　　这个朱由校与祖父关系极浅，演技又不佳，一时半会，哭不出声来，直至这个米柱在他屁股上狠狠扭一下，这才眼泪鼻涕尽流，放声大哭。
　　这鼓楼上的大钟当当当的响起，声震全城，这是要响足一百零八下，向天下臣工宣布，万历皇帝驾崩了，一个时代结来，另一个时代开始。
　　这个方从哲从里面跑出来，叫道：“太孙，快快来送这里。”
　　万历皇帝驾崩，太子登基，他朱由校这就是太子了，地位扶摇直上，由寄居在哕鸾殿，变成慈庆宫的主人，整个太子詹事府也专门伺候他一个人了。
　　米柱对朱由校道：“太孙！出发吧？属于你的时代开始了。”
　　这个朱由校是有心理准备，像是父亲一样，做过十几年的窝囊太子，被磨去了所有的棱角之后，这才当上皇帝，运气不好的话，他甚至当个48年的太子也可能的。
　　这个朱由校跟随方从哲，进入了毓德宫，见到了他毕生难忘的一幕。
　　这个万历皇帝被这抚尸大恸的郑贵妃一直摇晃，一口气回过来，居然又睁开眼睛了。
　　其实这万历一翻白眼，伺候在一边的御医就应该上前，确认死亡了才正式宣布的，谁知这郑贵妃一直死死的抱着龙体不放，还在放声大哭，御医们一时不得上前，只能在一边干瞪眼。

　　这殿里的人等侯此时己久，神经绷得紧紧的，眼见别人都放声大哭了，自己不哭，实在是有不忠不孝，无君无父之嫌，所以看见别人哭，也跟着大哭，小太监见殿中哭声一片，看见大臣们在大呼哭叫，料想是皇帝驾崩，便跑出去传讯。
　　等在殿外的群臣们大哭，然后是鼓楼钟鼓齐鸣，向天下宣布万历皇帝驾崩的消息。
　　然后是满城大哭。
　　上一次皇帝驾崩是48年前，不过住在京城的百姓和官员都知道，皇帝驾崩意味着什么？巡城御史和锦衣卫会教你做人，让人后悔，所以，这阖城百姓听到钟声和皇宫里传来的哭声，也是纷纷的走出家门，抢天呼地的大哭。
　　万历皇帝咕噜的位痰盂里吐了一口痰，说道：“发生了何事？”
　　第17章皇帝驾崩
　　正在鬼哭狼嚎的大臣们是尴尬非常，狼狈不堪，这样坑爹的事，自三皇五帝以来，闻所未闻。
　　更坑爹的是这鼓楼钟鼓齐鸣，好像全城的百姓都知道，万历皇帝驾崩了，这不，正在哭丧呢？
　　饶这方从哲老奸巨滑，尚书周嘉谟、赵秉忠、李汝华、黄嘉善、黄克缵等见多识广，这也不知所措了。
　　脸上犹带泪痕的他们，也不知这是什么操作，这该如何操作。
　　还是郑贵妃反应快：“呀！皇上！没有驾崩！”她这是欢喜得哭了，结果还是哭。
　　太子朱常洛道：“祖宗保佑，刚才几乎吓煞儿臣。”
　　万历可不吃这一套：“你这逆子，但凡有半点孝心，就应该封郑妃为皇太后，让朕走得瞑目。”
　　朱常洛道：“祖宗礼法，不可违。”他必须坚持呀，如果不坚持，这立国本之争中最大的倚仗，变得不可凭持，这皇位指不准是谁的，再说亲娘不封为皇太后封郑妃，天下人的口沫子可以将他淹没，还有这郑妃，一直欺凌于他，这还封她为皇太后，这是恶心死他的节奏。
　　这个万历皇帝无奈，再次向首辅方从哲使眼色，道：“朕待卿不薄，非得气死朕，让朕死不瞑目才甘心？”
　　方从哲字中涵。浙江德清人，隶籍锦衣卫，家京师。其远祖名方觉亮，籍贯浙江湖州府德清县，永乐时任锦衣卫指挥使，成祖迁都北京，他随驾从南京迁来，后家大兴方家庄。
　　历来人们都说从哲是浙党，其实尽不然，他久居京师，除了门生外，主要组织顺天人为自己的人脉网络。而沈一贯的“浙党”比如赵焕等，则盟友而已。

　　方从哲虽然起初属于无党派人士，但他曾任国子监司业、祭酒，门生众多，因此自然极容易运用师生间的人脉关系，来建立起政治网络。实际上，在他出山以前，其门人，担任给事中的亓诗教就已经组织了齐党。由于亓资历较浅，为了能够达成扩张势力，就力推从哲出山。