蒙哥虽然如愿以偿地当上了大汗，但国内反对派的势力依旧，蒙哥想要巩固统治地位，就必须把这些反动势力连根铲除，但这个事情其实并不好办，因为那些反对派都是至亲，如果他刚当上大汗就拿自己的至亲开刀，很容易就会使自己背上一个凶狠残暴的恶名。可是人要走起运来，真是连城墙都挡不住，正当蒙哥拿这些反对派如何是好时，这些反对派竟然自己送上门来了。

　　蒙哥被选为大汗后，按照惯例举行盛大的狂欢宴会，据说每天都要消耗掉两千车的美酒和三百头牛马、三千只羊。也就在这个时候，有个叫克薛杰的鹰夫，丢了一匹骆驼，而且还是一匹很宝贵的骆驼，于是他就赶紧骑马寻找，一直跋涉了两三天的路程，骆驼没有找到，却闯入了失烈门和脑忽的军营。克薛杰大约是个胆大心细的人，不但没有慌张，还故意跟军营里的车夫套词，一问才知道，原来是失烈门和脑忽想假借给蒙哥祝贺的名义发动兵变，于是他急忙昼夜狂奔来到诸王大会现场向蒙哥报告。

　　诸如兵变这一类的事情，在蒙古国的历史上还从不曾出现过，所以谁也不肯相信，反倒把克薛杰抓起来反复询问，但不管怎么问，克薛杰的回答都完全一致，没有丝毫矛盾的地方，所以诸王都认为还是应该小心从事，于是蒙哥就派大将忙哥撒儿带三千士兵去查明原委。
　　忙哥撒儿在克薛杰的指引下，果然看到了失烈门和脑忽的军队，然后立即率兵将他们包围。失烈门等人只带了五百名壮士，所以不敢跟忙哥撒儿硬干，被包围之后，急忙传令队伍乖乖缴械，又赶紧随忙哥撒儿去拜见蒙哥。等接近蒙哥的大帐时，失烈门等人的随从统统都被扣留，气氛非常紧张，他们急忙进帐对蒙哥连行九次臣服之礼。蒙哥当时并没有为难他们，还留他们一起参加狂欢，但等过了三天，失烈门等人准备辞行之时，却立即被蒙哥扣了下来，并被认定犯有叛逆罪。蒙哥为彻底铲除国内的反动势力，趁机大搞株连，他下令让贵由后海迷失、其子忽察、不里，察合台汗也速蒙哥等反对派的首脑人物自行投案，不来的派兵拿下，最终察合台、窝阔台汗国内的大批臣属都被处决，两系宗王因为是至亲，不好直接杀死，只能视情节分别定罪：窝阔台之子不里被送往钦察汗国，由拔都定罪处死；察合台汗国王也速蒙哥被拘捕，王位由察合台之孙合剌旭烈继承，但合剌旭烈死于回国途中，所以蒙哥又命合剌旭烈之妻斡儿吉纳将也速蒙哥处死；贵由长子忽察因为向蒙哥表示彻底屈服，所以得到了宽宥，但是权力遭剥夺，后半生就只好改行打猎了；她的母亲海迷失因为认罪态度不好，所以被蒙哥下令按照蒙古处死贵族不流血的原则，裹在一张大毡子里投入河中淹死；其余参与反叛的诸王均遭流放，只有失烈门被勒令从军，但在后来又在南征途中，被忽必烈投入河中淹死；窝阔台汗国则遭到分割，由几个从不反对蒙哥的窝阔台系宗王各领一块，窝阔台汗国本来就不大，分割完后就更不能对蒙哥构成威胁了。

　　蒙哥是蒙古历史上一位非常杰出的大汗，史载其“刚明雄毅，沉断而寡言，不乐燕饮，不好侈靡，虽后妃不许之过制——凡有诏旨，帝必亲起草，更易数四，然后行之。”（4）由此可见，此人非常勤政，是个劳模级的皇帝。不过，由于蒙古在体制上存在着一些问题，也给蒙哥造成了很大的困难。
　　蒙古是一个刚从部落联盟转型过来的国家，成吉思汗打天下时，最常说的一句话就是：“取天下啊！各分土地，共享富贵。”（5）意思就有肉大家吃，有福一块儿享，他教育儿子时也会经常说道：“你们不要内斗，外面世界那么大，想要就去抢好了。”后来还真就把抢来的土地全都分给了自己的兄弟和儿子们，可是他这种慷慨的行为，却恰好为蒙古国埋下了最不稳定的因素。

　　按照成吉思汗定下的制度，诸王的领地是不可侵犯的，即便是大汗也无权将其夺走；诸王有权参加忽里勒台大会，享有参政议政之权；诸王在自己的领地内，有组建军队、设置官吏、征收税赋、审批案件之权力，大汗也无权干涉，这就使蒙古国内的那些汗国，具备了成为独立主权国家的先决条件。
　　蒙古的这种体制，其实就是一种分封制，跟我国春秋时期的制度有很大的相似性，都是中间有一个天子，四外被诸侯包围，稍有不同的就是成吉思汗分封的诸侯没有周天子那么多，只给九名宗王封了土地，不像周天子分得那么细。不过两者之间并没有本质上的区别，因为土地不是一次能分清的，按照当时的制度，大汗生了儿子就要封王，封王就要给一块土地，诸王也要生儿子，生完儿子也要分给土地，所以受封的人肯定会越来越多，如果这种体制一直延续下去的话，最终的结果也就与春秋战国时没有任何区别了，可见这是一种必将导致分裂的制度。其实早在成吉思汗的晚年，术赤的钦察汗国就已经有独立的迹象，而窝阔台死后，蒙古又内乱了很长时间，宗王们趁机各自为政，中央权力也就更加弱化。

　　对于国家这种分裂趋势，蒙哥看得非常清楚，也采取了一些措施，比如说他利用养鹰人克薛杰事件，给察合台汗国和窝阔台汗国以沉重一击，其后又颁布了一些律令，对诸王的权力在一定程度上进行限制，如不允许诸王擅自招纳民户，限制诸王出行乘马匹数，也算为维护国家领土完整付出了一定的努力，但效果并不理想，因为蒙哥本来就是靠拔都等宗王的支持，才登上了大汗宝座，如果真把这些人得罪了，自己位置也就坐不稳了。

　　可是蒙哥心里又十分清楚，如果任由这种趋势继续下去，国家早晚落得一个四分五裂的下场，为了避免这种情况的发生，蒙哥一咬牙，竟使出了以毒攻毒的手段，也开始大肆分封，当然这次是以拖雷系为主。他上台之后，就将弟弟忽必烈任命为总理漠南汉地军国庶事，让他全权处理中原事务。到了公元1252年，蒙哥又下令大搞人口普查，一共查出了漏编和寄居的逃户二十余万，基本都被他分给了拖雷系内的宗王和支持自己的臣子，之后又命弟弟旭烈兀西征，并把从阿姆河两岸到埃及尽头的土地全部封给了他，这种做法其实更加不好，旭烈兀西征之后接连取胜，后来就在那里建立起“伊利汗国”，成了第二个拔都。而忽必烈自从掌管漠南大权之后，也暗怀个人野心，积极培植自己的势力，不安臣位的迹象非常明显，蒙哥死后，果然是由忽必烈继承了汗位，建立大元朝的就正是此人。

　　不过，蒙哥的这种做法，就像是给自己打了一针吗啡，副作用肯定是有，但打上之后就立即见效。因为人的野心总是一点一点膨胀的，蒙哥分封的都是自己人，这些受封者在最初的时候，还没有直接割据的本钱，只能团结在蒙哥的周围，所以尽管从长远来看，蒙哥这种做法只能是加重分裂，但在短期之内还是使中央权力得到了集中。
　　从公元1241年窝阔台去世，一直到公元1251年蒙哥登上大汗宝座，蒙古始终都处在一场十分紧张激烈的内斗之中，也就没有能力再如往常一样四方杀伐。不过，蒙古毕竟仍是一台强大的战争机器，具有摧毁一切的能力，而随着蒙哥坐稳汗位，蒙古这场旷日持久的内乱便暂告结束，这就标志着蒙古的那些邻居们又要开始倒霉了。
　　（1）见《世界征服者史》下册第三部《兀鲁黑那彦和唆鲁禾帖尼别吉》
　　（2）成吉思汗在世时，按照“各分土地，共享富贵”的原则，将蒙古高原东部领土分给了他的弟弟们，称为东道诸王，也称左翼诸王；术赤、察合台、窝阔台的领地都被分在蒙古高原的西部，被称为西道诸王，也称右翼诸王。