这时宫中传出消息，说是孝明天皇准备离开御所到下鸭社暂行避难。会津侯松平容保为京都守护职，要是因内战骚动害得天皇前往别处避难，那就是守护职的失职。会津侯此时正在大病之中，听闻此消息赶忙从病塌中起身，整理仪容仪表、换上朝服准备进宫面圣。饱受病痛折磨、步伐踉跄的会津侯，由近侍搀扶着硬是骑上了马，途中有好几次差点坠马，两名侍从便从左右支撑会津桥腰部防止发生意外。

　　消息灵通的长州藩兵得知会津侯进宫参内后，便在日野邸、鹰司邸附近设下埋伏，准备半路截杀松平容保。这时松平容保的马都已经过了公卿门，拐个弯便要到达御所的时候，那马突然停下就不走了。侍从们觉得奇怪，便牵着马原路返回，从南门前往御所，总算是平安到了御玄关处。吉人天相，松平容保不知不觉中竟然捡回了一条命。
　　到了御玄关，一桥庆喜与桑名藩主松平定敬早已等在那里，两人搀扶着松平容保进了御廊下。孝明天皇正准备出发，听到病重的会津侯前来晋见，立刻下令传诏。松平容保见了陛下的面，当即平伏在地说道，“今虽有逆贼谋反引发宫中混乱，臣身为京都守护职，必定尽忠职守铲除逆党，即刻平息战乱，请陛下放心，臣誓死守卫陛下、京城安全。”

　　孝明天皇见松平容保言词恳切，心中不禁感动。于是抱着君臣共同赴死的觉悟，对会津侯说道：“如此，便全权交于你处理。”
　　此时从东边突入带领清侧义军的真木和泉、久坂玄瑞等到了界町御门。本想通过鹰司辅熙邸的鹰司卿上奏朝廷，以求洗涮冤屈重震长州雄风。可此时这鹰司卿入宫参内，并不在府内。真木、久坂犹豫之下决定强行闯入先占据高点，不过被守卫在附近的会津藩兵发现，两番人马展开了激烈战斗。久坂玄瑞等指挥官的抵抗相当顽强，会津藩兵久攻不下。在一旁观战的一桥庆喜终于失去了耐心，下令炮击鹰司邸。会津藩兵山本觉马便搬出了长达2.5米的荷兰制近距离强攻型火炮，对着鹰司邸后墙就来了一发，这墙头便像豆腐一般被轻易炸毁。会津藩兵一拥而上，先抢上前将吉田松阴的得意门生之一、曾任高杉晋作奇兵队参谋一职的入江九一刺死，邸内的久坂玄瑞、寺岛忠三郎此时已到了山穷水尽之窘境，悲愤之下举刀自刃。真木和泉率领余下的少部分精锐，拼死杀出了一条血路，退回山崎天王山。

　　随着多位指挥官前线阵亡，战斗最激烈、双方死伤者最多的蛤御门之前，长州藩士开始方寸大乱，搬出大炮不管三七二十一对着敌人就是一顿狂轰滥炸，结果一颗炮弹没放好，竟然呼啸着飞进了宫中，爆炸的巨响把皇太子都给吓得差点背过气去。这也成了日后长州作为“国敌”被两次征讨的直接原因。
　　为防止主力军福原越后五百上士部队从伏见奇袭，近藤勇带领新撰组近二百名队士出阵，并与率领会津藩兵四队五百名的大将神保内藏之助、军事奉行林权助会合共同御敌。
　　十九日未明，会津藩接到竹田街道大垣藩遇敌的紧急增援请求，便火速派遣藩兵二百名和新撰组前往救援。这是新撰组第一次真正意义上的参与战争，高竖赤底“诚”字队旗，全副武装严阵以待的组内各队士皆磨拳擦掌，恨不得立刻逮住几个长州藩士大杀一番杀戒。

　　另一边，福原越后队从伏见出发，在藤森遭遇大垣藩兵并展开了激烈冲突。守卫关门的大垣藩的名家老小原铁心率领的军队先是假意撤退，放福原队近半数藩兵过了关门，然后突然由侧面向福原队进行炮击。这国司队率领的长州藩士虽皆为上士构成，但突遇对方使诈防不胜防，被打了个措手不及。大垣藩武器精良，架起多门火炮朝着福原队狂轰，填充炮弹时产生的空隙，便利用火枪扫射完美补足。枪林弹雨之下，福原越后头部遭流弹擦伤，无奈只得向伏见方面撤退。

　　会津藩士、新撰组赶到之时战斗刚刚结束。好不容易得到出场机会的新撰组众人，本以为立功的机会来了，没想到这主力部队的福原队竟然如此不堪一击，战斗没开始多久就结束了。大垣藩本着穷寇莫追的原则，目送福原越后逃走。新撰组各位是急惊风遇上慢郎中，扔下以“天还未亮行动不便”为借口不愿追击的大垣藩便直奔着福原部队追去，从伏见稻荷一直追到墨染，可惜这福原越后跑得太快，新撰组没能追上，眼睁睁看着这一队长州人乘上小船，逃向大阪去了。

　　日期：2013-11-12 18:23:18
　　↑六角监狱址
　　二十五、禁门之变（后篇）
　　没办法，众人只能回到九条河原继续待命。然而这回是御所那边又传来炮声，升起了狼烟。接到急报的新撰组便火速赶往御所护驾，终于在界町御门处发现长州剩余残党正在围攻担任守卫的越前藩兵。新撰组的一干队士们一连扑了几个空，这回可算是发现了敌人，一个个激动得眼睛都绿了。虽然此时是长州兵占上风，但出现在他们面前的是真正的“壬生狼”，再加上会津藩、越前藩三方合攻，转眼间便抵挡不住，全面败溃。新撰组与军事奉行林权助两面夹击，将长州藩两支小队全灭在界町御门附近。

　　此时原田左之助的左肩、永仓新八大腿负伤。

　　另一边，蛤御门附近的日野邸、劝修寺等地潜入了五十名长州人。新撰组得到消息后，马上第一时间赶赴现场清理逆党。这帮“壬生狼”们东奔西跑地忙活了一整天，除了在界町御门那里赶上一场余兴节目以外基本没有遇敌，心里早就窝了一股火，到了地方二话不说，破门而入一拥而上，这些偷偷潜入的长州人便倒了大霉。附近的会津藩兵也从另一侧强行突入，将潜伏在内的剩余长州余党统统撵了出来，“壬生狼”们便与熊本藩兵协同合作，将这些长州余党该正法的正法，该逮捕的逮捕，总算是在大局将定的情况下发挥了点作用。

　　但是在京都市内，四处逃窜的长州人慌不择路，竟然分头藏进了附近的民家之中。幕兵们没有办法，当务之急只想速战速决，便把炮口对准民家轰隆隆地开了炮；没有装备大炮的小队则是使用火箭、火球等方法将火种射入。七月十九这一天本就刮着强北风，风助火势，火光烛天，京都市内马上就陷入一片火海。再加上之前炮击鹰司邸后失火，长州藩邸留守居乃美织江在逃往西本愿寺之前又在长州藩邸放了一把火，转眼间火势便一发不可收拾。从北面丸太町一直烧到南面八条、西面堀川一直烧到东面的寺町，被害面积竟达到了5.25平方公里。可怜那些被卷进战争失去了安身之处的无辜百姓们，这会儿只得徘徊在河岸边、大路两旁等，无助地祈求着战争的尽早结束。

　　新撰组、会津藩等本来在前一个月将池田屋事件防患于未然，将京都拯救于大火之中，没想到事隔一月，这凶猛的业火竟然以另一种方式肆虐京城，真是令人感叹世事变换无常。
　　十九日夜，包括之前池田屋事件的凶犯同党——古高俊太郎在内、被关在六角大狱的攘夷志士们望着冲天的大火忧心忡忡地度过了一夜。次日晨，火势仍未得到控制，反而烧向了六角狱这边，囚人们倒是相对淡定，相反狱吏们却大惊失色，以为是敌人来袭，引发了一场骚动。