然而膳所藩内还是佐幕派占了上风。上至藩主，下至家老们为洗涮本藩冤屈，将藩内勤皇派的志士三十余人全部抓获、关押收监，并向将军上表了请愿书，声称藩内已肃清意图倒幕的恐怖分子，现在藩内的皆为佐幕志士，请将军无论如何恢复驾临膳所的决定。
　　但是京都守护职松平容保仍心存疑虑。这膳所藩虽为谱代藩，但藩内毕竟是出现了对幕府抱有敌意的一群人，那本多康穰到底打的什么主意还有待查证。而且既然威胁到将军生命安全的传言已出现过一次，那便无论如何都不能让将军以身犯险。
　　于是将军家茂一行人虽按行程抵达了膳所藩，但只是稍作休息，马上就带领大部队离开，前往大津。
　　这下子膳所藩的脸面可是丢尽了。藩主一怒之下，下令关押在监狱的其中十一名过激勤王志士处以了极刑。也正是此缘故，膳所藩在维新后很长一段时间里都没能得到新政府的信任。

　　闰五月二十一日，家茂在大津宿泊一夜之后进京。作为将军侍医的松本良顺自然也随着御驾一同来到了京都。
　　松本先是抵达了自己的门生——会津藩士南部精一的宅中，屁股还没坐热，得到松本先生上洛消息的近藤勇便上门拜访了。前一年近藤曾在江户两度拜访松本，不但向他学习关于西欧列强的知识并特意请他调配了胃药，两人还约定，如果在京都相见，一定要互相再次拜访叙旧。
　　近藤走后，这次是松本良顺应邀前往西本愿寺拜访了。说是“拜访”，其实主要目的是给新撰组全体成员来一次彻底的“集团体检”。
　　这个时候的新撰组队士，由于得到了前一年的八一八政变、池田屋事件、禁门事变等幕府下达的大笔奖金，每日结束队务之后便花天酒地，终日流连在各个花街柳巷，生活习惯极其不健康，当然病号也是不断出现。在这种状况之下，松本趁探望近藤之际，决定彻底给这些没有健康意识的队士们来一次全方位的体检。
　　在近藤的介绍下，松本良顺与土方岁三就正式在西本愿寺见了面。“真不愧是近藤先生重用的得力助手”，是松本的心声。他暗暗在心里给了土方打了相当高的分数，认为土方是“无事不成、疾如迅雷。”在这之后，松本也成为了在土方的生涯中相当具有影响力的一位。
　　近藤与土方先是带着松本在西本愿寺的各处进行参观。让松本难以置信的是，局中最高两位领导人——局长、副长亲自带着客人前来参观，这队中竟然磨刀的磨刀、穿衣的穿衣、甚至还有光着身子和无所事事躺在一边的队士。若要将松本良顺当时的心境用语言表达出来，那便是“自己仿佛是来到了草莽聚集的水泊梁山，而并非纪律严明的新撰组屯所。”
　　松本皱了皱眉头，转向一边的近藤，“近藤先生，这……”
　　近藤勇尴尬地笑了笑，“他们都是病人，请先生不要见怪。”
　　实际上这新撰组局内并非常人所想像的那样，人人战战兢兢，局长、副长的面前大气都不敢喘，生怕一个不留神就会被命令切腹、斩首等。除奖金之外局内平队士月饷并不很多，为了慰劳众位队士近藤也时常带上他们集体出动，前往岛原等地喝喝花酒等等。而在这酒席之上古代和现代都差不多，平日一本正经，喝多了就没大没小。
　　而这时候新撰组中骨折、食物中毒、梅毒等患者人数竟达到总人数的三分之一，松本觉得非常奇怪，便问道：“至今为止未曾请医生来瞧过么？”
　　“医生也来过好几次，但每都只是听听患者的病情，也未施行具体的治疗方针便草草了事了。”近藤答道。
　　松本听后大为生气，觉得这现代日本的医生都太缺乏医德。于是便更坚定了自己给队士们诊治的决心。
　　“请先准备一个大房间，并摆好被褥先让病人们躺在这里，以便每天医生出诊时根据病情开药。还有，如果方便安排一个照顾病人饮食起居的看护人员，那么医生一人也便足够了。但在这之前还得先在病室里准备几个大桶，彻底让这些病人们清洁一下身体。”
　　这其实是西洋式的处置方式。松本一边在纸上画图说明，一边给近藤解释的时候，土方前来报告了。
　　“一切均按先生吩咐安排妥当，请先生察看。”
　　松本闻言吓了一跳。这才一个多时辰，（两、三个小时左右）这么多的事就都办妥了？他马上赶往一看，果然，在一个大房间里所有病人们排成一排躺在房间中央的被褥之上，旁边整齐地摆放了三个大木桶，里面盛满冒着热气的热水。
　　松本简直不敢相信自己的眼睛，目瞪口呆站在原地。

　　看出了松本的疑惑，土方微微一笑，“常言道‘兵贵神速’，说的就是这回事吧。”
　　松本稍稍一愣，便回过味来与土方一起哈哈大笑。
　　随后松本便立刻为众队士进行了诊治。众人中大多患了热伤风，少数是由挫伤引起的疼痛、食物中毒与梅毒。其中最为严重的两个重症患者，患的是心脏病及肺结核。
　　日期：2013-11-25 15:51:10
　　三十五、松忠忠司殉情事件
　　庆应元年夏，家茂虽因再次征长而上洛向天皇请求勅准，但开战之前新撰组的各位却也落得清闲，还是一如既往地喝喝酒、听听戏，往返于屯所和花街之间。身为组头（队长）的松原忠司也不例外。
　　这松原忠司生年不详，本是播州小野藩士的儿子，关口流柔术的习得者。后因一些原因被小野藩流放，来到大阪开设了柔术道场。文久三年壬生浪士组第一次招聘之时便已入队，因一直以光头形象示人，所以在队中平队士间便流传着“松原曾出家”的说法。八月十八日的政变之时随新撰组一同出动，头缠铁制白钵卷，手持大薙刀，宛如弁庆再世一般。池田屋事件中被编入土方队，被赐予金十五两的褒赏。

　　这天，喝得微醉的新撰组四番队长、柔术师范松原忠司带着个游女晃晃荡荡地渡过四条大桥。迎面走来一武士，与其擦肩而过之际，武士斜眼看着带着游女的松原，嘲讽道：“现京都情势如此危急，阁下却喝得大醉带着游女在大街上乱逛，实在是很有闲情雅致啊。”
　　松原一听就火了，立刻抓住那武士的衣袖，“你说什么？你再说一遍？”

　　但对方并没有接受松原的挑拨。“你让我说，我偏不说。”
　　松原这会儿是真恼了，借着酒劲，拔出刀冲着武士就劈了过去。谁知这一刀砍得过狠，那武士从肩膀到脖子被砍出长长一道血口，倒在地上当场死亡。
　　糟了，出人命了！酒醉的松原不禁也是大惊失色，当即醒了酒，赶忙上前扶起武士，但这时候人已经没气了。
　　松原翻了翻死者的口袋，找到一个钱袋。上面写着本人住址——壬生村天神横丁，名字叫安西。
　　松原马上就将武士的尸体按照钱袋上的地址搬了过去。那是个很破旧的房子，可想而知主人生前定是个穷人。
　　出来领取尸体的是武士的遗孀，还带着一个才二岁左右的、体弱多病的孩子。松原一见这被自己杀死的武士还留下了这么两个孤苦无依的家人，当下觉得十分后悔，但又无法向死者家属开**代自己就是杀人凶手，于是对其妻声称：“四条大桥之上看见此人被浪士围攻，有心相救但为时已晚”。