此时正是萨摩与胜海舟联手进行和平政治解决计划的关键时刻，萨摩人见谷干城一个劲的把话题往胜海舟身上引，心想如果近藤屈打成招指认胜是幕后指使，那么这事可就不好办了。萨摩藩便亮出一贯的强硬态度，由参谋伊地知正治当众表示：
　　“我藩之主张理所当然。至今为止的维新大业都是由谁成就的？难道我藩连这小小的意见都不被接纳吗？倘若如此，我萨摩便率全军打道回府，从此不再参与任何要事了！”
　　日期：2013-12-25 22:59:05
　　萨摩藩放出狠话，其他各藩便坐不住了。总督府亲自派人与土佐沟通，希望此事和平解决，切勿与萨摩冲突。谷干城被气得数度落泪，无奈胳膊拗不过大腿，只得作罢。

　　然而土佐藩咽不下这口气，趁着宇都宫城失陷之际，撺掇香川敬三硬是将近藤勇问了斩首之刑，等萨摩的有马藤太得知此事时，近藤早已人头落地了。为此事有马还当众与香川大吵了一架。
　　从投狱到斩首的期间，某人（推断为有马？）惋惜近藤天生将才，便劝他栖身新政府，从此为官军效力。近藤听罢只是微微一笑：“事已到此，又何须多言？”
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　　四月二十五日，近藤在板桥刑场被处以斩首之刑。传说用来行刑的是近藤的爱刀——拥有“会津虎徹”之美誉的陆奥大缘三善道长。近藤在上断头台之际表情镇定，从容赴死。在场旁观百姓多人双目含泪，目送近藤走完三十五年人生的最后一程。新撰组伍长岛田魁在自己的回忆录中用了“古今无双的人杰”来对近藤进行了赞美。
　　近藤自知身份已被识破，自己活命无望。在被捕的第二天在狱中题了一首汉诗，而这首汉诗便成了他辞世的名句。
　　孤軍援絶作俘囚　　顧念君恩淚更流
　　一片丹衷能殉節　　睢陽千古是吾俦
　　靡也今日複何言　　取義舍生吾所尊
　　快受靈光三尺劍　　只將一死報君恩

　　可怜近藤临死之前还对身受德川家大恩一事念念不忘，“顾念君恩泪更流、只将一死报君恩”，字字句句都表现出自己对幕府的忠诚、以及“舍生取义”的大义凛然。然而德川家对此是怎么回应的呢？
　　“近藤勇已于数日之前脱离幕军，如今已与德川家毫无瓜葛。”
　　即使以死表明自己对德川幕府殉节的决心，但忠肝义胆的近藤勇到了最后，竟然落了个被主君抛弃的下场。德川家到了庆喜这一代，已经变得冷血无情、六亲不认，除了自己的利益一切皆可抛弃。这样的家族走向没落，也是件理所当然的事情。
　　多年后有马在回忆起近藤被处决一事时，曾经说过这样一段话：
　　“（前略）从那以后（近藤斩首事件后）无论任何场合都没再跟他（香川敬三）说过一言半语。香川不过是个紧抱岩仓具视大腿而获得青睐的小人，根本不懂真正的武士为何物。近藤勇虽是敌人，但对于德川幕府来说是绝对的忠臣，他决不应该成为憎恶的对象。而且在下总流山之时已呈现完全投降的姿态，他们不应该杀他。”
　　与当时对近藤展开的批判的人相比，却是同情者占了多数。他们将官军称为“酷吏”，并题诗嘲讽。之后，当时的诗歌还被刊登在《中外新闻》上。
　　日期：2013-12-27 01:31:56
　　六十、宇都宫城攻防战
　　在近藤被捕的第二日，土方立刻潜入江户面见了胜海舟，请他设法营救近藤。但这段时间由于策划“江户无血开城”，胜海舟忙得不可开交，同时又不愿与仇视近藤的新政府势力起冲突，在当日的面谈中只给土方下了一道密令。（推测胜给土方吃了颗定心丸，说是自己给总督府发出信函暂保近藤不死，等他的处分正式下达之前让土方不要轻举妄动，同时不要怠慢军务等）面谈结束后土方便继续潜伏在江户，一边等待着近藤被释放，一边留意着江户政局的新动向。

　　离“无血开城”还剩下一周的时间，却已经下达了德川家家名的保存、庆喜交出江户城并返回水户藩、旧幕府军交出军舰、武器的命令。然而针对庆喜的处分虽已下达，针对旧幕府军的处分却还是个未知数。海军副总裁槺疚溲镌谏辖痪⒌氖焙蛄袅烁鲂难郏唤皇可酵琛⒊敉琛⒐酃馔琛⑾韬淄琛⒎闪璧壬辖尚抡谧约菏掷锶戳袅丝簟⒒靥臁Ⅲ戳⑶Т镄嗡乃揖⒁约坝涤小昂Ｉ纤俣鹊谝弧钡脑耸浯塘偻琛Ｆ渲锌敉枋呛衫贾圃斓淖钚率骄ⅲ湫阅茉对冻叫抡涤械娜魏我凰摇５枰辖傻牟⒉恢皇俏淦骱途ⅲ抗俸褪勘舶ㄔ凇吧辖伞狈段е凇�

　　德川政权已不复存在，庆喜也终于死心，向新政府作出了彻底臣服的决定。但群情激愤的旧幕府军仍然不肯放弃，不愿意被“上缴”的士兵们接连不断地逃离江户，传习队近二千人聚集在下总国府台，另外由御家人组成的撤兵队一千五百人也先后逃脱，在上总木更津设立了德川义军府。再加上暗中观察新政府一举一动的海军副总裁槺疚溲铩⒉奖钚写竽窆缃榈龋阜饺寺泶蜃拧胺葱赂吹隆钡钠旌牛叫性诜孔芊矫妫蛩闼呕皆倨稹Ｎ擞蛹唇皇头诺慕伲练接氲禾铩⒅械旱热似呷艘怖吹搅讼伦艿墓ǜ浇�

　　庆应四年四月十一日，在胜海舟的积极努力下终于使萨摩的大久保利通、西乡隆盛改变了强攻计划，双方避开战火达成了江户城的开城协议。
　　另一边，在国府台召开的旧幕府军事会议上，大鸟圭介被推举为军事总督，并担任中军、后军千人军队的队长；前军的千人部队则是由会津脱藩的秋月登之助担任队长，土方作为参谋加入，与秋月一同于十二日出发，率前军小部队向宇都宫城进军。
　　镇守在宇都宫城的是新政府军的约六百人部队，发动攻势的是土方率领的旧幕府前军部队，只有二百五十人，北上的大鸟圭介中、后军部队并未参与战斗。十九日晨，前军兵分三路攻向宇都宫城，土方率领的先锋队中只有桑名藩军与回天队的五、六人，面对新政府军的猛炮击，其中一人产生了畏惧心理，竟然无视土方下达的前进号令转身逃走。土方挡在这名逃兵的身前，质问道：
　　“为什么要逃！”
　　这名逃兵打着哭腔，怯怯地说道：
　　“敌众我寡，这场仗没有胜算啊……”
　　战争时为杜绝临阵脱逃、对百姓进行烧杀抢掠等行为，各藩都会制定严格的军队纪律。土方掌管新撰组以来，一直是以“军中法度”来约束战士们在战场上的行动，临阵脱逃杀无赦，在中国古代的军队中也是一样的。土方毫不犹豫地拔刀以军律违反的罪名将这名逃兵斩杀，又提着沾血的刀在众人面前来回晃了几圈，当场就把这些乌合之众组成的联合军给镇住了。不愧是新撰组的“鬼之副长”，原来这土方岁三不是个靠脸蛋混日子的小白脸，关键时刻是真下得了狠手啊！当逃兵就是这样一个下场。眼前的一幕大大地刺激了众人，大家重新振作，继续冲锋陷阵，再也没有一个人作出逃走举动。