当天夜里这封信就到了仙台藩士赤坂幸太夫手中。看了这封信后赤坂怒不可遏，同时也得知次日世良即将返回江户搬救兵，此时不出手更待何时。凌晨，赤坂与福岛藩士远藤条之助偷偷潜入世良所在的金泽屋进行偷袭。这世良大概也是天怒人怨，从枕下抽出手枪射击之时子弹竟然卡壳，身上佩刀又被身边同寝的游女给藏了起来，失去了抵抗能力的世良便被五花大绑抓了回去，翌日便在须川河原处以了斩首之刑。

　　杀了世良之后，仙台、米泽两藩便彻底放开手脚，全面向发出“会津追讨令”的新政府展开了反抗，连驻扎在会津领地的藩军都撤了回去。
　　闰四月二十二日，以仙台藩为首在白石召开了列藩会议，五月三日成立了“奥羽列藩同盟”，共计陆奥、出羽的二十五藩；再加上北越的六藩也先后加入，此时便扩大成为“奥羽越列藩同盟”，共计三十一藩。连同会津、庄内，合计总石高为260万石的东北诸藩联名向朝廷上奏建白书，声称对于天皇、朝廷是绝对效忠，但是要我们服从萨长，办不到！
　　被孤立的镇抚总督九条道孝见势不妙，心想若再不逃跑，恐怕自己也得落得世良一样的下场。于是收拾细软，连夜从仙台逃到盛岡去了。

　　由于萨长两藩无视诸藩的请愿、会津的归降，执意要发兵踏平会津，引起东北诸藩公愤，由最初的会庄津征讨竟然演变成“奥羽越列藩征讨”的局面。以仙台藩为首，对会津抱有同情态度的诸藩最初也仅限于声援，但随着事态的发展逐渐升级为军事方面的对抗，一场国内最大激战迫在眉睫。
　　镜头再切回会津城内。土方岁三由于脚伤无法行动，同时又为接任传习第一大队的队长一职，在“近藤勇复归”之前新撰组的指挥权便全权交于山口二郎。（暂时还是称他为斋藤吧，因为此人之后也数次更换马甲，容易出现记忆混乱的情况）这时新撰组在会津的人数为一百三十左右，为迎接新战役又进行了一次组织改编。新撰组改名为“会津新撰组”，山口二郎——斋藤一为代理局长、安富才助为副长、军目为岛田魁、久米部正亲。

　　然而土方等来的却是近藤被斩首的消息。近藤的首级先是在板桥刑场被暴晒三日，翌月（闰四月）被送回京都继续枭首示众。关于土方在得知近藤死讯时的心情，无任何史料记录。唯一可以确定的是土方在会津的东山天宁寺为近藤建了一座墓碑，并在碑上刻其家纹，题名：贯天院殿忠诚义大居士。
　　※据说天宁寺供奉的是从京都运来的近藤的首塚。另外还有传说近藤勇的表弟近藤金太郎在斩首当夜便将首级偷换，在隅田川畔将其火化，并将头骨送往米泽老家的菩提寺埋葬。第三个传说是近藤的同志于京都将首级秘密偷出，埋葬在与德川家渊缘很深的法藏寺，所以法藏寺方面便将此地命名为“近藤勇首塚”，并在每年的四月二十五日举行法事祭奠。
　　以上均为传说，事实上真正的近藤勇首级到底在何处，连土方岁三的侄子佐藤俊宣都经过多方查探后在日记里写道：下落不明。
　　日期：2013-12-30 19:44:11
　　六十二？
　　一番队长冲田总司的一生
　　继高杉晋作之后，肺痨（肺结核）这种可怕的疾病再次夺走了一个年轻剑客鲜活的生命，这个身患恶疾的便是从试卫馆时代起一直战斗至今的新撰组创局功臣：一番队长冲田总司。
　　具体的发病时期虽不详，但总司上洛一年之后就开始出现异常咳嗽，连近藤和土方都注意到情况不对，曾多次向他询问详情。但总司一向身体健康，一点小毛病根本没放在心上。元治元年正是多事之秋，久而久之近藤、土方也因公务繁忙而忽视了这个问题。直到池田屋事变之时总司在战斗中突然昏倒，与负伤的藤堂平助一同退下战斗前线。战斗结束后，会津藩派来的外科医生前来给众伤员治疗，看到总司并无外伤便未详加诊治，反倒是同行的会津藩公用人外岛机兵卫觉得总司样子奇怪，便担心地对近藤说了一句：

　　“不会是肺痨吧……”
　　近藤、土方并未相信总司患的是肺痨，或者说，他们根本不想相信总司患的是肺痨。“肺痨”在江户时代相当于死亡率极高的癌症，若患了这种病，就意味着给这个年轻的剑客宣判了死刑。然而言者无心，听者有意。为了不让其他人担心，同时也想确认自己得的到底是什么病，在池田屋事变后，总司通过外岛结识了一个医生，此后便一个人偷偷地外出就医。

　　然而进入庆应三年，总司的病情不断恶化，从最初的剧烈咳嗽转为咳血、昏倒、长期卧床不起，鸟羽伏见战役爆发之前数次咳血，面色也由微青黑色转为土色，靠自己的力量连站立行走都成问题，不久后便与受袭重伤的近藤一同被送往大阪城养病，再也没能参与任何行动。在乘坐富士山丸前往江户的路上，人称“几乎没有正经的时候”的总司虽卧病在床，但仍和平时一样耍着嘴皮子，和其他病友说说笑笑，近藤看到他这副样子也不知是该高兴还是该难过，哭笑不得地说了一句：

　　“笑得那么厉害一会小心再咳！”
　　总司闻言却毫不在乎，反而给近藤露出个更灿烂的笑容。
　　的确，一旦患上肺痨就代表着这个人在余下的生命里只能做一件事：等死。一切的治疗都是徒劳的，总司心里清楚。正因为如此，总司心里想的不是如何保住性命，而是如何用自己的剑在剩余的时间里再为新撰组出一份力。
　　一月中旬，富士山丸平安地把满船的伤员送到了品川，总司作为重症患者被送往松本良顺的神田和泉桥医学所治疗。一个半月后，庆喜下达了“百万石领地计划”的内示，新撰组改名“甲阳镇抚队”出发前往甲府城之前，近藤特地去医学所看望了总司。

　　“从庆喜公那里下达了内示，这次如果顺利攻下甲府城，百万石的领地唾手可得。总司， 你好好养病，等着我们回来！”
　　然而一向性格开朗、笑容满面的总司听到近藤这番话，竟然歇斯底里般地号啕大哭起来。自从患病休养以来，总司一直都是一个人在孤独中度过。油小路事件、近藤被袭事件、鸟羽伏见之战等全部被排除在外，当亲密的战友们冲锋杀敌、一个接一个地倒在战场上之时，自己却只能在躺病床上无所事事。如果换了普通人也许不会有如此强烈的心理反差，但总司是天才剑客，是多少倒幕志士曾经闻风丧胆的新撰组“暗杀剑”，然而这把剑已被病魔折磨得锈迹斑斑，失去了往日的锋利。就像被折断了翅膀的小鸟，只能仰头望着曾经自由翱翔的蔚蓝青空，空留满腔愤懑与怨念。

　　没有人比近藤更希望总司留在自己身边，他强忍泪水硬着心肠说出“等着我们回来”，但此刻看着饱受病痛折磨、面容憔悴枯槁的总司，他终于再也控制不住悲恸的心情。这个在京城掀起无数腥风血雨、被多少人敬畏如鬼神的铁铮铮的硬汉子，在这一刻也旁若无人地放声大哭，师徒二人抱在一起哭得上气不接下气。