陕甘回变的原因，既有回汉民族在宗教文化上的差异和利益上的冲突，也有清政府的长期压迫和“以汉制回”的政策，更有清政府受外国入侵和太平天国、捻军等起义打击，统治发生动摇。公元1862年（同治元年）5月，陕西华县（今渭南市华州区）的回民团丁（原本是招募来防太平军、捻军的）率先起事，据说组织者任五和郝明堂是参加过云南回民民变的阿訇。清政府忙于应付太平军和捻军，只能派出陕西团练大臣张芾招抚，不久张芾被杀，陕西民变越来越大，大量汉族人被杀，而汉族民团也对回民展开报复，9月，甘肃回民也加入民变。清政府派胜保督办陕西军务，胜保屡战屡败，却向清政府谎报获胜，被捉拿赐死，荆州将军改以多隆阿统军，公元1863年，清军在同州（今陕西大荔一带）、渭城等地多次击败回民军，12月攻克凤翔，迫使陕西回民军撤往甘肃，多隆阿改任西安将军。公元1864年（同治三年）3月，多隆阿在进攻周至时中弹，5月伤重而死。

　　公元1866年（同治五年），张宗禹率领西捻军入陕，回民军东返关中、陕北，围攻西安。清政府以左宗棠（湖南湘阴人）统筹陕甘军务，左宗棠提出“先秦（陕西）后陇（甘肃）”、“先捻后回”的战略，9月，西捻军与回民军共同进军陕北，不久，捻军东返，回民军也再度西退，公元1869年，白彦虎等陕西回民军余部与甘肃马化龙部会合，陕西回民民变平复。董福祥（汉族，甘肃环县人，他的队伍当时既代表汉族对抗回民军，又联合回民军和西捻军对抗清军）率部归降清军，编入刘松山（湖南湘乡人）所部。

　　当时，甘肃回民军形成四大势力：灵州（今宁夏灵武一带）金积堡为中心的马化龙（伊斯兰教哲赫林耶派首领）部、河州（今甘肃临夏一带）为中心的马占鳌（伊斯兰教伊赫瓦尼派首领）部、肃州（今甘肃酒泉）的马文禄部和青海东部的马桂源（伊斯兰教虎非耶派华寺门宦首领）、马本源部。对甘肃回民军，左宗棠采取“剿抚并用”的策略。公元1869年（同治八年）秋，清军首先击败灵州的马万春部，进至金积堡附近，次年2月，湘军将领刘松山阵亡。公元1871年（同治十年）初，与清军对峙一年余的马化龙投降后被杀。同年秋，河州马占鳌归降，被编入董福祥麾下，此后的“西北五马”，就是马占鳌后人。

　　白彦虎部在金积堡失败后，转投青海东部的马桂源、马本源兄弟，在西宁以东对抗清军，公元1872年11月，清军攻克西宁，马桂源等退往化隆一带，兵败被杀，白彦虎等北退大通。
　　公元1873年（同治十二年）春，白彦虎部退往河西走廊，与肃州马文禄部会合，11月，清军击败马文禄，马文禄投降后被杀，白彦虎逃往新疆，甘肃回变平定。
　　据统计，陕甘回变，导致当地汉族人口减少千万以上（有说约2000万），回族人口减少500万（与甘肃回民军相比，陕西回民军更为残暴）。回民军提出了“杀满排汉”的口号，无论对其历史评价如何，不可否认，这是中国近代史上的悲剧，也是中国最后一场超大规模的民族冲突（此后的民族冲突虽然有，都不再有如此大的规模），而清政府的行为，则维持了国家的统一。
　　日期：2017-09-09 10:51:32

　　3新疆割据势力的形成
　　“同治回乱”也波及新疆，在新疆天山南北，出现了一些割据势力。同治三年（公元1864年）四月，库车回族马漋、马三保、杨春等纠集回、汉、缠回（维）等起事，杀死库车办事大臣萨凌阿（锡伯族）、英吉沙尔领队大臣文艺、叶尔羌帮办大臣武仁布、库车阿奇木伯克库尔班等人，欲以曾任喀什噶尔阿奇木伯克的库车郡王爱尔玛（鄂对后裔，伊萨克之子）为首领，遭到爱尔玛的拒绝，于是反叛者杀死爱尔玛，推举热西丁和卓为首领。不久，库车以东玉古尔（今轮台）、阿克苏所属拜城、喀喇沙尔（今新疆巴州焉耆）及其属城库陇勒(今库尔勒)也爆发民变，热西丁自称和卓汗，向西控制阿克苏、乌什，向东控制喀喇沙尔，盘踞南疆北部的“东四城”。 喀喇沙尔办事大臣依奇哩（满族正蓝旗）自焚死难，阿克苏办事大臣富苏哩城陷后举家自焚。

　　同治元年（公元1862年），甘肃河州虎非耶派阿訇妥明（又名妥德璘，据说为东乡族）来到乌鲁木齐，与乌鲁木齐绿营署理中营提标参将索焕章（其父为原甘肃提督索文）交结，公元1864年五月，库车回变，乌鲁木齐都统平瑞派索焕章平叛兵败（索焕章根本是叛军内应，岂能不败），索焕章联合妥明在乌鲁木齐回城发动叛乱，很快夺取乌鲁木齐汉城（迪化城），乌鲁木齐绿营提督业布冲额自尽，平瑞守满城（巩宁城）80余日，伊犁将军常清、乌里雅苏台将军明谊派兵救援皆被阻，巩宁城城破，平瑞自尽。妥明自称“清真王”，以索焕章为“兵马大元帅”， 控制了库尔喀喇乌苏(今乌苏市)以东、济木萨(今吉木萨尔县)以西一带地方。不久，妥明猜忌索焕章（索毕竟是原来的清军将领，且与热西丁部的杨春有交往），降为“散目”，驻防吐鲁番。

　　公元1864年，伊犁回民暴动，很快被清政府镇压，首领马二被杀，但同治四年（公元1865年）九月，塔兰奇（即伊犁地区的维吾尔族）和东干人（即回族）暴动，占据伊犁，但不久暴动者发生内讧，先是塔兰奇人与东干人冲突，东干首领牙库尔兵败被杀，麦孜木称“苏丹”。后来，艾合买提和卓杀死另一个领导者阿布都鲁苏勒，麦孜木成为傀儡，后来麦孜木苏丹被杀，毛拉肖开提阿訇称“苏丹”，不久又被艾拉汗苏丹取代。

　　公元1864年五月，拜城发生回变，拜城阿奇木伯克海孜那敏逃回和阗，挑动维族发动暴动，但暴动者推举阿訇海比布拉作为首领，称“帕夏”（总督）。
　　还是公元1864年，喀什噶尔白山派首领托合提.马木提埃莱姆占据喀什噶尔回城称王，但不久，伽师回族首领金相印与柯尔克孜首领思的克伯克联合，赶走马木提埃莱姆，控制喀什噶尔，清喀什噶尔参赞大臣奎英退守汉城（老汉城即徕宁城毁于公元1826年的张格尔叛乱，后在今疏勒县城一带建起新汉城即恢武城）。7月，叶尔羌阿奇木伯克尼亚斯占据回城，英吉沙尔绿营守备蓝春发、喀什噶尔把总王得春等发动回民暴动，占据英吉沙尔汉城。

　　新疆的割据势力之间也发生冲突，特别是占据库车的热西丁，与妥明、金相印-思的克、海比布拉均发生冲突，海比布拉的儿子还被热西丁杀死。
　　北疆的汉族组织起民团自卫，如乌鲁木齐附近的徐学功、绥来（今玛纳斯）的赵兴体、昌吉的沈廷秀，济木萨（今吉木萨尔）的孔才，奇台的张和等，南疆满汉据守喀什噶尔、叶尔羌等汉城。伊犁将军明绪（后为荣全）驻军塔尔巴哈台（今新疆塔城）。