此时，辽东督师是王之臣，袁崇焕派人向王之臣汇报他打算上书朝廷，王之臣正在出巡途中，闻报赶紧赶到宁远劝阻。等他到了宁远，发现袁崇焕的奏疏已经发出，等于是没和他商量。王之臣很不高兴。认为袁崇焕不尊重他这个督师，甚至是玩弄手腕。
　　由此，王之臣和袁崇焕也闹起了不和，两人各自上疏，请求辞职。朝廷没有办法，给二人划分了防区，关外由袁崇焕负责，关内由王之臣负责，二人各行其是，等于是袁崇焕这个辽东巡抚专制关外，可以不受上司督师王之臣节制。天启七年三月，天启皇帝又下旨，关内关外均归袁崇焕节制，袁崇焕事实上成了辽东第一军政首脑。
　　天启七年五月，皇太极不服他父亲宁远之败，率军攻打锦州、宁远，又败于袁崇焕之手，铩羽而归。袁崇焕的威名更甚，朝野上下视其为后金克星。
　　因为在锦州被围之时，袁崇焕力求持重，不主张率大军解锦州之围，战后被言官弹劾说他暮气深重，袁崇焕上疏辞官，得到熹宗批准，天启七年七月初四，袁崇焕辞官回乡。
　　回乡路上，袁崇焕感慨万千，经过大庾岭时，题诗一首，说到“主恩天地厚，臣遇古今稀”，既感伤自己功而被斥，又感激皇帝一再提拔，在同年们最高官职是参政（从三品）参议（从四品）都寥寥无几时，他已经做到辽东巡抚，一骑绝尘。
　　袁崇焕回到东莞老家，已是天启七年冬天，父亲已经亡故四年，大哥崇灿也已故去。物是人非，颇有鹤怨猿惊之感。

　　岭南的冬天，只要不是阴雨连绵，气候就温暖而且干爽，草木葱茏甚是宜人。比起　　辽东关外冬天的冰天雪地，万物萧条，自然舒适的多。
　　袁崇焕从兵戈满地的辽东回到闲静安详的故乡，生活节奏一下子舒缓了下来。他在辽东立了大功，朝中做了大官，早已成为本地杰出人物。虽说现已辞官，但先前的体面犹存，且说不准哪天又要东山再起，所以地方官绅拜访不断，还有袁崇焕旧时老友也与他时常过从，整日里谈古论今，赋诗饮酒，流连于山水之间，好不快活。
　　不久，天启皇帝去世、崇祯皇帝继位的消息传来，朋友们都预感到政局将会大变，纷纷向袁崇焕道喜，说他不日即可东山再召。对于熹宗，袁崇焕是心存感激的。虽然他不理政事，信用魏忠贤，把朝政搞得乌烟瘴气，但对于袁崇焕青眼有加，一路提拔，因此听到熹宗的死讯，袁崇焕不禁伤感。
　　果然，魏忠贤被清算后，纷纷有官员上奏，要求启用袁崇焕。当年十一月，朝廷任命袁崇焕为兵部添注左侍郎（正三品）兼右都御史（正二品）（明朝的官职经常是不同品级混搭在一起）。
　　第二年三月，王之臣被罢官。四月，又提升袁崇焕为兵部尚书（正二品）兼右副都御史（正二品）督师蓟辽兼督登莱天津军务（简称督师尚书），这就是为后人所熟知的袁崇焕的官职，并且催袁崇焕即刻进京。
　　袁崇焕又要出山了！，朋友们闻知，都替他高兴，盛赞新皇慧眼识人，又为崇祯年纪轻轻就能扫灭权势熏天的魏忠贤于不动声色之间而钦佩不已，庆幸大明国又有了英明领袖，中兴在望。

　　临行之际，袁崇焕的同年后来当过礼部尚书的陈子壮和广东名士黎密、梁国栋等人在广州光孝寺给袁崇焕设酒饯行。出席之人以文士为主，还有光孝寺的几位和尚。
　　席间觥筹交错、气氛热烈，众人纷纷祝贺袁崇焕重掌帅印，预言他此番赴任定能扫清妖氛，光复辽土，解民倒悬。功成之日，朝廷必将重酬，青史标名，万古流芳。
　　文人聚会，自然少不了诗词书画。酒酣之际，铺开长卷，众人题诗作画，一幅肤公雅奏图顷刻而成。共有十九人在画上题诗，其中有光孝寺的三位僧人。内容都是赞颂袁崇焕文韬武略，慷慨豪情，把他比作历史上的谢安、薛仁贵、裴度、郭子仪等安邦定国的著名人物，认为此去辽东必将大功告成。也有数人提醒袁崇焕宦海险恶，莫忘功成身退的古训，功成之日，及早抽身。“行矣莫忘黄石语，麒麟回首即江湖”。

　　袁崇焕带领亲信丁壮从广东北上，取道江西。七月初四行至河北阜城，在邸报上看到崇祯不同意他推辞的批示，又上了一道奏疏，陈述辽东之事重大而且艰难，他本人才智平庸而且浅薄，现在辽东形势已经比他在时候骤然恶化，怕有负重托，不敢就任。
　　崇祯不准，催他速到京师接受召见。
　　日期：2017-10-20 21:55:35
　　十天之后，崇祯元年七月十四，崇祯在紫禁城平台召见五千里而来的袁崇焕。陪同接见的有内阁辅臣全体，大学士李标（时为首辅）、刘鸿训、钱龙锡、周道登，五府、六部、督察院、通政司、大理寺、京营总督、协理、锦衣卫堂上官及科道等官数十人，还有两名专门作记录的翰林院记注官，可以说是首都全体高干扩大会议。
　　崇祯看着这位名动天下、风尘仆仆的前辽东巡抚能接受任命，远道而来，很是高兴，说“建奴跳梁作乱，已经十载，封疆陷没、辽民涂炭。卿万里赴召，忠勇可嘉。所有平胡方略，一一奏来”。
　　袁崇焕见皇上对他如此亲和，又如此关心辽事乃至于显得非常急切，不由得心情激动，跪下回奏“平胡方略已写在奏疏之中供皇上御览，臣受皇上眷顾，愿假以便宜，计五年，全辽可复”！
　　话不多，但好比丨炸丨弹爆炸，大臣们一阵骚动。有些甚至怀疑自己的耳朵是不是听错了。不错！袁崇焕说的确实是五年复辽。崇祯听了，深为动容。
　　这四个字太动听了，他日夜想着恢复辽东，但五年复辽，他想都没有想过，因为觉得太梦幻了。此刻听见袁崇焕说他能五年复辽，不禁大喜，说“五年复辽。便是方略，朕不吝封侯之赏，卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福”。语速很快，大臣们明显感觉能到皇帝语气中的兴奋程度。
　　袁崇焕急忙叩头谢恩。四位辅臣，也很高兴，一齐跪下奏道“崇焕肝胆意气、识见方略，种种可嘉，真是天下真奇男子也！”大学士刘鸿训当时正受崇祯信任，比较敢于说话，他补充说：他已经去袁崇焕的住地拜访过，深感其人恩威兼具、智谋过人，一定可以胜任皇上的边疆重任。”崇祯听了更加欢喜，叫人给大臣们赐茶，自己回后殿歇息。
　　给事中许誉卿走了过来，问袁崇焕究竟有何方略，能五年复辽。袁崇焕说“适才见圣心焦劳，故聊以想慰耳！”，许誉卿听了，大不以为然，说“皇上英明，岂可漫对！异日按日责功，你怎么办？”
　　袁崇焕听罢，抚然自失，半响无言。

　　此时的兵部尚书是王在晋，他与袁崇焕天启二年关上一别已经六年，当日的小小佥事一跃成为和他平起平坐的督师尚书，王在晋不禁暗生感慨。袁崇焕还是感激王在晋对他的提携，二人在一起叙旧。
　　过了一阵，崇祯出来，召对继续。袁崇焕又向前奏道说东夷四十年积蓄，一朝发难，局面本不易解决。但皇上留心边疆，他又何忍言难。他经过测算，大约五年，但五年之中，需事事应手，首先是军饷钱粮、其次是武器装备，都要按时发放、保质保量，还有兵将的选拔任用，要以他的意见为主，吏部尽可能不要干涉。崇祯一一交待兵部和工部和吏部负责人，按照袁崇焕的要求去办。