宁远兵变，不是政治兵变，是经济兵变，有一定的同情因素。现代社会，民工讨薪，天经地义，明末，军士讨饷，与之性质类似，而且渐渐成为一种社会常态，愈演愈烈，成为明朝覆亡的一大诱因。对于军饷问题，袁崇焕一直持晚发不如早发，少发不如多发的立场，认为军士为国家效命疆场，国家就有充足发放军饷的责任。
　　如果按照一般处理原则，应先将张杨二人立即正法，再追查其余作乱之人。如此一来，固然全无漏网，但整个兵变处理过程必然旷日持久，而且大批行凶作恶之徒有了外逃时间。因此，袁崇焕采取了有条件的饶恕已经暴露的两名首恶，让其供出其他带头作乱之徒，然后将其全部正法，在最短的时间内最大面积的惩处了作乱分子，兵变得以平息。

　　朝廷对于宁远兵变的领导责任追究是严厉的，当时主持户部工作的户部侍郎王家祯削籍为民，辽东巡抚毕自肃虽已自尽，仍然做出处罚，追夺其生前所有官阶，总兵朱梅革职拿问。
　　后来毕自严痛心弟弟死于非命，申请用朝廷加封他的太子少保官爵来换取恢复毕自肃的官职，崇祯不准。
　　锦州请帑
　　宁远兵变刚刚平息，十月，锦州又发生兵变，起因和宁远一样，缺饷。同样是因为欠饷。而且情形和宁远兵变极其相似，也是在宁远和山海关出现匿名帖子，威胁说如果不发所欠三个月饷，士兵又要鼓噪闹事。袁崇焕做了控制事态的应急部署后，紧急向朝廷请饷，他知道户部没钱，所以含蓄的说不拘何项钱粮火速发来，迟则大势去矣。话说的委婉，意思却很明确，就是向崇祯请发内帑。
　　户部接到袁崇焕的揭帖，向崇祯请示，哀告说户部刚发过关内外饷银73万两，其中宁远45万两，眼下新库仅存银1.1万两，老库存银2.6万两。没有明旨不敢擅动，外解广东浙江银子尚在途中，请崇祯发内库银40万两救急，等外解银一到，户部马上还上。
　　袁崇焕性格直率，此时认为皇上圣明，对自己信任方隆，临别之际对他提出的足兵足饷的要求一口应承，如向户部请饷，户部无银，还得转向内库，文书流转，空费时日，锦州等饷，急如星火，所以就直接向崇祯要银子。
　　明朝的财政体制，属于皇帝私人收入的内库与朝廷国库收入的使用并没有严格的界定。有时候，皇帝以各种理由从国库中支取银子用于私用，万历皇帝就经常干这种事。皇子诞生、修建王府、公主出嫁、皇帝大婚等等都要从太仓库取银。天启三年十月皇子诞生，熹宗取太仓库银20万两，太仆寺银15万两，光禄寺银5万两，顺天府（北京市）税银5万两，合计45万两。崇祯二年三月，皇子诞生，崇祯照例取太仓库银3.4万两、太仆寺银2万两、光禄寺银1万两、顺天府税银1万两进用。

　　因为是家天下，大臣么理所当然的认为在国库空虚、军情紧急之时，皇上发内帑充饷也是正常分寸。万历末年，辽事初起之时，就有不少官员，请皇帝发内帑济军，万历皇帝一向视财如命，一概不准。以至于户部主事鹿善继私自挪用金花银发放辽饷，被万历惩处。
　　万历死后，泰昌继位，一反乃父做法，光宗在位一个月，发內帑两百万充作军饷，熹宗继位后从天启元年至天启三年八月，共发内帑700余万两。孙承宗督师辽东，临行之际就请内帑八十万。督师之后，请发内帑更是常事，熹宗通常在孙申请数打一个折扣之后照准，鲜有不准之时。

　　经过泰昌、天启两朝大规模的发帑充饷，神宗留下的家底消耗不少。崇祯继位，惩治阉党，抄没了魏忠贤为首的众阉党头目家产，大部分收入内库，数字不详，但可以肯定是一个天文数字。嘉靖四十四年，抄没严嵩之子严世藩江西家产就得金三万余两，银二百余万两，魏忠贤权倾天下，又岂是严世藩可比？
　　所以，崇祯初年，皇帝的荷包还是鼓鼓的。崇祯继位，照例犒赏天下，发过一批内帑，总数百万余两。
　　崇祯元年四月，因各边缺饷，户部无银，大臣又请崇祯发內帑。崇祯咬定内库空虚，就是不给。内阁首辅大学士李国普苦苦哀求，说他们也知道內帑空虚，皇上有难处，只是祖宗省吃俭用存下一些银子，就是为了安边御侮，发內帑济军，先朝皆有成例。皇上仁明神武，极为关心边防军事，绝不会见死不救。现各边请饷，多则百万，少也得四五十万，或多或少，均由皇上。皇上就是天。天说下雨就会下雨，雨露一沾则无处不沾。今天只要皇上有发帑金之明旨，将见天膏浩荡，穷塞生春，王居一涣，神气自张，东夷西虏就算奸狡万端也必将望风慑服。措辞诚恳、语气可怜，又巧妙的拍了皇帝的马屁，崇祯很是受用，这才答应发五十万。

　　袁崇焕请饷，崇祯召集大臣商议。内阁辅臣一致同意袁的意见，请皇上发内帑三十万救急。崇祯听了很不高兴，先斥责了新上任的户部尚书毕自严，说他理财无术。接着问群臣“袁崇焕临行之际不是说要裁兵减饷么，怎么又来要饷？”兵部尚书王在晋答道“裁兵减饷是从明年开始，今年粮饷还是如从前”。崇祯一脸怒色，吓得大臣们都不敢说话。

　　礼部侍郎周延儒近来正得皇帝宠信，出班奏道“关门昔日防胡虏，如今却防变兵。前日宁远兵哗变，朝廷立即发银安抚，现在锦州又哗变，如果也发银安抚，要是九边纷纷仿效，朝廷如何应对？”
　　崇祯目光一亮，问周延儒“那你以为该如何？”，周延儒道“军情紧急，臣不是不让发内帑，只是想一长久之策为好”。崇祯听罢，点了点头，甚是满意。随即又面色一沉，斥责科道言官奏报不实，又说起召对群臣，都是徒走过场，全无实效。大臣们纷纷叩头称罪。
　　最后，崇祯很不情愿的发了十万两帑金，刑部拨出赃罚银八万两、阉党田尔耕赃银五万两，户部搜刮了库存老底和新解到银两共十万两合计三十三万两发至辽东。
　　过了几天，崇祯在文华殿召见大臣，又谈起关宁缺饷问题，余怒未消。还是周延儒，在皇帝面前来了一番高论说“军中发银不如发粮，有粮无银士马尚可饱腾，有银无粮则军心自乱。山海关不缺粮，只是缺银，军士因何哗变？臣料其哗变必有隐情，谁知不是有骄兵悍卒作乱胁迫袁崇焕呢？”这话正是崇祯所疑虑的，他正怀疑各边闹饷可能是边将要挟朝廷，一听周延儒也是如此考虑，如遇知音。精神一振，让周继续奏来。周延儒见猜中了皇帝心思，心中窃喜，又奏道“古有罗雀掘鼠而军心不变者，今日各边为何动辄鼓噪闹饷？”崇祯听了，甚为动容，不禁仔细端详了一下这位容貌俊美的礼部侍郎，语带嘉许说“卿言甚是”

　　周延儒最后一句话不长，但分量极重。言外之意，锦州军哗，是由于袁崇焕治军不严，威信不高所致，一下子将责任从朝廷、皇帝直接转移到了辽军统帅袁崇焕身上。直接影响到皇帝对袁崇焕的看法。
　　袁崇焕得知此事后，他虽然生性简易，也知道不可怠慢。崇祯二年五月给崇祯上了一道题本，解释锦州兵哗。说道“廷臣（周延儒）说古有罗雀掘鼠，士无变志”，这话真是义正辞严（这里稍微语带讽刺）。