徐达自知大都有大将孙兴祖镇守，不至有失。于是，围魏救赵，趁扩廓帖木儿出兵大都之机，率军突袭太原。扩廓帖木儿至保安州时闻讯，马上还兵救援。没想到在欲与明军决战之时，部下却暗投明军作内应。明军夜袭扩廓帖木儿军营，扩廓帖木儿大败，仅率十八骑北走大同，以后转战于山西、甘肃、陕西、宁夏等地。
　　第一次反攻失败，大都没有夺回，山西反而又丢了。
　　1369年5月，惠宗又派丞相也速率万余骑兵出山西营于白河。通州明军守备力量薄弱，但明将曹良臣虚张声势，也速不明真情撤军。
　　北元军没能前进，明军却立即北上。6月，常遇春、李文忠率9万大军直逼上都，大败江文清于锦川，击溃阿速于会宁，又克大兴州，上都屏障尽失。惠宗无奈，迁往达里泊(达赉湖)。不久，上都被明军攻破，亲王、大臣以下一万余人被俘，损失军马牛羊数万。

　　这时候的惠宗，竟然愈挫愈奋。8月刚在达里泊安顿下来便又发出旨意，命令脱列伯、孔兴以重兵攻大同，打开收复大都之路。
　　元军在马邑(今山西马邑)与明将李文忠部恶战，胶着之时，明援军到达，元军大败，脱列伯被俘。包围大同城的孔兴闻讯，撤兵绥德。
　　三次收复大都的努力都归于失败，而明朝却相继占领山西、陕西，扩阔帖木儿居无定所，李思齐兵败降明，长城以南的国土几乎尽数沦丧。随着明军压力日增，惠宗无奈之下再次迁都至应昌(今内蒙古克什克腾旗境内)。
　　1370年，惠宗在应昌病逝。人们常说，年轻时吃苦不算苦，老来得享清福便是福气。而惠宗在少年时身陷囹圄，到了晚年又颠沛流离，忍受一次又一次的失败，也算苦命到家。这一回，他终于可以不用烦恼了。
　　太子爱猷识理达腊继位，是为昭宗，汗号“必力克图汗”。其人在父亲的影响下也深谙汉学，即位之后建年号“宣光”，取意于杜甫《北征诗》“周汉获再兴，宣光果明哲”[2]，意图光复元朝，如周宣王、汉光武帝那样实现中兴。

　　可这雄心勃勃的年号没有马上迎来好的局面。昭宗刚刚继位，明太祖朱元璋便兵分两路进攻应昌及游击于陕甘宁一带扩廓帖木儿。西路军由大将徐达率领，自潼关出西安，进兵定西；东路军由李文忠率领，由北平（明朝已把元大都改称北平）经万全，过野狐岭，直趋应昌。
　　在沈儿峪 (今甘肃定西县以北)，扩廓帖木儿被徐达击败，所部损失8万余人，仅与少数军士渡黄河北走蒙古故都和林。几乎同时，明东路军攻陷应昌，俘虏昭宗之子买的礼巴剌及后妃、宫人、诸王家属等，昭宗也北走和林。
　　昭宗和扩廓帖木儿这对君臣在惠宗朝时因位争权而成为政敌，如今都落魄逃难，反而尽释前嫌。昭宗任命扩阔铁木尔为都总兵、河南王、中书右丞相，成为自己首席助手。
　　扩廓帖木儿对元室极为忠贞。当年朱元璋北伐时，曾遣使招降，并祭祀其父，册封其女为秦王妃。而当时的扩廓帖木儿正在被惠宗下令剿灭，若以良禽择木的道理来说，扩廓帖木儿本没有理由拒绝，但他仍斩杀使节，不予回应，被朱元璋赞为“天下奇男子”。
　　在他的主持下，昭宗“延揽四方忠义，以为恢复之计”[3]，重用太保哈剌章、太尉蛮子、太师阔阔铁木尔等，调度辽东纳哈出所部，联络云南梁王，招抚高丽，锐意中兴。
　　屡遭重创的北元朝廷不但没有分崩离析，反而迅速团结起来，这对朱元璋来说是使他卧不安席的消息。
　　为了能彻底消灭心头大患。1372年春，朱元璋再次兴兵北征。命魏国公徐达率精骑5万出雁门关，为中路军；曹国公李文忠率精骑5万出居庸关，为东路军；宋国公冯胜率精骑5万出金兰，为西路军。十五万大军旌旗蔽天，声势浩大。

　　北元命悬一线，扩廓帖木儿展现了奇男子风采，挑起了拯救危亡的重担。
　　中路明军的主将徐达是朱元璋麾下第一帅才，而且他的任务是直趋和林。扩廓帖木儿以他为主要打击目标，派遣游骑诱敌深入，徐达与先锋蓝玉轻敌冒进，陷入扩廓帖木儿的包围圈，战死万余人，被迫撤回。
　　中路军刚败，东路明军在李文忠率领下又长驱直入，扩廓帖木儿在阿鲁浑河（今鄂尔浑河）、称海（和林偏北）布置两道防线层层防御。李文忠率部苦战，损失惨重，宣宁侯曹良臣、骁骑左卫指挥使周显、振武卫指挥同知常荣、神策卫指挥使张耀等高级将领战死，无奈之下，也撤兵南返。
　　明军三路之中，只有冯胜所率西路军完成了作战任务，在西凉州（今甘肃武威）、永昌（今甘肃永昌）、扫林山(今甘肃省肃北县境)、瓜州（今甘肃安西）、沙州(今甘肃敦煌)击败北元军，降服甘州（今甘肃张掖）和亦集乃路(今内蒙古额济纳旗)。
　　这一次北伐，收获远少于损失，朱元璋不得不承认失败。为了避免北元乘胜反攻，派人送还俘虏的昭宗之子买的礼巴剌，并致书修好[4]。

　　而高丽在得知北元岭北大捷的消息后，便决定倒向北元，将已用的明朝“洪武”年号改为“宣光”。
　　胜利，使得昭宗君臣大受鼓舞，不顾朱元璋的修好表示，转入反攻。扩廓帖木儿、纳哈出等接连不断的南下出击。
　　然而，北元国力只是“几于中兴”[5]，与如日中天的明朝相比，仍是太过弱小。一次次的战斗，虽小有斩获，但无法对明朝的边防形成真正的威胁，若说匡复大元，夺回大都，只能是鼓舞士气的口号，可望不可及。
　　时间一年年的过去，昭宗仍居住在“行在”——和林，没有回到日思夜想的大都。
　　1375年，昭宗重要辅臣扩廓帖木儿病逝于金山方面哈喇纳海的衙庭，北元的擎天一柱崩塌，中兴大业更加虚无缥缈。
　　1377年，高丽使节到达北元朝廷，面见昭宗时，使节身穿朝服以元朝礼节行礼，昭宗和群臣不仅苍然涕下：“自我播迁，困于行间，不图今日复见礼仪！”[6]

　　努力多年，仍然未能重返中原，代表皇帝尊严的皇家礼仪也无法恢复。这泪水和哭声，似乎代表着放弃和绝望。
　　果然，仅一年后，1378年4月，矢志中兴的北元昭宗、“必里可图汗”爱猷识理达腊病逝，年仅41岁。昭宗之弟（也有说法是儿子，至今没有定论）脱古斯铁木尔继位，是为益宗，改元“天元”[7]，汗号“乌萨哈勒汗”。
　　益宗再没有了其兄力图恢复的志向，只想偏安求生，将汗廷迁至捕鱼儿海（今贝加尔湖）。但树欲静而风不止，明太祖朱元璋却从没有忘怀北元朝廷的存在，不断地进行蚕食。
　　1380年，明将沐英洗劫蒙古故都和林，国公脱火赤、平章爱足等被俘。
　　1381年，明军攻占云南，元梁王自尽。

　　1387年，明军兵发辽东，太尉纳哈出率众20万出降。
　　一连串的攻击，原本应该使益宗警醒，但一直到纳哈出败灭，他也认为明军降服辽东后必然疲弊，不会对自己用兵，没有丝毫戒备。
　　然而，收降纳哈出的朱元璋认为歼灭北元朝廷的时机已到，当年便派大将蓝玉率15万大军北征。
　　1388年3月，蓝玉大军到达庆州（今内蒙古巴林左旗西北），得知益宗君臣均在捕鱼儿海，立即兼程前往。
　　4月12日，明军兵临捕鱼儿海，此时风沙大起，白昼如晦，蓝玉指挥大军进击。

　　北元军在毫无防范之下大乱，太尉蛮子仓皇间率少量部队拒战，兵败被杀。皇子地保奴、汗妃以及宗室大臣50余人，将领2994人，兵卒男女77037人以及牲畜15万余头全部被俘。随后，太师哈喇章的营盘也被攻破，被俘军兵15803人，马驼48000余，汗廷武装遭到毁灭性打击。
　　益宗和太子天宝奴、知院捏怯来、丞相失列门等仅率数百人突围。苍茫大漠，益宗一行人慌不择路，来到土拉河暂时休息，商讨对策。
　　岂料，对他这位大汗欲除之而后快的，并不仅有朱元璋。君臣几个的对策还没有商量出结果，便遭到一支部队的突然袭击。
　　袭击他的，是阿里不哥的后裔也速迭尔。为了祖先的仇怨，这位宗王“勇敢”的来报仇了。
　　益宗再次亡命，身边只剩下知院捏怯来等16人跟随。正在山穷水尽之时，在捕鱼儿海离散的丞相咬住和太尉马尔哈咱率3000余人找到了益宗，君臣相见，免不了感极而涕。稍事休整后决定向辽东方向转移。

　　辽东尚有太师阔阔帖木儿的万余人马，若益宗君臣能够到达，汗廷的生存也许还能延续。
　　但因风雪交加，益宗等人行动缓慢，最终被也速迭尔的追兵赶上。这一次，益宗没能逃出生天，与太子天保奴均被杀害。
　　也速迭尔站在益宗父子的尸体上即可汗位，成为北元第四任可汗。129年前，阿里不哥与忽必烈争汗位失败，他的后裔倒是了了他未尽的心愿。
　　知院捏怯来、丞相失列门、丞相咬住“耻侍”也速迭尔，率所部投向明朝。太尉马尔哈咱则自行游牧于漠北。
　　捕鱼儿海之败与益宗脱古斯铁木尔的死，标志着稳定的北元朝廷不复存在，蒙古高原可汗更迭频繁，群雄逐鹿的乱世开始了。

　　（三）黄金家族的噩梦——卫拉特
　　也速迭尔落井下石，杀害了益宗篡夺了北元汗位。但他和自己的先祖一样不争气，并没有什么过人的才能。这次之所以得手，完全由于卫拉特贵族的支持。