也许是诅咒应验，仁蚌巴家族很快遭到了报应。靠架空主家得势的仁蚌巴家族又被自己的属臣辛厦巴家族捅了一刀。
　　1563年，辛厦巴家族的首领才旦多吉对仁蚌巴家族发动反乱，并屡屡战胜仁蚌巴家族的军队，最后取仁蚌巴家族而代之，成为西藏的实际统治者。
　　格鲁派的大敌仁蚌巴家族倒台了。可前门走了狼，后门来了虎，辛夏巴家族比仁蚌巴家族更推崇噶玛噶举派。格鲁派的危机不但没有减轻，反而日益加深了。
　　（二）黄教保护者——持教法王

　　也许是佛祖确实眷顾格鲁派，正当他们对自己的将来深感忧虑时，蒙古土默特的俺答汗开始频送秋波。
　　俺答汗虽然将自己的部落经营的无比强大，连蒙古共主都对其退避三舍，但因为只是旁支而无法获得成为全蒙古可汗的合法性。在得知黄教的转世说可以帮助自己达成心愿后，立即表现出极大的皈依热情。
　　早在1574年，俺答汗便邀请格鲁派教主索南加措到自己的治所，而索南嘉措深知吊足对方胃口的好处，没有接受邀请，只是派自己的持律师尊追桑布前去。
　　俺答汗果然更为热切，再次派侄子到西藏，再三恳求。为了表示虔诚，还在青海湖畔修建了“仰华寺”，并亲自前往青海迎接。
　　再矜持下去，就会适得其反。索南嘉措不再推辞，答应会面。
　　双方都是久旱盼甘霖，在仰华寺见面后一拍即合，甚为投缘，举行大法会，并互赠封号。三世达赖封阿拉坦汗为“彻辰汗”，俺答汗封三世达赖为“达赖喇嘛”[1]。
　　佛教随着这次政治意图明显的会晤，开始进入蒙古高原，进入到蒙古人的血液中，以后的几百年中，无论成败利钝，蒙古与佛教再也分解不开了。
　　俺答汗成为黄教第一个“持教法王”，黄教可以在反对者的面前扬眉吐气了。1602年，既是俺答汗之曾孙，又被指认为四世达赖喇嘛的云丹嘉措在数千名盔名甲亮的蒙古骑兵的护送下进入西藏举行坐床典礼的时候，可以想见噶玛噶举派的怨毒与无奈。

　　但土默特部的强盛在俺答汗去世之后很快就成了昨日黄花，持教法王的力量削弱直接使得黄教再次陷入了危机。
　　1618年，辛厦巴家族首领彭措南杰彻底消灭了已经被架空的帕竹政权，在噶玛噶举派教主“大宝法王”的册封下成为了藏巴汗，建立了噶玛政权，设首城于日喀则。原本就对黄教极为嫉恨的藏巴汗在获得了正式统治权之后，立即下令中断达赖喇嘛的转世。
　　在1612年，年仅28岁的四世达赖喇嘛突然圆寂，人们已经在传说是被藏巴汗暗杀。这次不准转世的命令更是直接要断掉格鲁派教主的传承，这无疑意味着，噶玛政权彻底消灭黄教的日子已经为期不远。
　　教主危机，不但西藏的黄教僧侣和信徒们忧心如焚，更让信奉黄教的蒙古各部不能容忍。
　　在禁令颁布的同年，喀尔喀部确科尔兄弟率军入藏，欲图迫使藏巴汗解除禁令，被藏巴汗击败[2]。1619 年,在青海驻牧的右冀土默特部首领拉尊和古茹率兵入藏,击败藏巴汗,禁止四世达赖灵童转世的禁令才作废。[3]

　　但拉尊和古茹也无法在西藏站住脚，很快撤回青海。不但如此，1632年，因为信奉红教而被信奉黄教的外喀尔喀三部汗王排挤出漠北的绰克图台吉远征青海，击败土默特诸首领控制了青海全境。再加上统治康区的白利土司顿月多尔济是一位虔诚的笨教教徒，对格鲁派极为仇视。黄教的四周已经没有可以依靠的武装力量了。
　　危机仍然迫在眉睫。
　　1634年，随着蒙古共主，信奉红教的林丹汗被后金天聪汗皇太极击败西撤至青海甘肃边境，林丹汗、绰克图台吉、第二任藏巴汗丹津旺布、白利土司结成了“反黄教联盟”。
　　黄教已经命悬一线。
　　土默特部作为持教法王，明显已经不可依靠。黄教的五世达赖喇嘛环顾四周，将眼光落在了西藏北面的西域，那里的天山草原正游牧着卫拉特蒙古，幸运的是，在1610年，卫拉特四部先后皈依了黄教，成为黄教虔诚的信徒。护教的责任，只能由他们来担当了。
　　在五世达赖和四世班禅的授意下，几个化装成其他教派僧人的密使携带密信前往卫拉特，将密信亲手交给了四部卫拉特的盟主——和硕特部汗王顾实汗，希望他承担起新一代持教法王的重任，拯救黄教。

　　卫拉特此时内部矛盾重重。吐尔扈特部已经远迁伏尔加河；准噶尔部的巴图尔珲台吉实力增强，对于作为盟主的和硕特部已经不再服膺，冲突时常发生。再加上人口的繁衍，畜群的兴旺，原有的草场已经难以承受。
　　正在为和硕特生计和未来发愁的顾实汗,接到四世达赖和五世班禅的密信，高兴的如天降洪福。
　　除了宗教上的原因外，那青海水草丰美,还是中原与卫拉特贸易的商业通道,有丰厚的商业利润可图。无论从上层建筑还是经济基础来说，出兵都是最好的选择。
　　顾实汗立即答应了出兵护教。
　　但毕竟自己面对的是一个强大的军事联盟，虽然林丹汗已经在联盟成立不久后就病死，但绰克图台吉、白利土司、藏巴汗都有着不可小觑的军事力量，贸然进兵是很不明智的。

　　为了做到知己知彼，顾实汗亲自率少数护卫化装成入藏朝圣的香客，途经青海进入西藏，沿途考察军情民情。到达拉萨后，秘密会晤了五世达赖和四世班禅，商定了进军计划。[4]
　　这位日后的持教法王，用毫不风光的方式面见了两位教主，这比俺答汗时代是寒酸了很多。但这次会晤，却标志着一个新的汗国将被建立起来，近一个世纪青藏高原将在一个持教法王家族的统治之下，黄教将迎来它诞生以来的最辉煌的时刻。
　　虽然，法王和教主不会永远琴瑟合鸣。
　　（三）法王的国家——和硕特汗国
　　和硕特部是四部卫拉特中唯一黄金家族后裔为首领的部落——成吉思汗二弟哈撒尔的子孙。有人说，正是因为有高贵的血统，才使得他们在卫拉特中成为盟主。这实在有些一厢情愿，自从北元时代开始之后，卫拉特一直都是蒙古正统派的大敌，对于黄金家族极为蔑视，可汗在他们眼中不过是傀儡。在也先时代，甚至连傀儡都不让黄金家族的子孙来做，直接自称大元天圣可汗。哪里会因为什么黄金家族的血统，便把本部的盟主让出去？

　　之所以和硕特能够成为四部卫拉特的盟主，源于在也先死后，蒙古重新分裂，卫拉特中一直处于统治地位的绰罗斯部也分裂为准噶尔和杜尔伯特两部，在力量分散下，和硕特趁势而起夺取了盟主地位[5]。
　　在顾实汗的哥哥拜巴噶斯汗时期，准噶尔首领哈喇忽剌崛起，开始侵夺盟主之位。哈喇忽剌的儿子巴图尔珲台吉更为强悍，甚至有了刀兵相见的架势。继承哥哥汗位的顾实汗努力化解两部的矛盾，虽暂时无事，但终究一山难容二虎。顾实汗的南征，便在这样局势下，成为最好的永远化解纷争的办法。
　　从拉萨回到卫拉特后，顾实汗开始了南征的准备，不但动员了和硕特的人马，还向准噶尔、吐尔扈特、辉特、杜尔伯特各部调兵。吐、辉、杜等部势力弱小，自然奉命，而准噶尔的巴图尔珲台吉明白，顾实汗此举实际上是把卫拉特盟主之位和天山草原都让给了自己，交换条件就是自己帮助其攻打青海。这样的买卖，怎么看都是合算的。

　　战争动员顺利地完成了。
　　1636年秋末，顾实汗率领卫拉特联军从伊犁出发南征青海，卫拉特各部首领几乎全部参加，除了顾实汗外，准噶尔部的巴图尔珲台吉、墨尔根岱青；吐尔扈特部的墨尔根济农、衮布伊勒登；辉特部的苏勒坦台什、苏木尔台什；杜尔伯特部的达赖台什、保伊勒登全都率部从征[6]。卫拉特出现了暂时的“无政府”状态，以至于俄国派使臣在这一年来到卫拉特访问，一个重量级的领导都没有见到。[7]

　　大军穿越塔里木盆地，乘冰冻越过黑达河大沼泽地后，进入青海，在如今青海省乌兰县的卜浪沟休整兵马，等待时机与绰克图台吉决战。
　　绰克图台吉能够从漠北一路杀到青海建立霸权，也绝不是庸懦之辈，听闻卫拉特大军压境，立即调动人马与之对峙。
　　两军在1637年正月正式交战，顾实汗以一万精兵迎战绰克图台吉三万人马，战斗惨烈异常，血流成河，尸积如山，后来这里的地名就被称为乌兰和硕（蒙语：血染的山）。
　　顾实汗以少胜多大败绰克图台吉，长子达延台吉率军紧追绰克图台吉残部，一直追到哈尔盖全歼敌军，绰克图台吉慌不择路，躲在一个旱獭洞里，仍然被找到，这个称雄一时的人物就在这窝囊的状态下被俘杀。
　　青海之战结束，顾实汗赠送各部首领很多礼物进行酬谢，尤其是对巴图尔珲台吉，不但礼物丰厚，还将自己的女儿嫁给了他。各部首领心满意足，纷纷率军返回卫拉特，而顾实汗则率和硕特部留在了青海，准备进一步统一青藏高原的行动。