巴图尔珲台吉返回卫拉特后，在博克塞里建立城市，作为自己的统治中心，与顾实汗的继子鄂齐尔图汗一起掌管卫拉特，这就是后来雄霸中亚的准噶尔汗国的肇始。也许无论顾实汗还是巴图尔珲台吉都没有料到，整整八十年后，结束和硕特汗国和持教法王家族历史的，正是现在既是盟友又是亲家的准噶尔。

　　安排好善后，1638年顾实汗再次化装成香客来到拉萨，面见五世达赖。由于绰克图台吉的覆灭，黄教的气势已经壮了不少，不再是偷偷摸摸，而是举行了隆重法会，达赖喇嘛封顾实汗“丹津崔吉扎勒布”称号，这是藏语，也就是“持教法王”。
　　如此大的动静，藏巴汗丹津旺布竟然没有得到消息，顾实汗获得封号后安然回到青海，也没见这位藏巴汗采取什么行动。任何政权的灭亡都有它必然的原因，从藏巴汗的迟钝，也就不难预测噶玛政权已经亡国无日。
　　统治康区的白利土司顿月多尔济倒是比藏巴汗更敏锐地感到了危机，联盟中军事实力最为强大的绰克图台吉迅速败亡，使他大为吃惊，为了共同对敌，顿月多尔济向藏巴汗送出密信：“非常令人沮丧的是，我们的盟友绰克图台吉被消灭了，虽然如此，明年我将在喀木（康区）集中起一支兵，把它带到卫。同时你也应当带着后藏的兵来，我们一起消灭格鲁派，让他们连个影子也找不到。”[8]这不失为以攻为守的好策略，可偏偏带着这封信的密使被格鲁派的僧人擒获，并将信转交给顾实汗。没有材料显示顾实汗在收到这封信之前有用兵康区的打算，这一回，不先发制人是不行了，白利土司引火烧身。

　　1639年5月，顾实汗率军“如黑色狂风一样”[9]攻入康区，白利土司率军拼死抵抗，但在没有外援的情况下连战连败，甘孜等地相继失守，1640年11月，康区全境被顾实汗占领，白利土司顿月多尔济被俘杀。顾实汗释放了白利土司关押的各派僧人，并安抚百姓，获得各教派徒众的拥护。
　　接下来，便是进军西藏，消灭在盟友受难时按兵不动的藏巴汗，完成护教大业了。
　　1641年底，顾实汗做出从康区返回青海的假象，迷惑藏巴汗，半途中突然改道杀入西藏。毫无准备的藏巴汗丹津旺布被打得大败，一个又一个宗城失守，最后只能退守日喀则。
　　丧城失地的藏巴汗此时才后悔没有积极和盟友们配合，如今敌人兵临城下，取胜的希望已经微乎其微。为了能苟延残喘，他向四世班禅罗桑曲杰等高僧求告，希望他们从中斡旋，使顾实汗罢兵。
　　四世班禅本着不忍生灵涂炭的慈悲心亲赴顾实汗大营进行调解。顾实汗对班禅极为尊重，但提出，藏巴汗必须交出政权和军队，自己可以给他保留一个庄园让他安度晚年。至于划疆而治之类的条件，根本不予考虑。
　　毕竟也是一方之雄，面对这样苛刻的条件，藏巴汗愤而再战。双方在日喀则城下激战数场，藏巴汗军仍然连连失利。没有了强硬的本钱，藏巴汗只得答应了顾实汗的条件，宣布无条件投降。
　　1642年，藏巴汗丹津旺布交出首城日喀则以及茶叶、酥油、糌粑、金银珠宝一千余驮，在顾实汗面前认罪，噶玛政权灭亡。
　　五世达赖和顾实汗原本履行了自己的诺言，给藏巴汗几处庄园当“寓公”。但藏巴汗的旧部以及噶玛噶举派的地方势力仍然打着他的旗号四处动乱。为了剪除乱源，顾实汗只得食言，将他装进牛皮袋扔进雅鲁藏布江。
　　至此，已经61岁的顾实汗完成了统一青、藏、康区的大业，成为青藏高原的最高统治者——“全藏三区之王”[10]。他将首城迁到拉萨，在布达拉宫设无畏狮子宝座，作为自己的行政处所，囊括整个青藏高原的和硕特汗国从此建立。

　　作为持教法王，顾实汗请达赖喇嘛从扎什伦布寺搬到布达拉宫，将八思巴所用的法器、西藏十三万户的税收以及从日喀则缴获的大量珍宝都奉献给达赖喇嘛，奉达赖喇嘛为藏传佛教最高教主，但同时，请四世班禅坐床扎什伦布寺，掌握后藏教权，使得格鲁派出现了两佛并尊的局面。至于一直排挤格鲁派的噶玛噶举派，顾实汗镇压了他们的反抗，将大量噶玛派寺院改为格鲁派。格鲁派作为藏传佛教最大教派的地位已不可动摇。

　　他自己和长子达延台吉率军常驻拉萨，其他八个儿子回驻青海，成为掌控青海的“八台吉”。康区的税收支持青海的军队，青海的军队作为汗权的保证。顾实汗的狮子宝座固若金汤。
　　一个强大汗国的横空出世，西藏周边的小国自然要选择其作为自己的靠山，“印度之拉克新王，尼泊尔之雅木布王，阐旦王（拉达克王）等边境小国君长，亦多进方物为贡”[11]，成为汗国的藩属。《哲孟雄王统记》记载，锡金第一代统治者朋素克纳姆扎勒也与汗国建立邦交，成为联盟。
　　而此时，中原的“天朝上国”大明王朝在起义军和满清帝国的内外夹攻下已经摇摇欲坠。为了汗国的长治久安，顾实汗必须与将要取而代之的中央朝廷建立联系。不得不承认，顾实汗有相当的眼光，他没有选择好象最有希望的农民军，而是将宝押在了还未入关的满清身上。刚刚稳定了青藏局势便派出使团前往盛京建立联系，献上贡品，受到皇太极赞赏。

　　果然，1644年，清军入关，顺治皇帝迁都北京，成为了中原朝廷新的统治者。随后便遣使西藏，请达赖喇嘛入京，但因为战乱未平，不能成行。1652年，五世达赖喇嘛进京面见顺治皇帝，被封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，同时让达赖喇嘛携带金册金印入藏，封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”,正式承认了顾实汗作为庶邦君长的身份。

　　1655年初，和硕特汗国开国汗王，持教法王家族第一代法王顾实汗病逝于拉萨，享年73岁。长子达延台吉继承汗位，也成为第二代持教法王。也许是贪图青海的宜人气候，或者是对于家族权势的自信，达延汗继位三年后才来到拉萨。三年，时间并不长，但也就在这短短的三年中，五世达赖喇嘛开始了扩大教权染指政权的活动，持教法王的权势受到了严重的挑战。

　　顾实汗留下的狮子宝座，开始隐隐出现了松动。
　　（四）由神主宰还是由汗主宰？
　　1654年，顾实汗病重，但并没有人认为他会迅速蒙受佛祖的召唤。
　　1660年，对于和硕特汗国来说，太平无事。
　　这两个看似平静的年份，有两个孩童先后进入拉萨，成为五世达赖喇嘛的弟子。这似乎也不是什么大事，而这两个孩子，却是日后在西藏、西域甚至整个东亚掀起海啸般风潮的人物。
　　54年来的孩子，家乡在遥远的卫拉特，是准噶尔汗国巴图尔珲台吉的第六个儿子，他被认为是尹咱呼图克图的转世灵童，入藏学习佛法。他的俗名，叫做噶尔丹。日后，他将成为准噶尔汗国的“博硕克图汗”，一个给准噶尔汗国称霸中亚打下基础人，一个让俄罗斯和清朝两个大帝国都头疼不已的人。

　　60年来的孩子，出身于拉萨郊区大贵族仲麦巴家族，原名贡确顿珠，被达赖喇嘛赐名为桑结嘉措，他是五世达赖喇嘛最为器重的弟子，日后将成为和硕特汗国第5任第巴。
　　第巴，在藏语中原本是“头人”和“部落酋长”的意思。顾实汗建立汗廷后，封五世达赖喇嘛的大管家索南饶丹为第巴，既要负责汗对于汗国内部的施政，还要辅佐达赖喇嘛处理宗教和行政事务。从此，第巴这一官职便成了几乎与中原朝廷宰相一样的最高行政官。所有政令公文在第巴处理过后，再由顾实汗和达赖喇嘛一起签印，才能生效。

　　在和硕特汗国，第巴是二人之下万人之上的人物。
　　佛祖的代言人达赖喇嘛从既是自己宗教的保护者，又是自己权力的侵夺者的持教法王家族手中一点点收回权力，便是围绕着第巴这一实权官职的任命逐渐达到高丨潮丨的。
　　继承顾实汗事业的达延汗，是一个英勇的战将，但不是一个合格的政治家，甚至对政治有一种与生俱来的厌恶。
　　在父亲在世时，他一向披坚执锐，每战必为先锋。父亲去世后，他更是轻而易举的镇压了日喀则宗布（官名）诺尔布的叛乱，使得西藏摆脱了战争的阴霾。但作为可汗，他实在很不称职。在他拖后三年回藏期间，汗国的政令几乎都是在没有他过问的情况下被颁发执行，“没有一件事情不是经过达赖喇嘛批准和同意能够办成的”[12]。即使来到拉萨后，对于政务也是随意推托，并不专心任事，除了军权，“全藏三区之王”几乎被架空。

　　1658年3月，第一任第巴索南饶丹去世，五世达赖向达延汗询问新任第巴的人选，达延汗毫不在意，表示对达赖喇嘛言听计从。五世达赖于是经过慎重考虑，在6月任命赤烈嘉措为第二任第巴。
　　与前任相比，赤烈嘉措的权力被大大削弱。索南饶丹在世时，对于五世达赖的专权多有抵制，唯汗廷马首是瞻。赤烈嘉措因为不是由可汗而是由达赖喇嘛册封的第巴，所以处处倚重达赖喇嘛。但一些重要政务，第巴仍然起着具体施行的重要职能。在权力的制衡之下，持教法王仍然是汗国的最高统治者。