这没什么不对，应该是符合历史走向的。但是，察合台汗国的城市和农业还远没有达到强过游牧经济的程度。何况，坚守传统生活方式的蒙古军事贵族对于大汗的所作所为很是不满。这些掌握军权的人，对于不认可的事，是有足够的力量反抗的。
　　1314年，笃哇汗的幼子怯伯将统治中心迁往河中，实行以城市为中心的统治。而他的哥哥也先不花则在军事首领的煽动胁迫下继续留在东部的草原。虽然怯伯仍然奉哥哥为汗，但汗国在实际上已经成为秉承不同文化的东西两部分。
　　1346年，最后一任名义上的察合台汗合赞算端汗被巴鲁拉斯部埃米尔（将军）哈扎罕所杀，汗国正式分裂。西部由哈扎罕拥立的答失蛮察汗统治，在经历拜延忽里汗、合不勒汗两任汗王后，被铁木尔帝国取代。而东部的统治者则是朵豁拉惕部的埃米尔播鲁只拥立的秃黑鲁帖木尔汗。

　　秃黑鲁帖木尔汗虽然是被权臣拥立，却并不甘心做傀儡。为了寻求支持，他在登基六年后，宣布皈依伊斯兰教，获得所有伊斯兰教徒的拥护。朵豁拉惕家族在大势所趋下，也不得不宣布信仰伊斯兰教。在君臣一心，上下互动，东察合台汗国十六万蒙古人最后都成为伊斯兰教徒[2]。
　　1363年，秃黑鲁帖木尔汗病逝，其子也力牙斯火者继位，力图恢复对与西部的统治，但没能成功。在他去世后，播鲁只的弟弟哈马鲁丁发动叛乱，屠杀汗室成员18人，自立为汗。东察合台汗国“国内沦于纷争不已，混乱一团”[3]，而此时还是西察合台汗国埃米尔，后来成为铁木尔帝国开国大帝的跛子铁木尔又趁乱频频入侵。整个国家满目疮痍，“荒城故址败壁颓垣，悉皆荒秽，人多居山谷间。”[4]

　　哈马鲁丁的篡位以及导致国家的破败，连自己家族的人都持反对态度。1389年，在一次抵抗入侵失败的撤退中，这位“僭汗”神秘“失踪”。播鲁只之子忽歹达拥立在大屠杀中幸存的秃黑鲁帖木尔汗幼子黑的儿火者为汗，使察合台家族复辟。
　　忽歹达可说是东察合台汗国的霍光，一生中拥立过黑的儿火者、沙迷查干、马哈麻、失儿马黑麻、纳黑失之罕、歪思等六位可汗，大权在握。
　　对外，他力主与两个强邻铁木尔帝国和明帝国交好，避免无意义的战争。对内，他注重经济,倡导廉政，以身作则，“一生大部分时间甚至连坐骑都没有”[5]。为了发展生产，他着手裁撤军队，让士兵回乡。同时不惜重金从铁木尔帝国大批赎回穆斯林战俘,给他们备办粮食和牲口什物,回乡务农。
　　因为有忽歹达秉政，东察合台汗国政局长期稳定，经济也从内乱和战争中逐渐恢复过来。
　　自古以来，作为权臣要么篡位，要么便难逃身败名裂。忽歹达与霍光一样，有废立之权，却没有自立之心。这样忠于汗室，自然便不能避免不幸。在歪思汗时代，为了扩大汗权，最终将他排挤出汗廷。忽歹达被迫去麦加朝圣，并最后病死在那里。
　　歪思汗虽然大权在握，也被伊斯兰史家称为“英武过人”，但在位期间并无出色之处，虽然屡屡发动“圣战”，可也没能取得过什么骄人的战绩，反而被北元太师也先连续六十次打败，两次被俘，最后靠着送出妹妹才获得自由。

　　1432年，歪思汗病逝，两个儿子争位内讧。长子羽努斯在铁木尔帝国支持下占据汗国西部，次子也先不花占据东部，而朵豁拉惕家族的首领阿巴.癿乞尔则在自己家族的世袭领地“向阳地”[6]独立，不听从任何一方。
　　汗国分裂成三部分，已经是天下大乱了。岂料，羽努斯汗因为爱慕城市文化，在达什干建都，遭到贵族反对，拥立其次子阿黑麻逃到“蒙古斯坦”[7]为汗，后吞并“维吾尔地”[8]，以吐鲁番为首都。羽努斯汗所统治的地区也一分为二。
　　羽努斯汗在1487年去世后，其长子马合木继位。没过几天太平日子，便在1502年遭到灭亡铁木尔帝国的乌兹别克汗国昔班尼汗的进攻。虽然已经是各立门户，但阿黑麻汗仍然感念兄弟之情，带着自己的两个儿子率军前去支援。俗话说“兄弟齐心，其利断金”，可这次偏偏四手难敌双拳，两位可汗的联军仍然遭到惨败。阿黑麻汗回到阿克苏后，可能是感到窝囊，不久病死。

　　而这次惨败，却让一个英雄人物走上了前台，从而改变了中亚以后近两百年的历史。
　　虽然这个英雄的出场并不光彩。
　　在败于昔班尼汗的战斗中，一位年仅14岁的王子的大腿中箭骨折，被丢弃在战场上。后虽然伤势好转，却被人送到已经背叛察合台汗国的阿黑昔城（今乌兹别克斯坦那曼干城），投入了监狱。
　　这个不幸的王子，便是阿黑麻汗的第三子萨亦德，日后叶尔羌汗国的开国汗王。这次伤痛和牢狱之灾，只是他众多挫折的开始。他所信奉的真主安拉还会有很多考验在等着他。
　　无论什么民族什么信仰，成大事要吃苦，是通行的铁律。

　　（三）磨难重重的王子
　　在阿黑昔城的监狱里，萨亦德王子度过了他15岁的生日。无论是已经气愤而死的父亲，还是庸懦无能的伯父，都没有力量来解救他。至于他的长兄，已经继承父亲汗位的满素尔，更是不会来关照他这个不幸的弟弟。
　　牢狱可以磨练人的意志，但如果不能脱离牢狱，磨练便没有意义。
　　命运的多变，总是让人始料不及。1503年，萨亦德的敌人，使他蒙受这次苦难的昔班尼汗再次进兵费尔干，占领了阿黑昔城，得知此城的监狱关押着这么一个身份高贵的犯人。出于对这个年轻王子的同情，下令将萨亦德释放。
　　两个敌人见面了。昔班尼汗对这个英武的年轻人充满了好感，恢复祖上术赤荣耀的他也许在这个敌人的孩子身上也看到了察合台的影子。昔班尼汗将萨亦德留在了身边，“待之如己出”[9]，带着他回到自己的首都撒马尔罕。

　　萨亦德在昔班尼汗身边参与了对塔吉克斯坦和阿富汗地区的战争，学习了很多作战经验。面对既是敌人又是恩人的昔班尼汗，萨亦德的感情应该是充满矛盾的。但有着远大抱负的他，不会被温情所羁绊。当昔班尼汗出征花剌子模的时候，萨亦德与16个随从趁机逃走，投奔了自己的伯父马合木汗。
　　此时的萨亦德，还没有自立门户的想法，只是希望帮助自己的长辈重新振兴国家。可马合木汗是一个“暗弱无能，昧于国事，不恤朝政”[10]的可汗，根本没有让自己发挥才干的可能。不满于伯父“慵懒和疏忽”[11]的萨亦德只得再次出走，进入蒙古斯坦，前去投奔自己的弟弟，身为吉利吉思人监治官的哈里勒王子。
　　从此，萨亦德开始了自己奋斗，建功立业的历程。
　　在与弟弟一起生活的四年中，萨亦德凭借自己的才干，成为了吉利吉思人的领袖。在此期间，伯父马合木汗和长兄满素尔汗都曾经来进攻他们，均被萨亦德所击败。
　　1508年，做好了一切准备的萨亦德和弟弟哈里勒起兵攻打伯父马合木汗的领地，无能的马合木汗哪里是两个血气方刚侄子的对手，逃亡到乌兹别克汗国，被昔班尼汗处死。
　　可两位王子刚刚获得了胜利便遭到哥哥满素尔汗的突然袭击。三个共同父亲的儿子在阿拉木图原野上展开恶战，立足未稳的萨亦德和哈里勒遭到了惨败，不但刚夺取的马合木汗的领地全部丢失，连自己的大本营也成了满素尔汗的囊中物，赖之以起兵的吉利吉思人全部被满素尔汗迁到了焉耆。
　　面对着血本无归的境况，哈里勒王子失去了信心，也学习伯父去投奔昔班尼汗，结果比伯父的下场还惨，没等见到昔班尼汗本人，便被其堂弟、费尔干地区监治官札尼别处死。

　　萨亦德自然不会如弟弟一样自投虎口，可他身边只有50人跟随，前途渺茫。为了摆脱困境，他曾派人去联络巴邻部落，但是失败。随从渐渐离散，最后仅剩他孤身一人。让人不得不佩服的是，只有19岁的萨亦德到了这步田地，仍然没有丧失信心，决定独自到丛林里以狩猎为生，“直到我看清事态发展为止”[12]，然后出山再图后举。
　　正当他要隐居山林的时候，一些随从和他的妻子找到了他。虽然人数很少，但也比一个人在丛林中狩猎要好得多。但命运的考验再次降临，统治向阳地的阿巴.癿乞尔所派的一支到蒙古斯坦抢劫的军队遭遇到了萨亦德一行。萨亦德身边除了妻子和几个随从之外，其他人全部被俘。
　　虽然没有再次成为孤家寡人，可赖以狩猎的弓箭全部丢失，这回连隐居山林都不可能了。走投无路的萨亦德，只能冒险前往乌兹别克汗国治下的安集延，盼望能够侥幸通过那里获得生机。
　　在敌国的土地上，身为察合台汗国王子的萨亦德自然被重重防备，根本没有侥幸的机会。刚到安集延便被监治官巴阿秃尔监禁，并将这一消息禀报给费尔干监治官札尼别。曾经杀死萨亦德弟弟哈里勒的扎尼别原本是不会对萨亦德网开一面的，可碰巧前不久扎尼别从马上跌下使得头部受伤，一直神志错乱，接到报告后，便下令将萨亦德释放。