但叶尔羌汗国毕竟以经立国160余年，能不能一举征服还是未知数。噶尔丹先做了试探，派大将阿拉达尔和硕齐率兵3万攻入叶尔羌汗国东部，连下哈密、吐鲁番、察力失等城，各城总督纷纷投降，叶尔羌一半的领土卷席而定。
　　看到对方果然是个软柿子，噶尔丹信心大增，1680年，亲率12万大军以伊达耶提拉为前导，兵分三路攻向叶尔羌。由于有白山派教徒的策应，除了在喀什噶尔和首都叶尔羌城受到激烈抵抗外，其余各地均是不战而降，噶尔丹俘虏了叶尔羌汗伊斯玛依勒和所有汗室成员，将他们囚禁在伊犁，立阿卜杜.里什特为傀儡可汗，封伊达耶提拉为“阿巴克”（首领），作为自己在南疆的代理人。

　　察合台汗国的继承者叶尔羌汗国至此灭亡，成为每年向准噶尔缴纳10万两白银、24万斤麦以及其他贡赋的后勤基地。
　　也在同一年，噶尔丹向清廷派出使臣，说明自己受达赖喇嘛册封为“汗”，希望得到清廷的承认。康熙皇帝虽然认为“从无以擅称汗号者，准其纳贡之例”，但此时三藩之乱正如火如荼，实在无暇西顾，便以“特遣使入告，应准其献纳”为理由“从之”[23]。这是康熙皇帝和噶尔丹的第一次碰撞，大清帝国的统治者并未对这个日后的大敌过于看重。

　　而轻易的统一了天山南北，并看到清廷无意西进的噶尔丹，继续对周边地区进行扩张。
　　为了增强军队战斗力，噶尔丹更新装备和战术。他命工匠打造大量锁子甲，必须要求弓箭无法射穿，如做不到，便要处死工匠，这样的战甲所有战士人手一件。同时，制造和购买大量火枪，每当与敌交战，先用火枪射击，然后弓箭，最后再近身肉搏，同时用骆驼运载大炮，组成随军炮队[24]。为保证军需，更是规定每次出征，富裕家庭准备十匹马，三峰骆驼和十只羊，而贫困家庭则准备五匹马，一峰骆驼和五只羊[25]。

　　噶尔丹对自己“新军”充满信心，他踌躇满志，兵锋直指在僧格时不再甘为藩属的哈萨克汗国。
　　1681年，噶尔丹出征哈萨克。此时统治哈萨克的，是杨吉尔汗之子头克汗。他与准噶尔有杀父之仇，自然不能俯首称臣。可见噶尔丹来势汹汹，头克汗采取缓兵之计，亲自带少量随从面见噶尔丹，表示服从，并邀请其进入自己的首都塞里木城宴饮。
　　噶尔丹原本就没有把哈萨克人放在眼里，见其服软，不疑有它，率军进入塞里木城与头克汗把酒言欢。
　　岂料，头克汗虚与委蛇，只是为了等待援兵。到了夜间，准噶尔的士兵大部分都喝得的大醉，疏忽防范。从各地赶来的哈萨克骑兵立即将准噶尔军包围，不由分说，四面突击。而头克汗也指挥城中人马内外夹攻。
　　准噶尔军措不及防，火枪来不及装填，马匹也大多陷入雪坑，只得在被动中进行肉搏。战斗持续到天亮，噶尔丹大败亏输，兵马损失过半，只得率败军撤回本土。

　　“新军”初露锋芒，却先栽了个跟头，噶尔丹愤恨不已，但他“未尝挫锐气，益征兵训练如初”，继续进行自己的军事改革。
　　来年，整顿军马的噶尔丹再次进攻哈萨克汗国，大败头克汗，连下塔什干、塞里木等城，并俘虏其子，报了一箭之仇。哈萨克人流离失所，惨不堪言。
　　为了展现自己的成功，噶尔丹将俘虏送往西藏献给自己的老师五世达赖喇嘛，但他并不知道，此时他的恩师已经圆寂，他的同窗好友桑结杰嘉措密不发丧，暗中执掌着黄教最高教权。桑杰嘉措以达赖喇嘛的名义写信给噶尔丹，大加鼓励。
　　有了“老师”的赞赏，噶尔丹干劲十足，继续西征，并一路凯歌：
　　1683年，征服黑海沿岸的诺盖人的“美人国”；

　　同年，进兵费尔干，击败乌兹别克人；
　　1684年，派侄子策妄阿拉布坦第三次征伐哈萨克汗国，迫使其臣服；
　　1685年，完全占领费尔干……
　　到1686年，噶尔丹统治下的准噶尔汗国，不但包括了今天新疆全境，且占有今天中亚五国的大量土地，边境可达黑海沿岸。中亚重要的贸易城市，如撒马尔罕、布哈拉、乌尔根奇均在其掌控之下。西面的威胁已经完全打碎，噶尔丹开始向汗国的东邻投去了充满欲望的眼光。
　　那里的喀尔喀蒙古三部，此时仍在内讧不断。在1662至1667年的阿拉坦汗之乱中，原扎萨克图汗的众多部众逃难到土谢图汗处，土谢图汗从此拒不归还，两部由是纷争不断，至今尚未解决。
　　西藏的教廷和北京的清廷都准备派人进行调解，噶尔丹也准备介入其中。

　　一件事有三个“和事佬”已经够乱了，而这三个“和事佬”又各怀心腹事；以五世达赖名义执掌教廷的桑结嘉措意图扩大黄教在喀尔喀的影响；康熙皇帝想借机归并喀尔喀；而噶尔丹则更是直截了当的表明了自己的意图：“我们是蒙古人，统一在一个法律之下。让我们联合起来，收复那原来属于我们，是我们祖先遗留下来的帝国吧！”[26]

　　他不断的扩张领土，扩充实力，就是要统一蒙古，而他知道要做到这一点，就必须要和已经归并漠南蒙古，并对喀尔喀蒙古也跃跃欲试的清帝国展开全面的决战。
　　1686年，身为准噶尔汗国的丹津博硕克图汗，中亚地区无可争议的霸主，噶尔丹认为自己已经有这个实力了。
　　是年8月16日，喀尔喀所有贵族聚集于库伦伯勒奇尔举行大会，清廷代表，理藩院尚书阿尔尼，西藏教廷的代表噶尔亶席勒图与会。
　　这原本是一场旨在调解纠纷，恢复和平的大会。但在与会各方的精诚合作下，成为了一场改变中北亚格局大战的导火索。
　　（六）席卷喀尔喀
　　库伦伯勒奇尔会盟大会从一开始便矛盾重重。

　　没等开会，便先在会议主持上出现分歧——喀尔喀最高大喇嘛哲布尊丹巴一世活佛受康熙皇帝委托欲主持大会，土谢图汗察珲多尔济也大为支持。而作为西藏教廷代表的噶尔亶席勒图则被扎萨克图汗沙喇等人认为是主持大会的不二人选。
　　按藏传佛教的传说，哲布尊丹巴活佛最早降生在印度，为释迦牟尼佛的五百佛徒之一，后转世在西藏觉囊派，传世十五世至多罗那他。1614年，多罗那他应蒙古喀尔喀部的邀请前往库伦一带传经约20年，深得喀尔喀部诸领袖人物的信奉和支持，逐渐成为当地宗教领袖，被尊称哲布尊丹巴，藏语意为“尊胜”。1634年，多罗那他圆寂，次年，喀尔喀诸汗王认定于1635年诞生于土谢图汗衮布多尔吉之子札那巴札尔为其转世，法号罗桑丹贝坚赞，这便是哲布尊丹巴一世。

　　1649年，罗桑丹贝坚赞赴西藏学法，并于1651年改宗格鲁派，受达赖喇嘛承认其为第一世哲布尊丹巴活佛。待回到喀尔喀后，在诸部汗王的拥戴下，成为喀尔喀最高活佛，管辖一切宗教事务。这样的身份地位，由他来主持大会看似理所当然。
　　然而，噶尔亶席勒图是达赖喇嘛坐下大弟子，在藏传佛教中地位高于哲布尊丹巴活佛，又是受最高教主达赖喇嘛之命前来，按照传统和宗教秩序应该由他主持大会。两方各持己见，相持不下。
　　清廷全权代表，理藩院尚书阿尔尼秉承皇帝旨意，意图控制大会，便强行让噶尔亶席勒图与哲布尊丹巴活佛并列，同坐一席，会议才勉强召开。哲布尊丹巴活佛是土谢图汗察珲多尔济的弟弟，他作为主持，明显缺乏公正。阿尔尼并不知道，自己的作为给了日后噶尔丹最好的动兵借口。
　　经过四天的讨价还价，土谢图汗察珲多尔济与扎萨克图汗沙喇终于在压力下缔结盟约，与佛像前宣誓，互不侵害，永世友好。
　　没有强制力约束的盟约，只是废纸。

　　会盟后，土谢图汗只归还了扎萨克图汗一半的属民和牲畜，其余的全部免谈。而面对扎萨克图汗的屡次要求，土谢图汗察珲多尔济干脆厉兵秣马，准备给予武力打击了。
　　清廷偏向土谢图汗一方，作为扎萨克图汗的沙喇无处申诉，实力又不济，正在走投无路间，噶尔丹恰到好处的出现了。
　　在得知了库伦伯勒奇尔会盟的详细情况后，噶尔丹写信给察珲多尔济和哲布尊丹巴活佛，要求他们对会盟时与噶尔亶席勒图同席而坐的“大为非理”事件做出解释。察珲多尔济毫不在意，回信进行侮辱。
　　噶尔丹也许对这样的反应并不生气，而且感到高兴，这让他有了充分的理由介入喀尔喀事务了。他向处于劣势的扎萨克图汗沙喇发出邀请，希望与他结盟。
　　需要外援的沙喇对于噶尔丹的帮助完全看作是雪中送炭，毫不犹豫的答应。就在清廷主持的会盟不到一年时，1687年，噶尔丹和沙喇等扎萨克图汗部贵族在三赫格尔进行会盟，矛头直指土谢图汗察珲多尔济。

　　为了协助盟友，噶尔丹派侄子杜噶尔阿拉布坦率军与沙喇一起游牧，谨防土谢图汗的进攻，同时为了下一步的行动，一千多名喇嘛以礼佛为名进入喀尔喀各地，为噶尔丹收集情报。
　　1687年在平静之中迎来了结尾。