冬季来临，牧群需要迁移到过冬的草场，噶尔丹前往额尔齐斯河过冬，与扎萨克图汗一起游牧的部队也随之撤走。几乎与此同时，得知情报的土谢图汗察珲多尔济向康熙皇帝上书，告知自己打算出兵攻打扎萨克图汗，康熙皇帝命他“守前约，勿复兴兵端”[27]，可认为胜券在握的察珲多尔济根本听不进康熙的劝告。
　　1688年正月，察珲多尔济率骑兵一万突然杀入扎萨克图汗部，将毫无准备的扎萨克图汗沙喇俘杀，归并了他的部众。
　　因为路途遥远，噶尔丹并不知道自己的盟友已经败亡，还派自己的胞弟多尔吉扎布率400骑兵前去和沙喇联系。这只小部队刚进入扎萨克图汗部便遭遇变乱，被察珲多尔济的人马包围，屠戮殆尽。

　　盟友被杀，胞弟遇害，噶尔丹勃然大怒，将牙帐迁往科布多，着手准备全面进攻。而北京的康熙皇帝得知察珲多尔济起兵之后，知道必然会导致准噶尔汗国的报复，连忙派人晓喻噶尔丹和察珲多尔济等人，提出“厄鲁特、喀尔喀均系本朝职贡之国”，之间的纠纷应由作为宗主国大皇帝的他来调解，要求“敕书到日，即为息争修好”[28]。

　　一个并不公正裁判，想用一纸敕书解决争端，无疑是徒劳无功。
　　1688年五月，噶尔丹命侄子策妄阿拉布坦留守科布多，亲率30000军队兵分两路征伐土谢图汗察珲多尔济和哲布尊丹巴活佛。
　　察珲多尔济也知战争决不会因为康熙的调解而平息，一面集结所有军队准备迎战，一面要求哲布尊丹巴活佛派兵支援。哲布尊丹巴活佛调集察珲多尔济长子噶尔旦台吉的5000军队和巴额尔克戴青的5000军队与察珲多尔济汇合，准备迎战。
　　噶尔丹起兵后，一路由他亲自率领，首先在杭爱山后掠取了右翼喀尔喀部众，然后攻入左翼，打败了噶尔旦台吉的军队，噶尔旦台吉仅率8人逃脱。另一路由他的三个侄子丹津鄂木布、丹吉拉、杜噶尔阿拉布坦率领直取额尔德尼召，将召庙烧毁，占领土谢图汗居地后继续推进。哲布尊丹巴活佛带着土谢图汗的家眷遁至车臣汗部境内的额古穆台。

　　在与侄子的军队汇合后，噶尔丹再次分兵越过土拉河，追击到克鲁伦河，进入车臣汗部境内，车臣汗乌默克的军队一触即溃，纷纷向南部清朝边境的苏尼特喀伦逃奔。
　　土谢图汗察珲多尔济此时已经所有能征调的部队全部集中起来，面对着来势汹汹的博硕克图汗噶尔丹，在鄂罗多诺尔摆开了阵势。
　　8月28日，双方大军展开决战，准噶尔军装备精良，训练有素，而察珲多尔济的部队占有主场优势且人数众多，双方激战三日未分胜负。
　　第三日夜，噶尔丹派奇兵夜袭巴额尔克戴青的营地，一举破之。喀尔喀军阵形大乱，部队失去控制，纷纷星散逃遁。
　　察珲多尔济见大势已去，无奈率残部退至与清朝相邻的苏尼特地区，与哲布尊丹巴活佛会合后向清朝寻求保护。

　　数月之间，噶尔丹席卷喀尔喀全境，兵锋抵达清朝控制的漠南蒙古。再往前走，就要和清军遭遇了。为表示礼节，噶尔丹致信北京：“倘哲布尊丹巴往投皇上，或拒而不纳，或擒之送我”[29]。
　　而清朝的康熙皇帝另有打算，在准、喀交战时，已经敕命国舅佟国纲、内大臣明珠、尚书阿尔尼等，调派“八旗骁骑营兵丁，及下五旗护军先锋”到张家口一带“以听调遣”，并征调内蒙古各旗兵丁7000余人随时备战[30]。现在，面对着喀尔喀贵族战败穷途之后的归降，康熙皇帝和大臣们议定的结果是“喀尔喀国破，土谢图汗、哲布尊丹巴呼图克图等诚心请降，应受而养之”[31]。

　　康熙皇帝明显站在喀尔喀一边。对噶尔丹来说，和清朝的战争已经不可避免，但是否就是现在？
　　噶尔丹没有犹豫多久，后方便有消息传来：原叶儿羌汗国的两个贵族在拘禁地伊犁发动暴乱，抢劫寺庙，他必须回师前去平定。
　　清朝的边境压力骤然减轻，1688年9月，正式同意喀尔喀诸汗率部入境，并发物资救济。
　　当噶尔丹率军回到科布多时，策妄阿拉布坦已经将暴乱平定，这本是值得欣慰的事情。可策妄阿拉布坦这次果敢的行动，几乎让所有人交口称赞，这使得噶尔丹对这位侄子产生了警惕：
　　策妄阿拉布坦是僧格的长子，父亲遇害时年仅7岁，如今已经是24岁的青年了。他是僧格的合法继承人，他对自己久居汗位难道没有不满？他现在声望如此之高，难道对自己还会俯首帖耳？何况，自己所纳的侧妃阿海，原本是他的未婚妻，他难道对自己没有怨恨？
　　疑心，可以毁掉一个人，如果这个人还是一个帝国的统治者，就足以毁灭一个帝国。

　　噶尔丹和策妄阿拉布坦这对叔侄之间，已经暗流汹涌。
　　（七）第二次东征
　　回到大本营的博硕克图汗噶尔丹，很快就被疑心、谣言和诽谤所包围，这一切，都源于他出色的侄子策妄阿拉布坦。
　　那场小规模的叛乱之后，一些谣言便不胫而走，内容让噶尔丹心绪不宁：僧格的长子策妄阿拉布坦，次子索诺布阿拉布坦是这次叛乱的始作俑者。甚至身为两位阿拉布坦亲弟弟的丹津鄂木布也出于嫉妒，对两个哥哥极尽诋毁。
　　身为佛教徒，心中的疑惑，必然要找全能的佛祖来排解，噶尔丹请由西藏前来的奈冲鄂木布喇嘛占卜吉凶。
　　占卜的结果，透着浓重的血腥气：策妄阿拉布坦和索诺布阿拉布坦是叛乱篡权的根苗，应该除掉[32]。

　　疑心一旦得到证实，哪怕是不符合事实的证实，都会演变为可怕的行动。
　　一天夜里，索诺布阿拉布坦喝奶茶的碗里被放入了不知名的药粉，这个不幸的年轻人便不明不白的死在了自己的帐中。
　　当策妄阿拉布坦外出返回的时候，面对的，除了弟弟僵硬的尸体外，还有无处不在的肃杀气氛。
　　再不设法自保，自己也会很快步弟弟的后尘。可该如何自保呢？
　　僧格的七个旧臣在此时来到了少主身边，劝他立即脱离噶尔丹另谋发展。策妄阿拉布坦于是在暗中积极召集父亲的旧部，准备举事。
　　准噶尔汗国的大分裂从此时开始出现第一个豁口。噶尔丹作为可汗，要负全部的责任，他要么对侄子们继续信任并给予恩赏，使之与自己和衷共济，要么干脆斩草除根，以绝后患。这种杀一个，而对另一个迟迟不采取行动的做法，是绝对的愚蠢。

　　愚蠢的后果往往极为严重。
　　1689年春，做好准备的策妄阿拉布坦与七位僧格旧臣一起，率领5000部众离开科布多西走，明白的表明与噶尔丹分庭抗礼。
　　仓促之间，噶尔丹亲率2000军队前去追击，深得叔叔战法的策妄阿拉布坦青出于蓝，在乌兰乌苏击败了噶尔丹，迫使他返回科布多。
　　从此，策妄阿拉布坦逐渐扩展势力，招兵买马，逐渐控制了阿尔泰以西的准噶尔地区，在西部对噶尔丹形成了巨大威胁。
　　准噶尔汗国虽然还只有一位可汗，但已经分为实际上的两部分，而噶尔丹征战多年获得的属国，尤其是富庶的河中地区，重要的商业城市撒马尔罕等都与自己切断了联系，兵员、物资尤其是战争最为重要的枪、炮、火药都没有了可靠来源。
　　噶尔丹并非不想解决这个侄子，但他知道，自己进一步控制喀尔喀的战略必须迅速地继续推行，否则，已经势穷力竭的喀尔喀完全倒向清帝国可以说是必然之局，他不得不把精力全部专注于东面。

　　于是，噶尔丹的使臣屡屡出访俄罗斯，希望从俄罗斯那里获得援助，他必须一鼓作气拿下喀尔喀——而这也就成为一些所谓“通俄卖国”史论的由来。
　　作为“天朝上国”的统治者，康熙皇帝初期并没有弄清噶尔丹的真正意图，在他心中，不过是两个藩国为了争夺财富和土地发生的冲突罢了。自己只要恩威并施的让他们和好，便可解决边境上的骚乱。
　　在策妄阿拉布坦出走后不久，清廷以理藩院尚书阿尔尼为首的使臣团到达科布多，传达康熙皇帝希望准噶尔与喀尔喀和好的建议。
　　噶尔丹坚持要康熙皇帝交出土谢图汗和哲布尊丹巴活佛，对他来说，这两个人必须去死，或者控制在自己手中，这样喀尔喀才能完全归属于自己，因此拒绝议和。而在阿尔尼使团出发时，康熙皇帝已经料到噶尔丹决不会答应议和，便同时派总管京城喇嘛班第扎萨克大喇嘛伊拉古克三活佛到西藏，希望获得西藏教廷的支持，说服噶尔丹。

　　康熙皇帝哪里知道，现在的五世达赖喇嘛早已经不在人世，真正掌握教权的是其弟子，噶尔丹的同窗好友桑杰嘉措。而伊拉古克三活佛也是桑杰嘉措的好友，关系密切，且是噶尔丹统一蒙古，建立以黄教为国教大帝国蓝图的热情支持者。
　　因此，伊拉古克三活佛在西藏不但不传达康熙的谕旨，反而与桑杰嘉措商定了如何支持噶尔丹的计划，并随即启程赶往科布多，全力协助噶尔丹。另派人返回北京，告知康熙皇帝，达赖喇嘛希望他将土谢图汗和哲布尊丹巴活佛交给噶尔丹，教廷将保证他们的安全[33]。
　　康熙皇帝已经感到了不对，觉得“未必为喇嘛之言”，但在无法证实的情况下，也只能看作西藏教廷并不支持自己。这对于有着“天下共主”身份的大皇帝来说，无疑是非常危险的信号：西藏在支持噶尔丹吞并喀尔喀，实现蒙古的统一。