鱼凫王朝在支持武王伐纣的过程中，将主要的精锐部队派往北方中原。当然，武王伐纣的战争不会在短时间内结束。公元前11世纪中下叶的某一年，当决定商、周最终命运的“牧野之战”（主流说法认为发生于公元前1046年）在中原大地如火如荼的准备着时，在古蜀国也在酝酿着一场重要的战争，这场战争也决定着鱼凫王朝的命运。
　　由于鱼凫王朝长时间将精锐部队外调，造成了蜀国国内的军事空虚，从而为蜀国的政权带来了危险。此时，鱼凫王朝已在奴隶制的统治下达数百年，长时间积累的社会矛盾日益突出。而此时，如日中天的杜宇势力则很可能利用了这个绝好的时机，对鱼凫王朝进行了致命的一击。
　　商朝末期的某一年，在今成都平原发生了一场决定性的战争。交战的双方正是杜宇一族与鱼凫王朝。杜宇势力攻入鱼凫王朝的都城广汉，鱼凫君主带领军队在广汉都城与之交战，鱼凫势力逐渐失利，最后被杜宇势力追赶到成都平原西部山脉，鱼凫势力从此退出古蜀的历史舞台。
　　鱼凫势力失败后去了哪里呢？《蜀王本纪》曾有记载：“(鱼凫)王猎至湔山，便仙去，今庙祀之于湔。”《华阳国志》也有记载：“鱼凫王田于湔山，忽得仙道，蜀人思之，为立祠。”两书所说的“便仙去”和“得仙道”皆是后人对前蜀王隐讳的说法，加上“庙祀之于湔”的表述，证明鱼凫君主在与杜宇的战争中很可能被杀，其残余族人逃至湔山一代躲藏起来。湔山即今天四川都江堰市与汶川县之间的茶坪山一带。《蜀王本纪》又记载：“ 望帝治汶山下邑曰郫，化民往往复出”，大意是杜宇统治确立后，原鱼凫势力败逃至湔山的族人，又从湔山出来，归服杜宇王朝，重归家园，安居乐业。

　　至于参加武王伐纣的古蜀勇士们命运如何，却另有一段故事。鱼凫王朝被灭并没有影响古蜀勇士在中原战争中的发挥，他们继续参加伐商的战斗。周朝灭掉商朝后，周武王大肆封赏，蜀军首领被封为伯，还把族中女子井姬嫁给其首领为妻。在渭水之南、清姜河（今陕西宝鸡市）西岸，古蜀勇士们建立了一个新的国家——“鱼国”。以“鱼”作为国名，似乎是寄托了勇士们对鱼凫故国的无限思念与复国的强烈愿望。据记载，鱼国最强盛时，南界曾越过秦岭，达到嘉陵江上游，但却始终未能进入成都平原，收复他们曾经的故土。20世纪90年代，陕西鱼国遗址出土的一件青铜人很自然地让人跟三星堆青铜大立人联系了起来，这件青铜人的手势跟青铜大立人一样，显得夸张，并且跟身体明显不合比例，他手里似乎拿着和青铜立人一样的东西。据学者考证，认为鱼国遗址出土的鸟、象、鱼、龙、猪等青铜器，都可以找到三星堆文明的痕迹。遥远的鱼国跟三星堆古蜀国之间似乎有着某种神秘的联系，或许，它本身就是蜀人兴建的国度。

　　杜宇击败鱼凫王朝后，当之无愧的成为了新一代蜀国君主。当然，从客观来说，这是一次成功的军事叛乱。而为了“美化”自己的形象和新政权的合法性，杜宇很可能开始对世人宣称自己是“天人”，推翻鱼凫王朝自然是“顺应天意”，这也是中国历史中新生君主对自己出生背景进行美化的一贯方式，细节虽有不同，目的和效果却大相庭径。由此看来，后来民间对杜宇“从天堕”的传说便具有了一定的根据。

　　杜宇王朝建立的时间大致与西周的建立时间一致。周朝建立后对四周诸侯进行了大肆分封，新生的杜宇蜀国政权也获得了周朝的认可。这应是此时双方政权在政治方面相互需要的必然性，也是蜀国一贯作为周族（周朝前身）传统盟友的必然结果。新生的杜宇王朝也特地派出使臣到周朝进行朝贺。《逸周书·王会篇》曾记载：西周初年，周成王在成周举行诸侯大会，“成周之会…… 蜀人以文翰。文翰者，若皋鸡”。孔晁注：“鸟有文彩者。皋鸡似凫。”所谓有文彩而似凫的皋鸡，实即鱼凫王朝的神物和标记。这与三星堆出土的彩凫相符。新生蜀国在诸侯大会中向周成王献凫，其意义正如西周春秋时期诸侯告捷、献功、荐俘于周王廷一样，表示告以对鱼凫王朝政权的彻底推翻和取代。

　　至此，古蜀国的第二王朝——杜宇王朝由此拉开序幕。

　　关于新王朝的国都，杜宇当然不会继续选择鱼凫的广汉旧都。历史以来，除部分隔代王朝可能选用相同的都城，新生王朝很少选择前朝的旧都作为政治中心，这主要是出于政治考量。总结起来就是“去旧迎新”，即去除“旧朝人”的“纸灰复燃“和“复辟“思想，同时通过新的政治中心树立新生政权的合法性和开创性。
　　那么，杜宇王朝的都城选在哪里？《华阳国志》曾有关于杜宇王朝都城的记载，“移治郫邑，或治瞿上”。郫邑，在今郫县一带。瞿上，今双流县牧马山一带。另有人认为杜宇王朝先期建都于成都，而到后期才“移治”郫邑。《蜀王本纪》有记，“望帝治岷山下邑曰郫”，可以看出郫邑作为“下邑”，实则另有“上邑”相对应，“上邑”很可能便是成都的旧名，而郫邑一直作为成都的第二都城（副城）存在。

　　杜宇王朝先期定都成都的说法还源于金沙以及十二桥遗址的发掘和研究。关于商周之际的成都，由于金沙遗址、十二桥遗址以及其他相关遗址的发现和发掘，证明当时它是一座具有相当规模并且具有王都气象的城市，它从商代晚期（约公元前11世纪，即杜宇王朝建立初期）一直持续发展到西周末春秋初（即公元前771年，东周初期），中间没有间断，春秋以后走向衰落。开明王朝的开国年代（杜宇王朝末期），据《华阳国志》记载开明氏“凡王蜀十二世”以及《路史·余论》所记“开明氏传三百五十年”等，从其亡于秦之年（公元前316年）往上推算，约相当于公元前7世纪初。因此，西周末期由于成都开始走向衰落，杜宇王朝将都城迁至副城郫邑便具有较强的说服力。

　　由此看来，在3000年前的杜宇王朝初期，成都很可能首次作为蜀国的都城（主城）而出现于成都平原，并在300多年的杜宇王朝时期创造了灿烂的金沙文明。当然，当时还没有出现“成都”这个名字。

　　杜宇王朝在建立后，不论在国家形态、文化模式，还是在政治制度、生产模式等方面，与之前以三星堆文化为内涵的鱼凫王朝相比，皆发生了深刻变革。这些变革，从文化模式上看，是以礼乐文明取代了神权文明，从政治制度上看，是以官僚政治取代了神权政治，官职制度基本采用了近似中原周朝的模式。在鱼凫王朝时期，生产方式主要为农耕、畜牧、渔业。杜宇时期，进一步加强了农业耕作生产方式的重要地位，使蜀国成为了西南区域名副其实的农业大国，国家实力相之过去大大增强，这意味着古蜀在文明演进的道路上向前迈进了一大步。

　　关于杜宇王朝的疆域，《华阳国志》在描绘其强大时写道：杜宇“以褒斜为前门，熊耳、灵关为后户，玉垒、峨眉为城郭，江、潜、绵、洛为池泽，以汶山为畜牧，南中为园囿”。由此可见，杜宇王朝北面疆域为汉中，这与鱼凫时期基本一致，南面抵达今青神县，西面为今芦山、天全，东面至嘉陵江，而以岷山和古南中（今凉山州、宜宾地区，以及云南、贵州部分地区）为附庸。可以看出，杜宇王朝时期的势力范围已远远跨过成都平原。