应该说形势还不算很坏，但崇祯二年下半年的局势，可以用风云突变来形容了。这一年六月，袁崇焕乘舟跨海，来到鸭绿江口的皮岛（今朝鲜椴岛），先斩后奏，将镇守皮岛并负责监督朝鲜的东江镇总兵毛文龙斩杀。这年十一月，已经东征朝鲜、西征漠南蒙古，打破明、蒙、朝三方联盟的后金军，在皇太极率领下，以七到八万八旗精锐绕过关宁防线，取道漠南蒙古，从喜峰口（今天津蓟县北）突入关内，攻破蓟门，一路烧杀抢掠，直逼北京，朝野震动，是为后金第一次入塞。袁崇焕急忙调师回援，在赵率教的先遣部队五千人被后金军全歼后，袁崇焕便一直尾随金兵而不开战，直到逼近北京城，倚城而战，才击退清军，京师得安，史称“己巳之变”。

　　后金兵撤离京师之后，朝廷开始了一系列政治斗争。温体仁、周延儒等非东林党人策动大批御史弹劾袁崇焕怠战误国，袁崇焕被捕。此后，又借袁崇焕一事将内阁大学士韩爌、钱龙锡拉下了水，东林党人在内阁的势力越来越小，这年腊月，周延儒得以入阁。
　　时间又到了崇祯三年（1630），朝廷面对的局势就略显紧迫了。后金兵并未完全撤出关内，还在永平府（相当于今唐山市）占领着遵化、迁安、卢龙、滦州四个城池，时刻威胁京师。而在陕西，由于大旱，饥民遍地，民军起义如火如荼，陕西一省几无完地。面对这种局势，朱由检重新启用先皇帝师、提拔袁崇焕的前蓟辽督师孙承宗重新复职，率军迅速收复了永平、遵化四城，将后金军彻底赶出了关外，此战中左良玉等将领崭露头角。

　　东面的危险暂时解除了，但农民起义却让朝廷十分头疼，毕竟当下满朝唯一的帅才孙承宗已经到辽东去了，陕西交给谁呢？
　　日期：2013-02-27 16:58:36
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　　一个人冒出来了，左副都御史杨鹤。他抒发了一番见解，认为流寇也是朝廷的赤子，是天下的元气，应该以招抚为主要手段，说的头头是道，貌似只要杨鹤一去陕西，问题就能解决。皇帝很高兴，将杨鹤派往陕西，任了陕西三边总督。然而杨鹤压根不愿意去，左推辞，右推辞，但朱由检三催五催，杨鹤还是去了。去了之后，用皇帝亲自发给的几十万两银子成功地招抚了乱民，短时间内陕西竟然恢复了平静。

　　事情似乎有了转机，但到了崇祯四年（1631），情况又出现了变化。在陕西，杨鹤的招抚策略实质上并没有奏效，因为财政没有改善，赈济的银两不够，义军再次举兵，这一年春，陕西几乎是在一瞬间又恢复到了半年前那混乱的状态。九月，杨鹤因招抚无效被治罪，贬谪江西。
　　而在辽东，形势也很严峻，按说孙承宗斗走了王在晋，缔造关宁防线，应该比袁崇焕更牛才是。但是当孙承宗准备将势力延伸到广宁右屯卫（即大凌河城），准备重修大凌河城时，皇太极就不干了。八月，皇太极派重兵围了大凌河，最终将新建的大凌河城又刨成一片废墟，俘杀了城内所有军民，祖大寿只身逃脱。孙承宗无奈，知道事情无法交代，在御史们的轮番攻击下，辞了蓟辽督师的职位，回高阳老家养老去了。

　　后金兵刨掉大凌河有两个影响，一是直接影响，证明了关宁锦防线并非坚不可摧，后金随时想啃都可以过来啃，加上之前后金绕道突破喜峰口，已经向明朝君臣证明了，关宁防线实质上已经报废了，就如法国的马其诺防线一般，终崇祯朝始末，不是没有人意识到这一点，可惜终究没有得到重视。再说另一个影响，由这件事引发的另外一件事，对大明朝甚至对以后的整段历史的影响不可谓不大。

　　前面说了，晚明实学派领袖、西学大家徐光启给皇帝提了很多意见，其中的训练新兵一项，确实得到实行了，地点在山东登州府，实施人是孙元化。孙元化是徐光启的老乡、学友，也曾是袁崇焕的部下，经历过宁远之战、宁锦大捷，对练兵、使用火炮很在行。于是这一年年初，便到登州任了登莱巡抚，招募新兵，聘请葡萄牙教官训练西洋火枪火炮，想锻造出一支超前的近代化部队。但孙元化收留了不该收留的两个人，孔有德、耿仲明。此二人原本是毛文龙部下，毛文龙被杀后，皮岛时常发生变乱，二人为求生存，投奔孙元化。大凌河被围时，老孙派孔有德领八百骑前往救援。闰十一月，孔有德行至河北吴桥县，因军饷不济，发动叛乱，杀回山东，一路抢劫，攻占登州。山东巡抚俞大成及登莱巡抚孙元化寄希望于招抚，使得叛乱持续一年，直到崇祯六年初，朱大典任山东巡抚，以关宁铁骑攻破了登州，孔有德、耿仲明等仅以身逃脱，这才平定叛乱。

　　乱虽平了，但造成的影响却是巨大的。此后，孔有德、耿仲明、尚可喜三人主动投降了后金，将所学的十分先进的火器技术传给了后金，使得明军唯一应对后金的优势也消失了，双方军事力量对比开始了微妙的变化，明军从此在关外无法发动攻势。

　　崇祯五年（1632）的形势是东面不妙，西面开花。杨鹤被治罪以后，陕西左参政洪承畴先升巡抚，再接总督的位置，开始了以剿为主的策略，在陕西大举战事，十几万农民军溃不成军，头领相继被杀，部分农民军流动到山西。陕西的连番大捷，一定程度上，平衡了朱由检慌乱的内心。
　　日期：2013-02-27 17:09:18
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　　崇祯六年（1633），重点转移到朝廷了，斗倒东林党的温周联盟瓦解，温体仁和周延儒又斗上了。相互之间用尽了各种权谋手段，最终周延儒失败。这年六月，周延儒被罢官，温体仁进为首辅，独揽大权。
　　而在地方，山东叛乱肃清了，辽东也没有大规模战事，只有在山西。陕西有洪承畴压阵，于是识时务的农民军全部跑到山西了，皇帝便命曹文诏为山西总兵，围剿农民军。围剿的效果很好，不到一年，农民军便尽数转移，离开山西，到了河南境内。这一年十一月，各路明军将十几万民军围困在河南北部的武安县境内，准备一举歼灭。关键时刻，曹文诏被调往大同，农民军用诈降之计，逃出包围圈，渡过黄河往南而去。

　　崇祯七年（1634），朱由检上台的第七个年头，农民军越剿越炽。在朝野的努力下，有史以来最大的地方官出场，五省总督，空前而不绝后。五省总督本应由洪承畴担任最合适，却因为皇帝担心洪承畴军权过重，将总督的位置留给了陈奇瑜。陈奇瑜是原陕西右参政（原与洪承畴同时分任陕西左右参政），后升陕西延绥巡抚。陈奇瑜倒也有些才能，只消半年，到六月间，便将散布在河南、湖广、陕西各地的几十万农民军逼到了陕西南部的车厢峡，又准备一举全歼，而农民军再一次使出了诈降的招数，再一次脱离险境。就在陈奇瑜围剿失败后的七月，彻底击溃漠南蒙古林丹汗势力的后金军第二次入寇，从大同边境长城突入关内，在宣府、大同一带搅扰了一番，劫掠了人口、财产而去。这一年可谓双失。