到如今，大西军余部初出山林，威震四方的局面已经不存在了，各部之间依旧各自为阵，没有统一协调，一次又一次白白葬送大好的机会，明清对峙的局面，又逐渐朝着有利于清军一方的方向发展。
　　日期：2013-03-13 23:02:36
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　　【内战导致的彻底覆亡】
　　虽说南明各支军队之间各自为阵，丧失了不少机会，但局势总算是处于相持状态，清廷的八旗军入关后迅速堕落腐化，战斗力迅速下降，而多铎、多尔衮、阿济格、豪格、勒克德浑、博洛、尼堪、何洛会、谭泰等曾经独当一面的大将都因各种原因，或病死或战死，或获罪而死，仅有的老将济尔哈朗也处于病危状态，清廷可用之将，可用之兵，实在已经不多，惟一些年轻的未经战事满洲老将之后，以及尚可喜、吴三桂等汉族将领，不得不渐渐倚重汉军绿营军，清廷以汉制汉的政策随着洪承畴再次出任西南五省总督而达到最高状态。

　　但就这样的僵持局面，南明朝廷也没能维持。孙可望在贵州自称国主，完全无视永历皇帝，野心急剧膨胀。永历帝为摆脱受制于人的局面，遂多次求助于李定国，希望其率军勤王，但都没有回应。而永历君臣的这些密诏却被孙可望截获，孙可望于永历八年（1654）三月对永历君臣大发难，并借机处置了大批文臣，十八位忠志之士遭到残害，史称“十八先生案”。
　　到了永历九年（1655），孙可望越发嚣张，替代永历帝称帝是不可能的了，故而孙可望欲将永历帝从安隆移驾到贵阳，置于自己的直接控制之下。这样的行为不仅遭到了李定国、刘文秀的反对，连孙可望自己的直系部将也渐渐不满。这年十月，白文选抵达安隆，并没有按照孙可望的嘱咐办，没有将永历帝强行迁到贵阳。永历十年（1656），李定国决定勤王，正月，抵达隆安，随后，将永历帝迎回昆明。而孙可望因此磨刀霍霍，准备挑起内战。

　　就在西面朝廷陷入混乱之际，郑成功却活跃了起来，多次在浙江、福建、广东沿海等地展开军事行动，却无一例外，因为势单力薄，全部告以失败。
　　永历十一年（1657年）一整年，是南明永历朝廷的内战之年。这年年初，孙可望不甘于大权白白失去，随即大肆封王，为进军云南做准备。八月，孙可望率领十余万大军迫近曲靖交水，李定国、刘文秀以仅有的三万余人迎战。但最终孙可望的大多数部将不愿意自相残杀，又对孙可望极为不满，纷纷临阵倒戈，孙可望进军云南失败，自己率仅剩的数千兵力逃往湖南。这年冬月十五，孙可望抵达宝庆府，竟然投降了清廷，并且将西南的军事虚实全部透露给清廷，清廷大为欢喜，封孙可望为义王，移居北京。

　　日期：2013-03-13 23:05:09
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　　孙可望投降之后，清廷开始着手进军黔滇，准备一举消灭永历政权。永历十二年（1658年）一整年，是清廷南伐三路入黔之年。这年年初，清廷下达了三路进军西南的命令，命吴三桂自汉中南下四川，进攻贵州；命驻防于江宁的固山额真赵布泰入广西，率孔有德余部的线国安部北进贵州；命固山额真罗托协同洪承畴由湖南直接西进贵州。
　　这年三月，三路清军同时发起攻势，明军节节败退，到四月份，清军占领贵阳，到七月份，清军几乎占领整个贵州。期间夔东十三家为挽回败局，曾于七月、十一月两次反攻重庆，以牵制清军西路进军的吴三桂部，但都告以失败。不知为什么，李定国尚拥有主力军队十余万人，本来可以趁清军分三路而来，对清军各个击破的，但是大军却集结于云南，清军占领贵州过程中根本没有与明军主力交战。

　　十月初五，清军三路终于会师，集结于贵阳，商讨进军云南的事宜。这年腊月，吴三桂首先出兵，攻破七星关，白文选部败退。大西军余部在云南经营多年，可谓根基牢固，兵力十余万，而云南又地势复杂，固守云南应是没有问题。但随着清军迫近，朝野迁都之议又开始活跃，连李定国也主张离开昆明，另寻落脚之处。

　　永历十三年（1659）正月，南明朝廷放弃昆明西迁永昌府（今保山），清军吴三桂部轻而易举占领昆明。占领昆明之后，吴三桂急于活捉永历帝，随即继续发兵追击明军，于二月二十一在磨盘山遭到李定国的阻击。磨盘山之役原本是李定国精心策划的伏击战，意在一举歼灭或重创吴三桂部，但因为战役过程中出现小失误，清军过早识破明军的埋伏圈，导致伏击战打成了遭遇战，虽然吴三桂部遭到重创，但明军也损失惨重。此役之后，吴三桂暂时不敢西进，而李定国则率军徘徊于中缅边境，坚持抗清。而永历帝则一逃再逃，逃到缅甸首都阿瓦，被缅甸国王实质软禁起来。

　　日期：2013-03-13 23:07:30
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　　与这一年（1659）同时，一直坚持在东南抗清的郑成功，趁清廷大军集结于西南，东南空虚，遂发动了长江之役。这年五月十九，郑成功水师大军由吴淞口进入长江，随即一路西进，连攻江阴、瓜州，摧毁清军在瓜州的江防工事，六月二十二，在镇江银山大破清军援军，次日占领镇江。而同时，水师的先头部队张煌言部已率先进抵南京城下，随后继续西进，南京上游的太平（今当涂）、和州、池州、宁国等府州相继收复，反清之势再次高涨。但郑成功没有把握住机会，直到七月初九，大军才抵达南京，而抵达南京之后，明军也没有一鼓作气攻城，使得清军得以喘息。七月下旬，清军援军到达，郑成功与战失利，但局势仍然有利于明军，郑成功却贸然撤兵，退回镇江，而不久，更是撤出镇江，返回海上，不久，回到厦门。而南京上游的张煌言一再劝阻郑成功不要慌忙撤退，未能如愿，郑成功撤走后，张煌言在京西一带势单力薄，曾率部前往英霍山区（今大别山区），却不被当地山寨收留，最终辗转江南各地，历时半年，行两千余里，方才从浙江宁海回到海上。

　　永历十四年（1660），李定国依旧徘徊于中缅边境，郑成功退回厦门，清廷也因为关内十八省皆纳入版图，所以不再发动战事。倒是这年六月，北京的义王孙可望被人告发贪墨，被迫辞去王爵，十一月，死于北京，死因不祥，估计多为清廷暗害。
　　永历十五年（1661）春，郑成功见反攻南京无望，困守金厦二岛又不利于休养，便发动著名的“收复台湾”之役，登陆台湾岛，包围荷兰人在台湾的统治据点，热兰遮城和赤嵌城。直到这年腊月，荷兰人出城投降，郑成功终于占领台湾岛，并设置府州县，这是中原汉人第一次在台湾岛上设置行政机构，而且也是实质上台湾第一次真正意义上纳入中华版图，只可惜这时候的中华版图，也仅仅只有台湾岛和金厦、澎湖等岛屿了。

　　永历十六年（1662），吴三桂对缅甸发起攻势，意在活捉永历帝。缅甸国王畏于清廷，将永历帝献出，三月十二，永历帝被吴三桂押回昆明，四月二十五，永历帝被吴三桂处死，永历朝廷就此告以覆亡。