在这种紧要关头，崇祯皇帝无人可用，挑来挑去也就杨铭化还能凑合。杨铭化临危受命，被皇帝擢升兵部侍郎职衔，总督保定（直隶中南部）、陕西、河南、山西、山东五省军务，负责围堵李自成，阻挡其北上的步伐。

　　然而事情并没有因此而转机。一来杨铭化初掌五省，没有足够的手段和威望来统筹各省军队安排防务，二来李自成的动作实在太快。杨铭化在正月刚刚接手五省之事，李自成就在二月初攻破山西太原和河南怀庆（今沁阳）。等杨铭化在山东调兵调将，准备增援大同及防守太行八关时，李自成已经攻占代州，山西总兵周遇吉退守宁武关（今宁武），李自成的心腹大将刘芳亮已经率军出固关，直逼河北重镇真定府（今正定）。

　　宁武关所拱卫的大同和河北真定是北京西南两面的门户，两地不失，北京就没有危险，两地任意失去一地，北京就会直接暴露在敌军面前。杨铭化深知这两地的重要性，对晋北的战事，杨铭化传书山西总兵周遇吉和大同总兵姜瓖，凭借宣大一带（宣府大同简称宣大）尚存的精锐，阻挡李自成北进的步伐。对于真定府的危局，杨铭化则亲率自己的督标亲兵，也就是山东的精锐两万人日夜驰援。

　　然而这两场关键的战役都失败了。宁武关的明军兵力薄弱，大同总兵姜瓖未听从杨铭化的调遣，没有派兵增援，李自成强攻之下，周遇吉战死，防守明军全军覆没，大顺军很快突破山西内长城，逼近大同，姜瓖献城投降，山西巡抚卫景瑗自杀，北京西面门户洞开。而在真定，杨铭化率军阻截刘芳亮，战事胶着月余，最后得到大同失守的消息，真定知府丘茂华暗中献城降顺，内外夹击，杨铭化军大败，损失惨重，退往德州一带。

　　此后，朝内李建泰请崇祯帝迁都南京，没有结果，李邦华请太子镇守南京，也没有结果，杨铭化也紧急上疏请求皇帝或者太子南巡，但也没有结果。大失所望之下，杨铭化只能坐镇德州观望，无力援救北京。此后的事情就一如真实了，李自成兵临北京，京畿文武官员见大势已去，纷纷投降李自成，北京被迅速攻破。
　　再后来，就是山海关之战，李自成败退山西，清军入主燕京，也就是崇祯十七年的五月。
　　日期：2013-03-25 21:49:16
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　　这时候，依然还是五省总督，作为大明最大的地方官，杨铭化所面临的，该如何选择？

　　是像大学士李建泰那样投降大顺，还是像督师洪承畴那样投降大清？不，不能投降，大明还没到山穷水尽的地步，怎么能够屈膝投降呢？
　　杨铭化选择继续拯救时局。
　　之后的事情，就是南京的立福立潞之争。杨铭化远离南京，虽然致信南京主张拥戴福王，但是也没能改变东林党对福王的一番抵制，最终还是让福王借用武将的支持才得以上位。
　　福王登基之后，继续委任杨铭化为五省总督。杨铭化担心新朝因为他勤王不力而加罪于他，然而这样的事情最终没有发生。原因很简单，崇祯帝不死，又怎么能有现在的弘光帝呢，而且杨铭化是可用之才，舍他，弘光帝也没有更好的人可用。
　　然而很快，杨铭化就遇到了他人生中的第一个重量级的对手，这个对手既不是大顺军集团的，也不是清军集团的，而是己方南明阵营的，他就是马士英。马士英任首辅后，大权在握，与杨铭化政见不和并产生矛盾，杨铭化建议朝廷“联寇逐虏”，即与李自成结盟对抗清军，这与朝内主张的“联虏平寇”政策截然相反。
　　要知道，弘光帝的父亲就是被李自成杀死的，杀父之仇不共戴天，仇恨蒙蔽了弘光帝的眼睛。杨铭化恰恰主张朝廷和皇帝的杀父仇人结盟，这是犯了大忌。这样，杨铭化就被马士英抓住了把柄，一番折腾之下，最终马士英以杨铭化勤王不力导致国都破亡的罪名，革除了杨铭化的总督职位，将杨铭化调离山东，谪为浙江巡抚。
　　之所以要调离杨铭化，是因为杨铭化的联寇逐虏的主张与朝廷联虏平寇的主张相冲突，而杨铭化又有地方实权在手，不把杨铭化调离，朝廷的政策就实施不下去。
　　杨铭化一走，马士英委任妻兄田仰为山东巡抚，接手杨铭化的摊子。田仰是贵州思南人，生于万历十八年（1590），1614年进士，历任山东汶上知县、吏部文选司主事、浙江温处道佥事、广东布政司参议、四川巡抚，也算是一个久经官场的老官僚，比杨铭化要多混迹几年。虽然田仰是个老资格的官僚，但论能力，不一定比得上杨铭化了。
　　多尔衮进入北京之后，利用降清汉官，积极招降山西、京畿、山东以及河南等地，一时间，京畿、河北、豫北、晋北等地的官绅纷纷投降清廷。当然，清廷也深知山东在南北之间的关键性战略地位，因而开出了优厚的条件，招降山东巡抚田仰。
　　但山东经过杨铭化的经营，算不上固若金汤，但也基本上能称作是同仇敌忾。山东绅民都切身地体会到了清军烧杀抢掠的本领，稍加宣传，仇恨就在山东军民的心中点燃，加上田仰坚持不接受清廷的招降，所以两个多月下来，山东没有一位文武官员主动降清的。
　　日期：2013-03-25 22:01:03
　　清廷急了，招降不成，唯有一战。当年（1644）七月，清廷撤换了负责招降河南、山东两省的前明官僚王鼇永，改派敏郡王阿巴泰（努尔哈赤第七子）、固山额真和托、汉军八旗李率泰部率军两万进军山东，准备武力攻取山东。
　　面对清军的攻势，田仰在德州、东昌（今聊城）一线部署三万兵力以防御，然而很不幸，这个防线被清军轻而易举地突破。德州失守后，清军直指济南，省城岌岌可危。田仰属下的山东明军精锐几乎损失殆尽，济南已经难以坚守。

　　在这种情况下，田仰选择了撤退。退到青州以后，不再退了。在幕僚的建议下，田仰一面聚拢鲁北的残兵，一面利用保甲兵和胶东、鲁南复杂的地形与清军周旋。直到年底，清军才慢慢地将势力渗透到鲁东南一带。
　　对清廷来说，山东明军的威胁已经解除了，即便短期内无法进取山东其他地区，但山东的明军残部也无力反攻，清廷可以专心对付李自成了。后来的历史依然沿着原本的轨道前进，清军灭亡了大顺政权，并分三路南下攻打南明。
　　这其间，江北四镇的高杰部在睢州遭遇睢州之變，高杰被许定国杀死，史可法不愿在徐州停留，仓惶返回扬州。
　　后来，清军三路大军南下。东路军固山额真准塔、和托部专责进取山东其他府县，对付山东明军残部。四月初，准塔、和托分两路进军，和托主攻沂州城，准塔主攻济宁城，十余天后，两座城池相继沦陷，巡抚田仰在沂州保卫战中阵亡。夺取两地之后，准塔与和托会师，从济宁沿大运河南下，直指徐州。
　　到这时，山东的明军残部所能控制的地区，只剩下了胶东半岛的一隅之地，即将陷入了清军的战略包围之中。不久后，扬州失守的消息也传来，登萊兵备道（相当于今地级分军区政委）苏观生感到了深深的危机。如果清军一鼓作气，南明朝廷必将遭到灭顶之灾，亡国难免。清军一旦占领南京，必然调集主力围堵胶东，明军残部必然不能抵抗清军长久的围堵，杨铭化苦心经营的山东事业，终将毁于一旦。