然而不久，清军的使者就来了，随之而来的还有清廷的鹰犬汉军四万余人。各地的抗清士气随着清军的到来而消散，各府县官员要么弃官丢印而逃，要么纳土降清，赵应元叔侄的努力似乎并没有奏效。六月十二，清军使者黄家鼎抵达苏州，被杨文骢斩杀，随后杨文骢率领残部两千余人一路南撤，退往浙江。
　　赵应元起初的打算是防守苏州，但是随后跟来的是吴胜兆、李成栋两万大军。一来实力对比有差距，二来赵应元的目的不在一城一地之得失，而在于能否歼灭清军的有生力量。所以，赵应元决定放弃苏州。
　　清军占领苏州后，松江府也纳土归降。随后，吴胜兆被清廷任命为苏凇提督，驻苏州，李成栋被任命为苏淞总兵，驻松江，而原本的刘良佐部，也驻扎在常州，这样一来，清军的兵力就分散了。

　　由于各地纷纷降清，加上没有朝廷正式承认的职位权力，使得赵应元叔侄的工作没有较大的进展。直到清廷颁布剃发令，江南瞬间掀起如烈火燎原般的反清抗清起义，加上明廷任命赵应元为总兵官，统率江东地区所有兵力，叔侄俩的机会才来了。
　　此后，赵应元一小部分兵力，分散到太湖平原各个县份中去，联络各地的义军，统一号令，并就地行保甲法，日夜训练乡兵团练，同时协助义军攻打县城等。
　　整个闰六月下旬，义军风起而动，除南京、芜湖、当涂、镇江、常州、苏州几座孤城外，其余各地皆为义军所收复，江东地面几乎全部光复。这一阶段是江东义军的全面反攻阶段，由于清军措不及防，所以明军成果斐然。
　　然而随着清廷战略的调整，情况有了变化。由于江南突然得而复失，多尔衮感到多铎单独无法胜任江南的招抚工作，遂于当月以洪承畴为招抚江南各省总督军务大学士，协助多铎坐镇南京，并主用汉军镇压江东的抗清运动，这是清廷以汉制汉政策的开始。

　　日期：2013-03-31 20:38:45
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　　洪承畴的到任后，开始了与杨铭化相对的政策，安抚百姓，减征赋税，并且也在乡村实行保甲，训练效忠清廷的乡兵民团。同时，令江东各地的清军出兵镇压各地的起义，并且采用急行军急作战的策略，因为清军要对付的是战斗力很差的义军，义军的优势在于本土作战，所以清军必须以迅雷不及掩耳之速，让义军来不及部署。
　　洪承畴这一办法很有效，短短半个月不到，义军据守的各地县城相继失守。实际上，县城相继失守，既是清军战斗力强的原因，也有义军故意放弃县城的因素在内。
　　赵应元早就考虑到了这个问题。他知道义军战斗力很弱，而且兵力分散在每一个县份，据城而守无异于是以己之短御敌之长，清军正好可以集中局部的优势兵力迅速各个击破，那便会如同强风卷残云一般。所以得发挥义军的优势，本土作战的优势，放弃据守城寨，而遁入田野之中，凭借错综复杂的地形，凭借屋舍、树林、山涧，伏击清军的小股部隊，以小胜累积大胜。
　　果不其然，到七月上旬，清军虽然收复了大部分县城，但是并没有歼灭各地义军。义军遁入田野山林之中，不断地骚扰清军，使得清军疲惫不堪。在赵应元的组织下，一部分地区的义军甚至有了严密的组织，而且不仅能本土作战消耗清军，还能长途大迂回，调动敌军。譬如宜兴的卢象观兄弟，就率领了无锡、宜兴、溧阳三地的义军精锐，从七月初三到七月十五，连续出现在常州、丹阳、江宁三地，每到一地，便摆出攻打城池的阵势，迫使刘良佐从江阴包围圈抽调兵力增援常州、丹阳，而且出现在江宁的时候，连洪承畴都慌了，匆忙调集军队反攻，然而往往等清军赶到时，义军就消失的无踪影了。

　　这是义军活动的第二个阶段，以退为进，游动作战，忽悠清军的阶段。原本这个阶段可以持续的更长些，待时机成熟，赵应元、赵允诚就可以利用正规军发起对江东汉军的决战。然而这个部署出现了一个小小的意外，因为第二阶段的以退为进，并不是所有的义军都放弃县城的，比如江阴和嘉定这两个县。
　　不得不说，据江阴抗清的陈明遇和阎应元是两个奇才，他们不肯丢下江阴市民，于是选择留下来坚守，与江阴市民共进退。这一做法也激励了江阴市民，全城九万市民，全民皆兵，组成民兵三万余人，划城而守。刘良佐率军两万余人从闰六月下旬包围江阴，一直围攻到七月中旬，江阴城却如同铁桶一般，清军攻城毫无进展，刘良佐几次劝降，都没有效果。
　　日期：2013-03-31 20:43:26
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　　然而嘉定就是另外一番景象了，侯峒曾和黄淳耀率领乡兵进入嘉定之后，李成栋和张天福率军来攻，但他们也没能撤离县城，而是像江阴一样划城而守，然而结果却大不一样。七月初一，嘉定乡兵出城阻截李成栋大军，以正面决战的方式迎战正规军，这无疑是以卵击石。结果，四万乡兵完败给万余名清军，李成栋的进攻完全是一边倒的屠杀，此战之后，嘉定城外的河渠到处都是浮尸。七月初四，李成栋开始大举攻城，嘉定城防被一鼓而破。

　　这个消息传到驻扎在松江泖湖湖畔的赵应元处，赵应元亲自率领两千精骑，驰援嘉定。赵军急行军，当晚而抵达嘉定，对尚未察觉明军行踪的李成栋军发起突袭，战斗持续几个时辰，李成栋力战不支，率军撤离，张天福被明军俘虏。

　　这一次小意外，是义军寻求与清军正规军决战的一次失败。但另一个小意外，就与此相反，是义军第一次决战尝试的成功，这就是宣徽（皖南）义军反攻宣城。
　　赵应元、赵允诚叔侄主要活动在苏淞（苏南）一带，对宣徽的控制几乎没有，只有消息往来而已。宣徽的义军基本上形成了四部，宁国邱祖德、泾县尹民兴、徽州金声、池州朱盛农。洪承畴就任之后，以原史可法的督标前锋总兵张天禄为宣徽总兵，驻太平府，负责协助满洲固山额真叶臣平定宁国府、池州府、徽州府三地的抗清运动，军事占领三地。然而张天禄还没有进军，义军倒先发制人了。七月十六，尹民兴联络金声、邱祖德三部，集合义军总计约六万人包围了宣城，射伤清知府朱锡元，声势浩大，迫使张天禄紧急派部将邱越前、副将杨守壮、赵大捷等率军援救宣城。

　　这场战役一直僵持到七月下旬，清军尚且未能解除宣城之围。但是很明显，宣城久攻不下，加上义军缺少粮饷，士气极为低落，随时有可能遭到城内清军的突袭反攻。金声意识到问题的严重性，遂向杭州和苏松方面求援。
　　也许是该到了全面反攻的时机了，赵应元命赵允诚率领3000精骑驰援宣城。七月二十七，赵允诚抵达宣城郊外，这个二十来岁的年轻人颇有组织能力，抵达的当天，便调动围城各部，激励士气，当即猛烈攻城，战斗持续不到一天，就破城而入。山东军勇猛当先，在城内横冲直撞，义军尾随而入，收拾战场，清军将领邱越前、杨守壮被俘。