政府非常重视教育，一开始就制定法案强制教育，有公立学校和家庭教育两种模式可够选择。1636年，大而公会投票决议建立“新学院”，后来大家又把这里改名作“剑桥学院”以纪念他们的母校，因为清教徒领袖们大多是从剑桥大学毕业的，在那个年代的剑桥大学以马内利学院往往就被称作“清教徒学院”。1638年，受人尊敬的约翰-哈佛牧师去世，这为剑桥毕业生遗嘱里留下780英镑和400本书捐赠给学院，为了纪念这位牧师，大而公会决议将剑桥学院改名作哈佛学院，这就是美国第一所大学的起源。这所清教徒大学成为美国最早的神学院，最早一批本土培养的牧师全部出自这里。当时大公会还建立过一个“印度人学院”，目标是服务于美国原住民人群，可是一直不能招到足够的学生开课，印度人学院在1693年关闭，初期接受过大学教育的原住民都是哈佛学院培养的。

　　马萨诸塞湾殖民地是第一个两院制的政府，长老和长老们拣选的总督和官员组成长老院，民意选举产生的代表则组成下院。这里的政府其实就是教会组织，这是一个政教合一的神权政府，每个镇子上的“议事会”就是大家作礼拜的地方。
　　从上下组织关系来说，理论上马萨诸塞湾殖民地是不存在垂直上下管理的教会（政府）结构的。清教徒建设新英格兰的政治理想是回归到初期教会时代，他们废除主教制度建立起一个民主化的教会组织，每个镇子是一个“集会”congregation，每个集会选举产生他们的长老。在理论上，这个镇子的集会是不存在上级教会统治组织的，清教徒认为耶稣基督就是每个镇子集会的领袖。这种组织方式就被称作“公团主义”congregationalism。文思乐普这些领袖们是通过“共识”的方式在管理各地的教会，当然也包括施加行政压力。

　　新英格兰就这样建立成为一个神权统治的共和国，圣经不仅是属灵的指导，而且是政治和法律的指导。比如，长子继承制在新英格兰消亡了，殖民地政府的领袖们教导说，要尽量追随上帝的律法，因此清教徒会把遗产在众多子女中平分，长子则多得一份家产。
　　清教徒在新英格兰建设“新以色列”的时候，英格兰则陷入了一场血腥残酷的宗教战争。坎特伯雷大主教劳德试图将圣公会祷告书强加给苏格兰教会的作法，激起长老会的反弹。誓盟运动不仅是苏格兰民族意识觉醒的运动，也是民族国家挑战主权国家理论的第一场革命。美国独立革命前，苏格兰长老会教徒在费城街头公开发出“没有国王，唯有耶稣是王”的造反宣告，其实这只是长老会教徒的第二次大胆宣告而已。1639年，苏格兰长老会军队公开挑战苏格兰国王的权柄，此后一系列联锁反应带来“三王国战争”。

　　1642年，英格兰清教徒造反中断清教徒出流潮，数以百计的清教徒从新英格兰回流英格兰追随克伦威尔将军作战。克伦威尔将军革命胜利给清教徒带来的喜悦并不长久，英格兰人民很快就不再支持这样的一个神权统治的共和国，在克伦威尔死后，懊悔的英格兰人民迎回了斯图亚特家的国王。
　　1660年的查尔斯二世复辟是新英格兰的一个转折点，清教徒们最初是来这里建立一个“纯洁”的榜样，进而帮助英格兰回归“真正”的福音。清教徒们把查尔斯二世的胜利看作是“敌基督”的胜利，新英格兰的领袖们从此有了一个新的愿景，他们要在新世界建立一个全新的文明，这是一个基于他们信仰和政治理念的新文明。
　　从最初的时候，为能够得到“上帝的喜悦”，文思乐普这些寡头领袖们就非常注重马萨诸塞殖民地的“纯洁”，他们认为异端会把这个社会带向腐败堕落，因此理论上虽然是公团主义的，在实践中他们则会插手干预各地方教会的事务，这就带来了罗杰-威廉斯事件和罗德岛殖民地的产生。
　　强迫的敬拜只会让上帝恶心，普罗维登斯殖民地的建立

　　罗杰-威廉斯（c.1603-1683）的历史评价是随着历史发展越来越高，直到超越文思乐普，有人尊称他为美国的第一位英雄。
　　威廉斯出生于一个裁缝家庭，他从小跟随著名法学家爱德华-寇克作学徒长大。他在剑桥大学里就展现出语言学习的天赋，他不仅精通拉丁文，希伯来文，希腊文，而且很快就能掌握荷兰语和法语。他日后回到英格兰，就和约翰-弥尔顿作贸易，弥尔顿教他最新的希伯来语研究进展，他教弥尔顿荷兰语。
　　最初文思乐普组成清教徒去美国的时候，威廉斯并没有参加他们的行动，他更愿意留在英格兰改良圣公会。但是劳德出任坎特伯雷大主教之后，威廉斯对圣公会放弃希望，他作为一个“分裂主义者”去了新英格兰。
　　1631年2月，他到达波士顿之后就接到邀请担任波士顿的牧师，但是他基于自己的观察谢绝了这个要求。他这个时候已经阐明了他的宗教信仰和政治立场，分裂主义，政教分离和宗教自由。作为一个分裂主义者，他在朝圣者建立的普利茅斯受到欢迎，他作为牧师助手定居在这里。他也是在这里接触了许多原住民朋友，学习研究他们的语言，也向他们传教。
　　1632年12月，他发表了一个论文，他声称普利茅斯宪章和马萨诸塞湾宪章根本就是非法无效的，因为英格兰王冠根本没有这个权柄颁发这样的宪章。他论证说，英王必需首先要向美国原住民购买这片土地，然后才有权颁发这样的宪章。威廉斯甚至公开指控当初颁发宪章的詹姆斯一世是“在撒谎”。