为了保证国家的财政收入，明朝初年，朱元璋建立了一套比较完备的户籍管理制度，他将全国的户口分为民户、军户、匠户三大类，并以此为基础征发赋役。户籍管理的核心内容为里甲制，规定每110户为一里（城中称坊，近城称厢），其中选10户为里长，其余100户分为十甲，每甲选出一户为甲首。里长、甲首皆轮流担任，十年轮换一次，主要负责管束所属人户，督促生产、调解纠纷，以及编造黄册等事宜。

　　黄册也就是户籍登记，每里一册，登载该里110户的丁、口数以及年龄、财产状况。因该册必须用黄纸做封面，所以称之为黄册。黄册每隔十年必须重新核实更新，写明十年来各户人丁、财产的变化，分列出旧管（上次登记数额）、新收（新增数额）、开除（减少数额）、实在（现有数额）四项细目，以便官府能够清楚地掌握户籍的变化情况，合理征发赋役。

　　明朝初年，江浙一带的富户为了逃避徭役，往往将自己的大量田产分割，假托在亲邻佃仆的名下，称作“铁脚诡寄”。时间长了，“铁脚诡寄”蔚然成风，于是乡里欺瞒州县，州县欺瞒省府，奸弊百出，被称为“通天诡寄”。朱元璋知道这种情况后，便派遣国子生到全国各地，召集各村有威望的长者，亲自下到田间测量土地，然后绘制成图。图中标注着田亩所属户主的姓名、田亩位置、土质优劣、税则高低，以及田亩的四至范围，类编成册，作为赋税徭役的派征依据。因为所绘田图状若鱼鳞，故名为“鱼鳞图册”。

　　黄册和鱼鳞册分别将赋税落实到每个人、每亩地，有效地保证了税收的覆盖率， 涵养了税源，但是并不能保证中间流通环节不出问题。
　　“空印案”和“郭桓案”就是在流通环节上出了问题。两起案件虽然都是财税系统的反腐，都呈现出大事屠杀的态势，但也有显著的差别，空印案侧重整顿吏员队伍，而郭桓案除这一目的外还有打击以粮长为代表的民间大户的用意。
　　先说空印案。案件经过据《明史?刑法志》记载为：“十五年空印事发。每岁布政司、府州县吏诣户部核钱粮、军需诸事，以道远，预持空印文书，遇部驳即改，以为常。及是，帝疑有奸，大怒，论诸长吏死，佐贰榜百戍边”。
　　这段文字的意思是：明朝规定，各布政司、府州县政府对本地的户口、钱粮、军需等事项，要在年底时派人到京师与户部进行核对。地方官员携带的文书要加盖印信，逐级核对无误方可通过，如发现上下统计数字不符，户部要予以驳回。这时地方官员应重新填写，盖好印信后再来核对。
　　在实际操作这程中，因各地离京城较远，往返费时，特别是边远地区，动辄数月，地方官为了方便，就在来京时带有预先盖好印信的空白文书，如遇到户部驳回，就在京城重新填写，不必再回原地盖印，以免往返之劳。这原本是从元朝既有的习惯性做法，洪武建元以来，相沿未改，也从未被明令禁止过，上下已经习以为常。

　　洪武十五年（1376年），朱元璋得知官员们以空白印纸在京城闭门造账，认为地方官员甚至是中书省营私舞弊，认定有关人员都是奸诈之辈、赃利之徒，把他多年的苦心教诲置若罔闻，不由得怒火中烧，下令逮捕了各地方衙门的掌印官员，加以处死，其幕僚（吏员）打一百棍，发往远方充军。
　　凭心而论，使用空印存在客观因素，情有可原，但这一做法确实为贪污打开了方便之门，甚至是为贪污提供了合法外衣。
　　结合当时税务帐目混乱的情况可以推测，主印官应该普遍存在贪污。因为涉及面广，危害大，不用重典难以起到作用，所以朱元璋才会为了追求结果，忽略程序正义，严加惩治。另一方面，远方的官员持空印造账情有可原，江淮一带赋税重地离首都南京并不算远，这里的地方官员使用空印就说不过去了，史料没有给出朱元璋所杀官员是边远省份的还是京畿近地的。

　　史料的纷岐还表现在案发时间和杀人的数字上，《明史?刑法志》记载为洪武十五年，没有给出杀人数字，只是含糊地说道：“论诸长吏死，佐贰榜百戍边”
　　，《中外历史年表》记载：洪武九年“空印狱起，官吏下狱者数百人。”
　　当时全国共有一千多个县，掌印官全部处死也不过千余人，况且朱元璋也不可能把他们全部处死，否则就没有人继续干活了。因此，《中外历史年表》记载 “官吏下狱者数百人”是比较可信的。
　　又据《明史?刑法志》记载，湖广按察司佥事郑士元涉案下狱，他的弟弟郑士利上书为他诉冤，朱元璋没有理睬，将兄弟二人罚往浦江作苦力，可见下狱者并没有都处死，有一些被罚充军或做苦役，由此可见，空印案杀人不多。
　　但是受罚者的数量可能很大，这与朱元璋借机整治幕僚有关。

　　朱元璋不仅针对当事官员，更重视惩处他们手下——吏。在古代，官和吏是不同的，官是有品级的政府官员，吏则是在衙门文秘书办和其他具体办事人员。
　　在府、州、县等地方政府，与中央吏、户、礼、兵、刑、工六部相对应，也设置六房办事吏，经验表明，很多贪赃枉法的事都要通过他们的手，或者由他们出主意而进行，故而这是一个非常黑暗的阶层。
　　元代蒙古贵族把持各衙门实权，而又不会治理，常常把各项事务交由吏员去办，他们本人也任由吏员摆布，吏的乱政虐民表现得更为突出，这就使得朱元璋对吏加倍厌恶，而特予限制和惩治。他曾经叹道：“官非真儒，吏皆奸吏”。
　　朱元璋认为这些人心术己坏，天生劣根，不可造就。他规定，吏与倡优堕民一样，不准参加科举考试，官宦人家不得与吏通婚，江西布政使李宜之的女儿嫁给了一个小吏，被罚降为一个边远小县的主簿，直降了五品。在服装上，吏不能穿着华丽，只能穿黑色衣服，与衙门的走卒“隶”相同，隶称皂隶，吏也称为皂吏，黑色着装是贱民的标志，优伶倡家也只能穿黑衣，只是他们又多了一条绿头巾。

　　朱元璋认为，年长者比年轻人有知识，更忠诚，因此他的政府从中央到地方都使用老人，是不折不扣的老人政治。他认为有钱人比穷人更清廉，更善良，因此他征发富民子弟作吏，想以此改善吏治，但是结果不如所愿，这个职业就像一个大染缸，能把好人被成坏人，他叹道：“天下诸司不能不用吏，但是良家子弟一旦干上这活，少有不害民的。”

　　元朝末年官府文移牍繁冗，没有多年经验是看不懂的，新任官员往往以老吏为师，有些干脆懒得学习，一概推给老吏办理，自己享清福（凡案牍出入，惟有老吏之言是听），从而被文吏摆布，为了防止文书吏把持文案，上欺长官，下懵百姓，朱元璋改革文牍制度，制定简约的案牍定式，颁行各衙门，便利官员对吏的监督。
　　朱元璋讨厌官员与吏相勾结，鼓励官员自行整顿吏治，如果有哪个官员对其手下幕僚进行惩罚，朱元璋就会很高兴地站出来进行表扬。洪武十九年六月，苏州知府王观把手下贪奸府吏钱英杖死，向皇帝作了汇报，朱元璋不仅不怪他草菅人命，反而派人带着美酒和诏书前去慰劳，说他“秉公心，行正道，颇得驭下之方，如此，政令必行，奸邪斯远，境内肃清，明安有日矣。”

　　当然，当官员犯了错误的时候，他就会越殂代疱，直接对其手下府吏进行惩处，因此空印案、郭桓案中都有大量的吏受到惩处，后来的胡惟庸案以及蓝玉案中有大量幕僚、门客被杀，也是出于同一思路。这使得上述案件看上去受处分者数量较大，动辄成千上万，其实水分很大，干货不多。