一晃十年过去了，公孙氏生命垂危，临终前把金刀交给十岁的慕容超，对他说：“假如天下太平，你能回到关东，将此刀交给你的叔叔，他就明白了。”
　　呼延平又带着慕容超母子逃到凉国，等到吕隆投降后秦，又随凉州民众迁徙到长安。不久，呼延平去世，段氏为报他昔日救命之恩，为慕容超迎娶了呼延平的女儿为妻。
　　慕容超怕自己被后秦主姚兴录用，便在长安装聋卖傻（深得慕容翰真传），沿街行乞，大家都鄙视他。后秦东平公姚绍对姚兴说：“慕容超身材魁伟，气度不凡，正所谓褴褛衣内可藏志，恐怕是装疯，不如给他一官半职，好留住他的心。”姚兴将慕容超找去问话，慕容超依然疯疯颠颠，胡乱作答，姚兴取笑他“妍皮不裹痴骨”，将他打发出去。
　　东晋安帝义熙元年（公元405年），慕容德终于得到一个令人振奋的消息，兄长慕容纳的遗腹子尚在长安，就派吴辩去秦国查访。吴辩通过在长安占卜算卦老乡宗正谦，把情况告诉慕容超。慕容超不敢告诉母亲和妻子，暗中和宗正谦变易姓名，逃往南燕。
　　走到梁父，镇南长史悦寿把消息报告兖州刺史慕容法。慕容法说：“从前，汉朝有个占卜算卦的人假称是卫太子，现在怎么知道慕容超是不是假冒的呢？”于是不以礼仪按待慕容超。慕容超也因此事对慕容法怀恨在心，日后果然不给慕容法好果子吃。
　　当年四月，二十一岁的慕容超风餐露宿，历尽险阻，好不容易来到广固。慕容德听说慕容超来到，当即派出三百人的骑兵仪仗队前去迎接。
　　慕容超见过七十岁高龄的叔父，双手呈上金刀。沉思前事，似梦里，泪在滴。慕容德抚摸金刀，不禁伤感万分，两人抱头痛哭。慕容德当下封慕容超为北海王，拜侍中、骠骑大将军、司隶校尉、开府仪同三司，并精心挑送一些贤良人士做他的僚佐，帮助他熟悉政务。

　　慕容超自幼经历过无数风雨，见过世面，充分领会叔父的用意。他一面尽心侍奉已身患重病的慕容德，一面做足谦逊待人、礼贤下士的表面功夫。慕容德看在心里很是欣慰，南燕上下也无不称赞慕容超的贤能。
　　八月，汝水枯竭，慕容德焦虑万分，病情日益加重。北海王慕容超请求为他祈祷，慕容德说：“君主之寿命长短，皆由上天决定，不是汝水所能控制的。”慕容超坚决请求，慕容德始终不答应。
　　慕容德自知不久于人世，自己又没有子嗣，连忙在东阳殿召见臣属，商议立慕容超为太子。没想到当天突然发生地震，文武官员，都震惊恐慌，慕容德也心中不安，匆忙回到宫中。当天夜晚，慕容德病势转危，闭着眼睛，不能说话。段皇后大呼说：“立即召唤中书令撰写诏书立北海王，可以吗？”慕容德吃力地睁开眼睛，点了点头。于是立慕容超为皇太子，大赦境内。
　　地震果然是伟人逝世前的预兆，不一会儿，南燕开国皇帝慕容德就撒手而逝。慕容德终年七十岁，在位六年，谥号“献武皇帝”，届号世宗。
　　慕容德行事一向周密，对后事安排更是如此，他临死前唯恐日后贼人偷墓，让身边的人在他死的当夜，将十余个棺枢分别从广固的四个城门抬出，秘密埋葬于山谷之中。时至今天，后人也不知道这位皇帝的尸骨埋在何处，他的空棺材则埋在东阳陵。
　　金刀太子慕容超继位后，改元太上，尊段皇后为皇太后。他很有韬略，在自己根基尚未牢固的情况下，先依靠宗室 元勋治理国家，以北地王慕容钟为都督中外诸军事、录尚书事，慕容法为征南将军，都督徐、兖、扬、南兖四州诸军事，加授慕容镇为开府仪同三司，尚书令封孚任太尉，麴仲为司空，封嵩为尚书左仆射。在政策上基本保持慕容德时期的连续性，以自我防御、保国安民为主。

　　不久，羽毛渐丰的慕容超不甘心受宗室勋旧的牵制，开始着手培植自己的亲信，这个最得力的亲信就是大名鼎鼎的公孙五楼。慕容超任命公孙五楼为武卫将军、领屯骑校尉，参与决策军国大事，慕容钟被迫离开朝延担任青州牧（治东莱，今山东莱州市），段宏担任徐州刺史（治莒城，今山东莒县）。
　　元老封孚认为慕容钟是宗室重臣，国家栋梁，外戚段宏德高望重，应当让他们辅佐国家大政，不要让他们到外地镇守。已骗取慕容超充分信任的公孙五楼不断向慕容超进谗言，封孚说的话没有奏效。慕容钟和段宏心怀不满，互相说：“黄狗的皮，恐怕终究要补狐皮大衣了。”公孙五楼听了，更加怀恨在心。
　　东晋安帝义熙二年（公元406年），慕容超的猜忌暴戾一天甚于一天，政事由宠臣公孙五楼等人把持，自己则沉迷在游玩打猎的享乐中，封孚等人屡次规劝，他都不听从劝导。
　　有一天，自鸣得意的慕容超到前殿询问封孚说：“朕可以与古代哪位帝王相比？”
　　封孚毫不客气地答：“夏桀、商纣。”慕容超羞惭满面，封孚面不改色，慢慢地走出去。
　　麴仲赶紧追过来对封孚说：“和天子说话，怎能这样说呢？快回去向陛下道歉。”
　　封孚从容答道：“我已年过七十，只求死时得到合适的处所而已！”终究不肯回头道歉。慕容超念及封孚是当朝元老，名望较深，也不加以追究。
　　八月，公孙五楼为了独揽朝中大权，诬陷北地王慕容钟，请求慕容超诛杀慕容钟。而慕容德去世时，慕容法没有奔丧，慕容超为此遣使者责备他。慕容法畏惧不安，于是同大权旁落，心中正愤愤不平的慕容钟、段宏一起策划反叛。他们派尚书左仆射封嵩去作段太后的思想工作，不明就里的段太后让他们想办法。很快，慕容超得到他们密谋政变的消息，急召慕容钟进京，自知是鸿门宴的慕容钟托病不去。慕容超当即逮捕他的同党侍中慕容统等人，并杀了他们。

　　此时，征南司马卜珍控告左仆射封嵩与慕容法交往密切，怀疑有阴谋，慕容超逮捕封嵩，交付廷尉。太后也害怕，哭告慕容超说：“封嵩多次派黄门令牟常劝我说，皇上不是太后生的，恐怕会依照永康初年慕容宝逼杀其母段氏的旧例的事，我是个小妇人，见识短浅，怕陛下杀了老身，就把这些想法告诉了慕容法，慕容法替老身出主意，以致被他欺骗了，现在虽然知道了，又有什么话好说呢？”慕容超于是将封嵩处以五马分尸的酷刑，车裂于东门之外。封嵩之弟西中郎将封融闻讯投奔北魏。

　　慕容超遣慕容镇攻打青州，慕容昱攻打徐州，右仆射济阳王慕容凝和韩范一道攻打兖州。慕容昱攻下莒城，段宏逃往北魏。封融聚集一班盗贼袭击石塞城，杀死镇西大将军余郁，举国震惊。济阳王慕容凝以为有机可乘，密谋杀掉韩范，袭击广固，韩范得知其计划，急忙调军攻打慕容凝，慕容凝逃往梁父。韩范一并统领慕容凝的部众，攻下梁父。慕容法逃出投奔北魏，慕容凝逃奔后秦。慕容镇攻下青州，慕容钟杀死妻子儿女，挖地道出城，和高都公慕容始逃往后秦。后秦姚兴任慕容钟为始平太守，慕容凝任侍中。