高杉率领的长州军在坂本龙马的海援队（乙丑丸）的支援下，经由海路向田野浦远程射击，并奇袭烧掉了幕军所准备的大小船只，先是断了他们的渡海能力，随后迅速占领了炮台。小仓藩军得知领地被侵，立刻派兵出阵前往驱逐。小仓藩对幕府相当忠心，跟其他墙头草两边倒的各藩不同，对幕府的敌人长州藩采取的是坚决讨伐、抗争到底的作法，严阵以待展开了激烈的反击。在战意旺盛的小仓藩面前，以凶悍著称的长州兵竟然久攻不下，高杉晋作考虑到以少人数久留于敌方阵营太过无谋，便下达了撤兵的指令。

　　但在小仓藩与长州藩激烈交战之时，附近的肥后藩、久留米藩，甚至是幕府的千人部队竟然袖手旁观，谁也不上前进行支援。（这时要是三藩合力围攻，高杉就倒霉了）
　　小笠原长行在长州海上奇袭后立刻向富士山丸发出了回航要求，希望能借富士山丸的舰炮强击一举攻陷下关。不久，全长86米、中央、前后共设8门大炮的富士山丸如期出现，确实给长州兵造成了极大的心理压力。但此时高杉极为冷静，将三只装有石炭的小船中暗藏大炮，光明正大地驶向富士山丸。幕府军队的警戒性实在太低，也可能是对“日本第一”之称的富士山丸信心十足，之前已经被偷袭过一次却未吸取教训，这次仍然毫无防备，眼睁睁地看着这么可疑的三只运输船朝向自己驶来。三只暗藏大炮的小船驶近之后，摆好架势向富士山丸一齐开炮，虽未造成多大损害，但给幕军精神方面造成了严重的打击。于是富士山丸调转船头，再一次离脱战线逃向深海。

　　七月三日凌晨，长州军偷偷潜入门司对驻扎在大里的幕军进行了强袭，幕军败走，得知藩领再次受袭的小仓藩军第一时间赶赴前线，在没有任何援军支持的情况下独自与长州军展开了殊死搏斗，双方各不退让，情势陷入僵局，战局呈现长期化状态。

　　长州军迫切想要攻下小仓城，可守在小仓城3公里外的小山（50米高）后方布阵的，是被称为“九州最强”的肥后藩的精兵强将。肥后藩拥有的8门大炮中，有4门是被誉为最强武器的阿姆斯特朗连发型大炮，而且步兵手中的武器也与长州一样，都是当时最新式的步枪。
　　在肥后藩军惊人的战斗力下，长州军寸步难行，倒下一批又一批的冲锋队员。长州部队总数才八百，可在这场战斗中就死了114名，超过总人数的十分之一。但肥后军也陷入苦战状态，预备的2500发炮弹全部发射殆尽，陷入了不得不派人回国填补弹药的窘境。
　　然而长州军在这场战争中运气实在是太好，正在双方僵持不下之际，七月二十日前线传来了对长州而言天大的喜讯：将军家茂崩逝了。
　　对幕军而言，家茂的讣报实在传得太不是时候了，本来士气就极为低下的幕军立刻跟霜打了的茄子一样蔫得不像样子，总帅小笠原长行一听到这个消息心想不妙，立刻乘坐富士山丸脱离阵营偷偷逃到大阪去了。

　　失去了总帅的幕军大受打击，全军上下一片混乱，完全没有了军队的样子。其他各藩听到总督临阵脱逃，便都以将军驾崩为理由，以九州各藩为首纷纷撤兵，各自返回本领地去了。整支征长大军现只剩下部分藩领被长州攻占的小仓藩，仍然冲在前线对长州军进行着顽强对峙。
　　但孤军奋战的小仓藩哪里是凶悍的长州藩的对手，八月一日，小仓年轻的藩主领悟到已无法继续战斗对抗长州，便将藩府移至香春，并在小仓城放火，自己逃到肥后藩领地，为长州征讨战画上了不完美的休止符。
　　一桥庆喜本在最终决战之前接受了孝明天皇下达给贼军征讨元帅的最高礼节——节刀，并放出大话亲自披挂上阵前往讨伐（掌声跟尖叫在哪里？）。谁知一听小仓陷落，庆喜第一时间撤回了出阵决定，再派出胜海舟前往长州领地与其谈判（实则拖延时间），然后自己向朝廷请命，希望天皇下达停战布告。
　　孝明天皇很是生气，提出征长的是你，要求停战的也是你；一会说亲自披挂上阵，一会又说不玩了，你到底是要闹哪样？

　　但现时的情形战争确实是无法继续下去了，征长大军已溃不成军，各藩不服从指挥、不互相配合，多藩在战前就已和长州达成不战协议，还有多藩袖手旁观拒不出兵，将士士气全无，军中一盘散沙。此次征长幕府动员了十五万大军，竟然连只有一万军队的长州都剿不灭，反而被打了个人仰马翻，多名主帅临阵脱逃，上演了一出幕末最大的情景喜剧，让各外国公使笑到肚子痛。要是都像滨田藩、小仓藩那样战意旺盛，毫不妥协，别说一个长州，就是十个长州恐怕也早被灭了。

　　反观长州，不仅装备精良、士气高涨，在总指挥官大村、高杉领导下分工明确，配合到位。而且开战前夕便周游各藩进行动员、议和，做足了外交工作，这也是长州方大胜的最大要因之一。
　　此次征长幕军大败之后，各藩藩主心里也有了数。原来这幕府是纸老虎，连个小小的长州都灭不了，看来当真气数已尽。幕府本想经过此役用长州杀鸡儆猴，警示各藩藩主并重震幕威，但没想到事与愿违，不但落了个全面败溃的下场，德川幕府二百六十年来所树立的威信也消失殆尽，雪上加霜，在幕臣中评价极高的家茂又突然崩逝……事情发展至此，幕府已再无力重新振作，战国时代以来德川家的数百年基业，此时便开始奏响了走向毁灭的序曲。

　　日期：2013-12-04 00:56:09
　　四十四、三条大桥月夜乱斗事件
　　第二次长州征讨由于将军家茂的突然死亡划下了不完美的句点。一桥庆喜奏明圣上，庆应二年（1866）八月二十八日正式下达了停战命令。

　　在庆应元年的禁门之变事件之后，幕府在京都市内各处竖起了写有长州藩罪状的高札，对其进行声讨（民众洗脑）。但第二次征长休战后，幕府虽表面上是与长州“言和”，但明眼人都看得出来，此次战役是幕府方的大败。然而输了战争，却不能输了气势，于是这“长州罪大恶极”的高札便没有撤去，仍然高挂在三条大桥。休战后的第二天八月二十九日，三条河原西竖起的高札不知被什么人泼了墨，弄得一团漆黑。九月二日又竖起了新的高札，但三天后又被扔进河里，白费了幕府一番心血。

　　京都町奉行所很是生气，将写有长州藩罪状的高札销毁，那必定是打着攘夷旗号的亲长州激进分子所为。町奉行所一向与新撰组关系密切，一遇事件便会找他们帮忙，这次也不例外。受町奉行所的委托，以七番组头原田左之助（由于原七番组头谷三十郎神秘死亡，便由原田顶替改任七番组头）、大石锹次郎、茨木司等三十余人出动，暗中守护九月十日重新竖起的高札。
　　此次行动的最高责任者——七番组头原田左之助，出身伊予（现爱媛县）松山藩，是从试卫馆时期就一直跟随近藤的元老级创局功臣。此人逸话众多，从出生到死亡故事色彩、传奇色彩极其浓厚，是新撰组中成为传说一样的存在。