日期：2017-08-22 13:11:46
　　2.叶尔羌汗国的彻底消失
　　公元1690年，准噶尔的策妄阿拉布坦背叛噶尔丹，公元1696年（康熙三十五年），噶尔丹在清康熙皇帝与哥哥策妄阿拉布坦的两面夹击下失败，死于科布多（今蒙古国境内）。第二年，策妄阿拉布坦成为新的准噶尔汗，并在公元1700年左右控制了天山以北的哈萨克、吉利吉斯等部。
　　阿克巴什得到了叶尔羌和吐鲁番首领的支持，与喀什噶尔的艾合买提发生战争，但大约在公元1699年到1700年，阿克巴什在英吉沙被喀什噶尔-吉利吉斯联军击败战死，艾合买提占领叶尔羌。叶尔羌的地方首领向策妄阿拉布坦求援，准噶尔部进军叶尔羌，艾合买提和卓退回喀什噶尔，不久不得不向策妄阿拉布坦屈服。
　　策妄阿拉布坦让白山派的艾合买提和卓统治喀什噶尔，黑山派的达涅尔和卓统治叶尔羌，吐鲁番、阿克苏、库车、和田等地也都设置官吏，让他们直接向准噶尔汗效忠，叶尔羌汗国在成为准噶尔附庸20余年后，终于彻底消失。
　　日期：2017-08-22 13:12:33
　　3.被囚禁的“圣裔”
　　和卓们的统治并不长久，公元1713年，对“阳奉阴违”的和卓们不满的准噶尔汗策妄阿拉布坦卷土重来，叶尔羌的黑山派首领达涅尔和卓不战而降，喀什噶尔的白山派首领艾合买提和卓在略加抵抗后也不得不投降。

　　和卓（也称火者、霍加）的意思是“圣裔”，也就是穆罕默德的子孙，但其实当然并非如此，穆罕默德的儿子没有成年便夭折了，他的继承人是堂弟兼女婿阿里（第四任哈里发），阿里被伊斯兰教什叶派视为穆罕默德唯一合法的继承人，其他的哈里发则是穆罕默德的朋友和“弟子”。而和卓们则是逊尼派中的“依禅派（苏菲派的一个分支）”。
　　白山派的艾合买提和卓和黑山派的达涅尔和卓都被策妄阿拉布坦押往伊犁囚禁，大批的维吾尔族也被迁往伊犁，从而使得今天哈萨克族居多的伊犁地区，其首府伊宁市一带居住了大量的维吾尔族，被称为“塔兰奇（农民）”。两位“圣裔”的待遇也不尽相同：不抵抗的达涅尔和卓受到优待，七年后被释放，还成为准噶尔汗国委任的统治叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏和和田四城的代理人，而艾合买提和卓则被关进边远的地牢里。与艾合买提和卓一起被囚禁的，还有他的两个儿子：大和卓波罗尼都和小和卓霍集占。虽然后来被释放，但艾合买提和卓只能在伊犁种地，并最终死在那里。

　　日期：2017-08-23 14:26:39
　　4.大小和卓之乱
　　如果没有公元1755年（清乾隆二十年）清军在准噶尔贵族阿睦尔撒纳的配合下攻占伊犁，大小和卓兄弟大约也只能像父亲一样客死异乡了。这一年6月，准噶尔的达瓦齐汗兵败，在乌什被俘，准噶尔汗国覆灭，清军发现了被囚禁的大小和卓兄弟，将他们释放，并派大和卓波罗尼都招抚南疆，随卓波罗尼南下的清军由侍卫托伦泰统领，包括400名清军，1000名卫拉特蒙古人和400多户东布鲁特（柯尔克孜）牧民。一开始，波罗尼都很好地履行了使命，先是带领清军轻易占领了喀什噶尔。喀什噶尔阿奇木伯克胡什其帕克曾支持黑山派，对卓波罗尼比较抵触，但“闻我军（清军）至乃迎入”（《外藩蒙古回部王公表》卷117）。接着进军叶尔羌。达涅尔和卓的继承人加罕和卓在泽普战败，阿不都拉和卓逃亡中亚，叶尔羌的哈孜伯克投降。波罗尼都在收复南疆后立即宣布，天山南路从此进入“可汗秦(指清朝皇帝)的时代”。

　　波罗尼都招抚南疆的时候，小和卓霍集占被留在了伊犁。1755年9月，希望借清军之力夺取准噶尔汗位的阿睦尔撒纳因为未获满足，在塔尔巴哈台（今新疆伊犁州塔城）叛乱，攻占伊犁，杀死清留守伊犁的定北将军班第，霍集占参与了阿睦尔撒纳的叛乱，并召集在伊犁的维吾尔人配合阿睦尔撒纳击败清定边右副将军萨剌尔。但是第二年2月，清军收复伊犁，阿睦尔撒纳逃往哈萨克汗国，霍集占潜逃回南疆，打着“反对异教徒”

　　的口号，煽动波罗尼都背叛清朝，大和卓波罗尼都开始时犹豫不定，表示清朝“恩不可负”，但在弟弟的劝说下，最终还是参与了叛乱，史称“大小和卓之乱”。
　　公元1757年（乾隆二十二年）3月，小和卓霍集占杀死清军副都统阿敏道（蒙古镶红旗），在库车打出“巴图尔汗国”的旗号，自称“巴图尔汗”，公开与已经统一新疆的清朝中央政府决裂，并控制喀什噶尔、叶尔羌、和田、阿克苏等地。库车的阿奇木伯克鄂对（有资料认为其属于黑山派，但也有资料认为是白山派）反对叛乱，逃往伊犁投奔清军，霍集占下令捕杀了鄂对的全部家属。大小和卓的堂兄弟额色尹、帕尔萨和堂侄玛木特、图尔都均反对叛乱，逃往柯尔克孜族牧区避难。他们逃往的柯尔克孜族牧区邻近喀什噶尔，应该是属于今天的克州境内。

　　该年7月，清军彻底击败阿睦尔撒纳，阿睦尔撒纳逃亡沙俄并于9月死于托博尔斯克（今俄罗斯秋明州）附近。腾出手来的清军开始平定“大小和卓之乱”。
　　公元1758年（乾隆二十三年）秋，清定边将军兆惠（满族正黄旗）进军南疆，得到地方实力派霍集斯阿奇木伯克（应该是白山派，因为小和卓曾任命他由乌什阿奇木伯克成为阿克苏阿奇木伯克）的支持，顺利控制阿克苏、乌什，10月，清军4000人由巴尔楚克（即巴楚）进抵叶尔羌以东，叛军10000余人围攻三月余。第二年正月，定边右副将军富德（满族正黄旗）率兵3000自乌鲁木齐驰援，与叛军骑兵5000激战，取得呼尔�0�4大捷，渡叶尔羌河，与参赞舒赫德（满族正白旗）、都统阿里衮（满族镶黄旗）部会师。额色尹、帕尔萨、玛木特和图尔都等率领柯尔克孜族骑兵，出击喀什噶尔，迫使叛军部分兵力回救喀什噶尔。兆惠趁机率军突围，与援军会合后退往阿克苏。6月，清军集结1.5万兵力再度南下，在叶尔羌河以东大败叛军，大小和卓分别逃窜至喀什噶尔和叶尔羌，清军分兵直取叶尔羌和喀什噶尔。公元1759年（乾隆二十四年）7月，大小和卓翻越帕米尔高原逃往巴达克山国（今塔吉克斯坦的戈尔诺-巴达赫尚自治州和阿富汗的巴达赫尚省），清军追击至巴达克山边境瓦罕。巴达克山苏勒坦沙（即苏丹）将大小和卓擒住处死，同时遣使向清朝表示归附。波罗尼都之子萨木萨克逃居浩罕汗国。次年6月，喀什噶尔附近的雅木扎尔地方首领迈喇木宣称阿睦尔撒纳占据阿克苏，发动叛乱，原驻守喀什噶尔的清军将领阿里衮本来奉旨回京，已至叶尔羌，闻讯赶回，在伯什克勒木（即今喀什市东部邻近阿图什阿扎克乡的伯什克然木）击败叛军，迈喇木逃入喀什噶尔，阿里衮围城，守军投降，迈喇木出城潜逃，不久被擒获。

　　自乾隆二十四年（公元1759年）平定大小和卓叛乱，至道光六年（公元1826年）张格尔第三次入境（此前虽然也有些叛乱，都是小打小闹），南疆获得了长达近70年的安定。