这场闹剧结束后，慈禧知道这主要是因为重修圆明园所引发的，由此也只好决定停工，这场风波才算是平息。从同治这次的拙劣表演来看，这也是慈禧教子的一大失败，这顽主要当好皇帝，恐怕还有很长的路要走。
　　说起同治与皇叔奕訢的矛盾，野史中多有记载。《睇向斋秘录》里说，同治有一次在宫中穿黑色衣服，不巧被恭亲王奕訢看见，奕訢便婉言谏告自己的侄皇帝不要有违祖制的。同治不高兴的说：“朕违了祖制，又该当何罪呢？”奕訢说：“臣冒死进言，望圣明容纳，皇上何罪之有？”同治仍不服气，说：“你家载澄也常穿黑衣出入宫门，你不好好教导他，却来为难朕，是何居心？”奕訢被反问得哑口无言，回家便立刻讯问儿子载澄，结果把出游之事给捅了出来。

　　而《十叶野闻》里这接着这个故事往下说，在奕訢知道载澄带着同治出游的事后，便将载澄关了禁闭，再不许放出。但是，那时载澄已经染上梅毒，没过多久便面目肿溃而死。
　　载澄死后，奕訢急忙进宫去见同治，把载澄的事情告诉了同治。同治听后大惊，说：“你竟然把载澄给逼死了！你还有父子之情吗？你先退下，朕有后命。”随后，同治便召大学士文祥来，说：“朕有旨，先别打开，下去与军机各公一阅，速速执行。”
　　文祥觉得问题不对，便私行拆视，发现里面竟然是要杀恭亲王的诏书。文祥回去碰头再三垦请，同治都坚持要杀恭亲王。文祥见同治固执，便急忙跑到两宫太后那求情，慈禧听后十分生气，说：“你不用说了，诏书给我。”这事才算结束。
　　同治虽然失去了载澄这个玩伴，但出游习惯已经养成，已不能自制。后来他经常带着一两个太监出神武门，绕道到城南，有时候还深夜不归。当然，由于缺少了载澄这个向导，加上同治和那些太监对外面的事情丝毫不懂，所以经常会闹些笑话。
　　有一次，同治从后门出，见道旁卖凉粉的，同治当时正好口渴，便拿了人家的东西就喝，喝完也不知道要给人家钱，竟然大摇大摆的走了。卖凉粉的心想这肯定是贵族子弟，也不敢去问他要钱。这下好，同治还以为买东西拿东西是不用给钱的，因为付钱这种琐事他从来没有做过，后来同治也由此经常吃人家的白食。
　　不过，吃的多了，人家就问他要钱，同治觉得很奇怪，问：“为什么？”卖凉粉的告诉他：“我也是靠做买卖生活的，你不给钱，我怎么活？这位爷看来非富即贵，还请给小的一点打赏。”同治为难的说：“你说的也在理，我也确实应该给你钱。但是，我现在身边没有银子。这样吧，我写个帖子给你，你拿着这帖子去领钱如何？” 卖凉粉的说：“这当然可以。”

　　于是同治便欣然命笔，写了一帖子交给卖凉粉的，那人不识字，他拿去问他的朋友到哪里去领钱。他的朋友见后大吃大惊，说：“帖上所写的，是让广储司付银五百两。你可知道，广储司在皇帝宫中，谁敢去问他们要钱？想必这个人是皇上了。”
　　卖凉粉的心里害怕，也不敢入宫取银，但后来他的朋友怂恿他去试一试，这才壮着胆子去了。后来司事官问明来历，便跑去告诉慈禧，慈禧说：“皇上真是胡闹，你照帖付银吧，不要让外间人笑话。”随后慈禧又把同治找来问话，同治对这事直认不讳，慈禧也就一笑置之。
　　同治有一次到琉璃厂买东西，身上没银子，就拿瓜子金付账。掌柜见这个东西不是通用物，坚持不收，而让店里伙计跟着去取银子，走到午门内，伙计不敢进，仓皇逃回。次日，同治便派小太监如数偿还。
　　载淳在出游的时候，经常自称是江西拔贡陈某，某次跑到一酒肆中喝花酒，不巧碰到大臣毛昶熙也在那，同治便向他微笑点头，毛昶熙见后当场色变，赶紧仓皇逃出。不久，步军统领便带了十几个人急忙赶来，他们密随同治左右，暗中保护。数日后，同治见到毛昶熙，还怪他多事，扫了他的游兴。
　　同治自己也说，“当皇帝实在是一件苦差使！” 看来，这皇帝他是做不好了。
　　26、亲生儿一命归天，慈禧又到伤心处
　　在一番争执后，重修圆明园的工程是停止了，但同治有个交换条件，那就是兴修规模相对较小的三海工程（即北海、中海和南海）。由此，同治很快便忘记了圆明园之事，而把兴趣转移到三海工程上去了。

　　当年八月十八、十九日，同治便去视察三海工程，并在那里呆了两天，知道十九日晚上吃过晚饭才回宫，看起来兴致很高。在随后的两个月里，同治的活动也很多，一会去行围打猎，一会又去各营阅兵，忙得不亦乐乎（看得出来，同治是个好动的人）。
　　十月十日是慈禧的四十大寿，同治带着文武百官在慈宁宫向慈禧行贺礼并宣读贺表，随后的两天都一直陪着两宫太后用膳。但宫中喜庆的日子没有持续多久，十月二十一日同治跑到西苑去游玩，结果身体受凉，而且日渐加重。十天后（十月三十日），同治突然开始发烧，并自称四肢无力、浑身酸软，太医检查后发现一个令人震惊的症状，那就是同治身上竟然出现红疹斑点。

　　接到太医的报告后，慈禧大惊失色：难道同治得了天花！？
　　众所周知，满人来自关外苦寒之地，他们进关后不适应内地的天气，因而极容易感染天花，而且抵抗力极差。譬如在满清入关时立下汗马功劳的多铎，这位骁勇善战的亲王就是在他三十六岁的时候感染天花，最后不治身亡；后来的顺治也是因为发天花而死，而康熙之所以当上皇帝，就是因为他已经出痘，这才被选中。正因为如此，爱新觉罗皇族每到春秋季节，往往都要出城避痘。

　　天花古称“虏疮”，也就是民间说的“出痘”，这是一种恶性的传染病，发病后身上会出现痘疹、水疮或脓疮，并常伴随着高烧等症状。身体强健、运气好的，痘疹自行溃破结痂，顶多留下些麻子疤痕（比如康熙），身体不好又运气差的，痘疮往往会引起其他并发症如高烧、败血症等，不出数日就一命呜呼。
　　当然，天花虽然可怕，但也不是说得了就一定会死，毕竟中国古代还是积累了一些治疗天花的办法。由于治理得早，同治的病情在开始的时候还算乐观，几天后他脸上的痘便已结痂，这也预示着危险期已过。宫中也依照旧例，一路吹吹打打，香花鼓乐，将痘神娘娘送到大清门外。
　　但令人吃惊的是，十一月二十日后，同治的病情又突然恶化，而且还开始出现毒疮，并在腰部、左右臀部溃烂流脓，并不断冒出臭气，症状十分恐怖。到了十二月初五日酉刻，同治六脉俱脱，死于养心殿东暖阁。
　　一个太医回忆说，同治原本应该马上出痘，但令他百思不得其解的是，怎么会突然就急转直下呢？后来有太监告诉他，同治的皇后因被慈禧骂了一顿，她到乾清宫看望同治的时候向他诉苦，同治当时只能温言抚慰。
　　同治住的东暖阁，屋子太高太大，冬天寒气逼人，于是中间便用布幕隔开。慈禧听说皇后去见同治了，便也随后跟来，正当太监要进去禀报的时候，慈禧摇手让太监别吭声，自己偷偷的脱了鞋子，穿着袜子走进去，躲在幕后偷听同治和皇后的对话。

　　这时，同治正好安慰皇后说：“你再忍耐些时日，终有出头之日。”慈禧听后勃然大怒，立刻揭开幕布闯了进去，上前一把揪住皇后的头发并扯出帐外大骂。皇后头发被扯，痛得厉害，便哭喊道：“媳妇是正宫娘娘，请母后手下留情！”这下更是触到了慈禧太后的痛处（慈禧进宫时是贵人），当时就喝令内廷准备大杖伺候。同治被这么一吓，跌落地上昏死过去，醒后天花之痘便开始溃烂，没多久便一命呜呼。

　　同治突然之间便宣告驾崩，民间对此议论纷纷，当时很多人认为同治不是死于天花而是梅毒，特别是同治临死前腰臀溃烂流脓、口喷臭气的症状，更是和梅毒非常相似。当然，之所以有梅毒之说，主要还是很同治出游的传闻相关。
　　《清代野史》里说，同治因为婚姻生活不幸福，所以经常出宫纵淫，出去后又不敢去那些有名的妓院，怕被熟人（特别是手下那些大臣们）发现了损害形象，便只好专门跑到那些比较僻静的暗娼之所。但是，那时京城的妓院已经流行梅毒，而且当时卫生条件很差，又没有定期的身体健康检查，而同治和一起出游的载澄两人又不知道防护，经常逛妓院的结果就是双双得了这个花柳病，载澄后来还死在同治的前面。

　　后来同治花柳病毒发，毒疮在脸上和背上陆续出现，想遮也遮不住，只好传太医来诊治。太医看后大惊，知道皇上染的是梅毒，但又不敢公开说，只得反复请示慈禧太后是何病症。慈禧太后看后说怕是天花，便让太医施以治痘之药。
　　药不对症，当然无效。同治病情越来越严重，日益躁怒，大骂道：“我患的不是天花，怎么用天花的治法？”太医回奏说：“这是太后的命令。”同治大恨，但也无可奈何。据说，同治死的前几天，下部溃烂，臭不可闻，腰肾处溃烂而死。
　　也有人说，同治得性病是因为同性恋，说当时有个叫王庆祺的翰林侍读（陪太子读书的），他年纪不大，人也长得英俊潇洒，特别善于揣测同治的心思，行阿谀奉承之能事。王庆祺在南书房陪皇上读书时，颇得同治的欢心，王庆祺本只是五品官，后来同治给他加了二品衔，任毓庆宫行走（相当于皇帝助理）。